genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81462002--81462133	49	2.7	49	86	8	189	28	18	28	25	1.98
81464747--81464796	26	1.9	26	100	0	100	32	12	20	36	1.89
81467697--81467771	23	3.2	23	88	5	107	32	4	42	21	1.71
81481020--81481097	24	3.2	24	92	0	120	33	3	42	20	1.70
81482081--81482112	16	2.1	15	94	5	55	50	21	18	9	1.75
81482528--81482605	27	2.9	27	82	0	102	17	24	20	37	1.94
81482528--81482638	27	4.1	27	76	7	93	17	21	20	40	1.91
81485061--81485192	49	2.7	49	86	8	189	28	18	28	25	1.98
81487811--81487860	26	1.9	26	100	0	100	32	12	20	36	1.89
81496114--81496372	46	5.6	45	76	11	188	27	18	30	23	1.98
81498429--81498511	39	2.0	41	93	6	143	24	14	18	43	1.87
81507801--81507847	23	2.1	23	92	4	78	44	2	10	42	1.51
81507806--81507854	23	2.2	23	81	3	55	51	2	14	32	1.54
81508221--81508246	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
81508922--81509012	29	3.2	29	81	6	107	29	32	13	24	1.93
81512196--81512260	22	3.0	22	73	13	71	33	21	23	21	1.97
81512402--81512523	41	3.0	41	90	2	183	26	30	23	19	1.98
81512762--81513184	27	15.7	27	79	5	257	30	8	19	41	1.81
81513175--81513250	27	2.8	27	83	0	89	32	18	14	34	1.91
81516520--81516592	28	2.6	29	86	2	103	30	31	15	23	1.95
81519492--81519564	29	2.5	29	81	0	83	28	17	27	26	1.98
81522719--81522860	67	2.1	67	86	5	194	32	22	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81526296--81526432	46	3.0	46	87	0	193	25	30	8	35	1.86
81526406--81526687	47	6.1	47	81	8	299	27	28	10	32	1.91
81526573--81526687	51	2.4	48	88	5	160	26	27	10	35	1.89
81526436--81526686	138	1.8	134	87	3	367	27	28	11	33	1.91
81526614--81526688	25	3.1	25	65	18	59	30	26	8	34	1.85
81537699--81537792	29	3.3	29	78	1	91	29	13	27	28	1.94
81548462--81548505	22	2.0	23	82	8	56	4	20	18	56	1.58
81549693--81549759	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
81549811--81549917	26	4.3	26	87	10	143	27	18	23	30	1.98
81550128--81550191	31	2.1	31	90	0	101	35	18	23	21	1.95
81557800--81557876	20	3.9	19	85	9	61	38	9	18	33	1.82
81557810--81557880	20	3.6	19	83	10	90	38	9	18	33	1.84
81557928--81557971	22	2.0	22	95	0	79	22	20	25	31	1.98
81557928--81558029	23	4.3	24	83	11	97	28	19	22	29	1.98
81558240--81558330	38	2.7	31	73	22	94	35	15	24	25	1.94
81566500--81566538	20	1.9	20	84	5	51	25	23	20	30	1.98
81570915--81571032	40	3.0	40	96	0	209	29	29	18	22	1.97
81581890--81582014	41	3.0	40	71	8	97	27	24	16	32	1.96
81587173--81587283	29	3.9	29	86	1	152	27	14	27	29	1.95
81589680--81589734	26	2.1	27	93	3	94	34	16	12	36	1.87
81594062--81594105	21	2.1	21	91	0	70	25	27	22	25	2.00
81598612--81598699	45	2.0	45	95	0	158	15	10	27	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81598759--81598815	26	2.1	27	87	3	80	29	12	19	38	1.88
81599120--81599153	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
81600157--81600237	28	2.8	30	81	9	105	23	27	14	34	1.94
81600191--81600252	29	2.1	29	81	0	70	27	29	14	29	1.95
81606327--81606501	27	6.5	27	84	3	183	29	28	15	27	1.96
81606327--81606501	54	3.2	54	83	2	208	29	28	15	27	1.96
81606346--81606500	81	1.9	81	86	5	224	28	28	16	27	1.97
81617508--81617685	27	6.6	27	83	5	180	28	28	15	26	1.96
81617529--81617684	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
81619970--81620025	28	2.0	28	96	0	103	28	26	16	28	1.97
81621091--81621125	18	2.0	18	88	5	54	28	17	17	37	1.92
81622194--81622281	29	3.0	29	81	6	115	28	27	12	31	1.93
81622327--81622363	19	1.9	19	88	0	56	27	32	8	32	1.86
81626120--81626213	27	3.5	26	83	9	82	18	25	21	35	1.95
81626109--81626219	54	2.1	53	84	5	143	16	24	23	36	1.94
81633894--81634004	27	4.2	26	84	10	134	17	24	22	36	1.95
81633904--81634004	53	1.9	53	89	4	159	16	24	21	36	1.94
81637464--81637567	40	2.6	40	83	3	120	25	18	22	34	1.96
81637476--81637571	40	2.4	40	85	3	122	27	18	22	31	1.97
81637556--81637656	28	3.6	28	82	0	121	23	13	32	29	1.94
81639003--81639046	22	2.1	20	83	8	52	34	6	18	40	1.77
81641776--81641943	56	3.0	56	91	0	273	33	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81642128--81642160	16	2.1	16	100	0	66	42	12	0	45	1.41
81642483--81642539	32	1.9	31	83	16	77	24	17	3	54	1.59
81647147--81647247	40	2.4	43	80	14	122	29	25	16	27	1.97
81647247--81647293	7	6.6	7	87	4	67	42	40	2	14	1.58
81647247--81647291	22	2.0	22	91	0	72	44	37	2	15	1.59
81651810--81651834	10	2.5	10	100	0	50	44	20	0	36	1.52
81652090--81652200	56	2.0	56	96	0	204	33	26	14	26	1.94
81652731--81652787	32	1.9	30	83	16	75	24	17	3	54	1.59
81652719--81652787	30	2.4	31	80	20	78	24	20	4	50	1.66
81659453--81659634	46	4.0	46	89	1	249	40	15	23	21	1.91
81681927--81681974	25	1.9	25	86	0	69	33	27	14	25	1.94
81682018--81682072	20	3.0	20	84	12	73	34	12	21	30	1.91
81682036--81682073	16	2.4	16	95	4	69	36	13	18	31	1.89
81682123--81682313	24	8.0	24	88	2	269	28	20	22	28	1.99
81682123--81682313	71	2.7	72	87	1	267	28	20	22	28	1.99
81690428--81690550	24	5.0	24	86	6	158	29	24	20	26	1.99
81701361--81701477	51	2.3	51	83	3	144	40	21	21	17	1.92
81701480--81701608	45	2.8	46	88	4	190	41	22	16	19	1.90
81705748--81705831	26	3.4	25	88	6	109	27	21	22	28	1.99
81705878--81705925	9	4.7	11	78	19	59	35	18	8	37	1.81
81705878--81705925	20	2.4	20	92	0	78	35	18	8	37	1.81
81713728--81713811	26	3.4	25	90	6	118	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81713859--81713905	20	2.3	20	92	0	85	36	19	8	36	1.82
81713867--81713903	5	7.6	5	82	17	51	40	21	2	35	1.68
81713867--81713903	9	3.9	9	86	13	56	40	21	2	35	1.68
81713942--81713988	24	2.0	24	86	0	67	27	14	23	34	1.94
81733401--81733502	47	2.2	47	98	0	195	30	28	7	33	1.85
81735953--81736030	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
81736219--81736292	22	3.3	22	62	7	58	28	31	10	29	1.91
81736196--81736567	47	8.0	47	97	1	707	29	29	8	31	1.87
81745519--81745627	42	2.6	42	79	4	121	33	24	16	24	1.96
81746042--81746066	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
81750278--81750333	29	2.0	28	92	3	94	21	23	23	32	1.98
81756082--81756158	36	2.1	36	88	4	111	29	25	7	36	1.84
81758507--81758590	13	6.5	13	88	0	96	38	23	8	29	1.84
81758501--81758588	26	3.4	26	82	0	113	35	23	7	32	1.84
81758759--81758833	37	2.0	37	100	0	150	53	8	5	33	1.53
81760498--81760542	24	1.9	23	86	4	63	20	24	24	31	1.98
81762537--81762581	24	1.9	23	86	4	63	20	24	24	31	1.98
81779963--81780134	93	1.8	93	92	2	292	29	29	19	20	1.97
81779956--81780131	46	3.8	46	77	14	191	30	29	19	20	1.97
81787528--81787656	46	2.8	46	91	2	206	30	28	20	20	1.98
81791015--81791045	14	2.2	14	100	0	62	32	6	25	35	1.82
81791961--81792133	48	3.6	48	88	0	229	26	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81796073--81796330	47	5.5	48	73	10	212	25	18	30	26	1.98
81803030--81803299	46	5.8	46	77	8	224	24	30	17	27	1.97
81803076--81803294	94	2.3	94	81	10	236	23	29	18	27	1.98
81804982--81805013	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
81804979--81805272	50	5.8	50	82	1	327	25	15	27	30	1.96
81804980--81805272	101	2.9	100	80	1	307	25	15	27	31	1.96
81804986--81805278	151	1.9	152	87	1	426	25	15	27	31	1.96
81817358--81817761	85	4.7	85	76	7	379	34	12	9	43	1.75
81817312--81817806	255	1.9	256	88	1	751	34	12	9	42	1.76
81817402--81817839	85	5.2	84	75	9	327	33	13	9	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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