genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78529599--78529660	11	5.5	11	75	9	63	69	4	1	24	1.17
78538393--78538429	17	2.2	17	100	0	74	43	0	0	56	0.99
78542120--78542306	40	4.7	40	90	4	231	27	21	26	25	1.99
78542081--78542306	80	2.8	80	82	11	275	26	21	26	25	2.00
78542081--78542306	120	1.9	120	83	10	293	26	21	26	25	2.00
78542082--78542306	40	5.6	39	84	10	221	26	21	26	25	2.00
78542134--78542339	80	2.6	79	82	9	215	27	20	26	24	1.99
78546037--78546212	46	3.8	46	76	10	187	28	27	21	23	1.99
78564754--78565081	164	2.0	163	89	0	503	40	15	12	31	1.85
78569692--78569737	23	2.0	23	83	8	58	43	19	10	26	1.84
78570485--78570740	58	4.4	58	76	4	241	32	17	18	31	1.94
78570488--78570740	115	2.2	116	90	0	400	32	17	18	32	1.94
78576739--78576916	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
78576760--78576915	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
78584834--78585011	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
78584855--78585010	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
78585458--78585490	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
78592751--78592832	36	2.3	35	75	8	85	34	20	15	29	1.94
78593141--78593210	14	5.0	14	72	6	61	30	18	15	35	1.92
78593141--78593231	28	3.2	28	76	6	94	30	18	15	35	1.92
78593154--78593242	28	3.2	28	74	15	85	31	19	13	35	1.90
78593141--78593276	56	2.4	56	81	2	148	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78593253--78593307	26	2.1	26	86	0	74	25	18	14	41	1.88
78609518--78609599	36	2.3	35	75	8	85	34	20	15	29	1.94
78609906--78609975	14	5.0	14	72	6	61	30	18	15	35	1.92
78609906--78609996	28	3.2	28	76	6	94	30	18	15	35	1.92
78609919--78610007	28	3.2	28	74	15	85	31	19	13	35	1.90
78610017--78610071	26	2.1	26	86	0	74	25	18	14	41	1.88
78618382--78618501	28	4.4	28	90	9	178	28	12	24	35	1.92
78618382--78618595	52	3.8	56	74	22	164	29	11	24	34	1.91
78618382--78618595	28	7.5	28	77	19	132	29	11	24	34	1.91
78618451--78618577	65	1.9	67	85	6	179	30	10	22	36	1.88
78625544--78625568	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78626013--78626194	28	6.5	28	92	1	285	27	12	26	33	1.92
78629689--78629730	12	3.5	12	83	0	57	2	35	26	35	1.70
78635911--78636310	200	2.0	200	99	0	782	41	14	21	23	1.89
78639952--78640001	26	1.9	26	91	0	82	30	4	16	50	1.63
78640119--78640157	18	2.3	16	86	8	51	69	2	7	20	1.26
78643327--78643358	14	2.3	14	94	0	55	15	21	25	37	1.93
78645965--78646020	27	2.1	27	96	0	103	30	35	21	12	1.90
78651675--78651725	16	2.9	17	88	8	68	74	1	5	17	1.11
78651658--78651726	6	11.5	6	73	14	54	75	1	5	17	1.07
78651675--78651726	19	2.9	18	86	11	72	75	1	5	17	1.10
78659356--78659406	19	2.9	18	81	13	54	56	0	1	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78659356--78659413	17	3.4	16	77	13	53	58	0	3	37	1.15
78663972--78664016	22	2.0	22	86	0	63	20	26	0	53	1.46
78669163--78669198	16	2.2	16	90	0	54	33	11	25	30	1.90
78670238--78670603	69	5.3	69	76	1	250	38	21	18	22	1.93
78670339--78670614	138	2.0	138	80	2	304	36	21	17	24	1.95
78675838--78675880	5	8.2	5	85	10	59	2	16	2	79	0.95
78681341--78681518	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78681342--78681497	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78681338--78681518	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78689447--78689624	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78689448--78689603	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78689444--78689624	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78695286--78695310	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
78699428--78699503	37	2.1	37	100	0	152	36	15	7	39	1.77
78702990--78703047	18	3.2	17	73	21	55	60	5	5	29	1.40
78703884--78704008	60	2.1	60	98	0	241	38	17	4	40	1.69
78704175--78704266	9	9.7	9	76	14	87	58	1	1	39	1.12
78704174--78704267	19	4.8	19	77	12	102	58	1	1	39	1.12
78704175--78704273	29	3.4	29	75	10	105	58	1	1	39	1.12
78704404--78704454	20	2.5	21	90	9	88	35	0	1	62	1.06
78704721--78704945	10	22.4	10	67	14	81	33	2	6	57	1.37
78704721--78704779	29	2.1	28	83	3	73	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78704766--78704952	21	8.8	20	68	23	82	31	3	8	57	1.44
78707520--78707555	18	2.0	18	88	0	54	50	11	2	36	1.53
78708997--78709059	30	2.1	30	87	0	90	31	19	17	31	1.95
78712875--78712936	31	2.0	31	100	0	124	48	12	9	29	1.73
78712871--78712943	31	2.3	32	88	7	121	52	10	12	24	1.71
78718252--78718402	27	5.6	27	80	7	162	29	28	15	27	1.96
78724647--78724730	43	2.0	43	84	13	111	23	17	29	28	1.97
78730564--78730618	28	1.9	29	85	3	76	23	40	21	14	1.90
78732067--78732111	21	2.1	21	100	0	90	31	17	4	46	1.68
78734744--78734932	41	4.6	41	79	1	200	25	30	10	33	1.89
78735670--78735718	15	3.3	15	76	21	57	24	26	28	20	1.99
78736394--78736503	20	5.6	19	72	10	78	33	19	30	16	1.94
78745476--78745574	46	2.1	47	84	1	128	37	9	25	28	1.86
78752582--78753979	717	2.0	711	93	2	2383	36	14	19	29	1.92
78755962--78756001	20	2.0	20	100	0	80	30	5	25	40	1.77
78757632--78757662	9	3.6	9	95	4	55	9	0	16	74	1.07
78758412--78758564	42	3.6	42	80	0	171	28	16	28	26	1.97
78766773--78766798	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
78769690--78769992	130	2.3	131	85	5	391	27	19	18	34	1.95
78769659--78770123	130	3.5	131	79	7	338	29	18	18	33	1.95
78769694--78770183	132	3.7	131	78	8	433	27	20	18	34	1.95
78781639--78782117	44	10.9	44	88	0	618	29	14	28	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78781639--78782658	132	7.9	132	78	7	984	29	14	29	26	1.95
78782102--78782143	22	2.0	21	95	4	75	45	14	30	9	1.77
78782058--78782183	66	1.9	66	85	3	173	37	14	26	21	1.92
78782015--78782227	110	1.9	110	87	0	309	34	14	26	24	1.93
78781970--78782271	154	2.0	154	86	0	424	32	14	27	24	1.94
78782124--78782663	44	12.3	44	89	1	742	29	14	29	26	1.95
78785614--78785916	130	2.3	131	85	5	391	27	19	18	34	1.95
78785583--78786047	130	3.5	131	79	7	338	29	18	18	33	1.95
78785618--78786107	132	3.7	133	77	9	434	27	20	18	34	1.95
78788723--78788765	22	2.0	22	86	9	61	23	20	30	25	1.99
78808676--78808706	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
78816720--78816786	18	3.9	18	78	11	77	37	11	10	40	1.77
78817211--78817522	72	4.3	71	82	4	358	25	7	14	52	1.67
78818107--78818139	16	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
78819537--78819695	27	5.9	27	78	14	141	35	20	24	19	1.96
78819537--78819698	54	3.0	54	89	2	229	35	20	24	19	1.96
78819799--78819874	26	2.8	27	86	4	100	31	11	21	35	1.89
78821315--78821422	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
78822464--78822520	24	2.6	21	75	21	55	52	1	1	43	1.21
78822701--78822753	13	4.1	13	77	0	61	35	32	7	24	1.84
78822701--78822753	26	2.0	26	88	0	79	35	32	7	24	1.84
78824954--78824986	18	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78839555--78839623	27	2.6	27	90	0	111	11	5	34	47	1.64
78841464--78841595	50	2.7	50	80	10	155	27	19	28	25	1.99
78844733--78844776	23	1.9	23	90	0	70	29	25	15	29	1.96
78847457--78847567	27	4.1	26	86	5	114	35	20	23	20	1.96
78847477--78847566	28	3.3	28	89	4	130	34	22	23	20	1.97
78847667--78847732	26	2.5	26	82	9	89	28	10	24	36	1.89
78848651--78848683	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
78854706--78854745	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
78855373--78855487	27	4.3	26	87	5	104	35	20	22	20	1.96
78855412--78855486	28	2.7	28	91	2	116	34	20	22	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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