genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60361339--60361444	36	3.1	34	80	14	119	43	0	55	0	1.06
60361323--60361448	36	3.5	35	75	17	98	40	0	58	0	1.03
60361548--60361666	24	4.5	26	69	24	72	32	0	67	0	0.91
60361551--60361692	19	7.2	19	71	17	87	32	0	67	0	0.91
60361552--60361690	58	2.3	60	81	10	169	33	0	66	0	0.92
60361576--60361689	39	3.0	38	76	17	112	34	0	65	0	0.93
60361643--60361733	26	3.3	29	81	10	100	35	0	64	0	0.94
60361554--60361740	93	1.9	98	80	14	221	33	0	66	0	0.92
60361696--60361737	16	2.7	16	77	3	50	35	0	64	0	0.94
60361742--60361801	31	1.9	31	86	6	86	45	1	48	5	1.34
60361782--60361840	9	6.4	9	74	16	50	42	0	57	0	0.98
60361781--60361840	20	3.3	17	76	15	66	41	0	58	0	0.98
60361915--60362029	28	4.1	28	70	16	78	35	0	62	1	1.06
60361996--60362024	14	2.0	15	93	6	51	37	0	62	0	0.96
60362040--60362077	13	2.7	14	84	12	51	31	0	68	0	0.90
60362048--60362103	15	3.6	16	78	9	62	35	0	64	0	0.94
60361900--60362103	31	6.9	30	73	17	117	34	0	63	1	1.06
60362205--60362252	16	2.8	16	84	9	60	39	0	60	0	0.97
60362259--60362348	24	3.5	27	73	25	72	35	1	62	1	1.10
60362180--60362299	35	3.4	35	76	15	111	37	0	60	0	1.08
60362304--60362360	17	3.4	16	77	20	62	40	0	57	1	1.09
60362275--60362341	24	2.9	22	82	14	73	34	0	64	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60362305--60362386	33	2.4	32	82	9	101	40	0	58	1	1.06
60362304--60362386	35	2.3	35	82	12	98	39	0	59	1	1.05
60362416--60362454	18	2.2	18	86	9	53	20	0	79	0	0.73
60362418--60362463	19	2.4	19	85	7	58	23	0	76	0	0.79
60362501--60362577	39	2.0	38	82	5	91	32	0	66	1	1.00
60362755--60362893	16	8.6	16	68	20	51	40	0	58	0	1.08
60362816--60362889	24	3.1	25	73	19	77	37	0	60	1	1.05
60362806--60362899	8	11.6	9	70	25	52	39	0	59	1	1.04
60362816--60362917	48	2.1	49	82	15	124	40	0	56	2	1.14
60362956--60363066	12	8.3	13	69	24	54	32	0	66	0	0.98
60362985--60363073	38	2.3	40	79	16	98	31	1	67	0	0.98
60363030--60363075	22	2.1	22	88	8	67	28	0	71	0	0.86
60363030--60363082	20	2.5	21	84	9	63	32	0	67	0	0.91
60363112--60363477	24	15.2	24	65	23	89	38	0	60	1	1.05
60363117--60363238	45	2.7	45	76	17	128	43	0	55	0	1.05
60363212--60363254	18	2.3	19	84	8	61	44	0	55	0	0.99
60363204--60363259	25	2.1	28	84	15	75	42	0	57	0	0.99
60363187--60363354	45	3.8	44	73	18	111	41	0	57	1	1.09
60363293--60363397	18	5.9	19	71	22	77	31	0	68	0	0.90
60363368--60363442	22	3.5	21	75	19	75	33	0	65	1	1.01
60363404--60363451	13	3.7	12	78	15	51	35	0	64	0	0.94
60363317--60363444	49	2.7	46	75	20	113	32	0	67	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60364586--60364633	23	2.1	23	85	11	64	10	20	10	58	1.60
60369122--60369172	20	2.5	21	90	6	86	9	21	11	56	1.63
60371537--60371630	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
60377925--60377952	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
60377949--60378022	6	13.2	6	78	18	72	33	1	17	47	1.56
60377950--60378026	11	7.5	11	79	15	94	33	1	18	46	1.57
60377944--60378022	30	2.6	30	83	13	99	32	2	16	48	1.60
60377964--60378025	5	12.0	5	76	17	56	33	1	17	46	1.58
60377950--60378026	20	3.8	21	83	16	108	33	1	18	46	1.57
60386819--60387056	43	5.5	43	92	2	354	31	13	20	34	1.92
60387224--60387337	45	2.6	45	83	8	137	22	21	29	25	1.99
60390092--60390152	32	1.9	32	93	3	106	37	19	9	32	1.85
60404628--60404655	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
60414398--60414441	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
60417528--60417564	15	2.4	15	90	4	56	75	0	5	18	0.99
60418244--60418268	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
60419025--60419095	28	2.5	28	90	4	108	32	26	12	28	1.93
60419850--60419895	23	2.0	23	100	0	92	30	26	17	26	1.97
60423697--60423837	68	2.1	68	81	2	158	33	26	9	29	1.89
60426635--60426665	15	2.1	14	94	5	53	48	0	0	51	1.00
60435776--60435811	18	1.9	19	88	5	56	58	2	2	36	1.27
60436222--60436323	31	3.3	31	86	5	143	40	5	24	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60443619--60443794	46	3.8	46	77	14	191	22	21	27	28	1.99
60443615--60443786	93	1.8	93	91	2	283	22	21	27	27	1.99
60445852--60446024	43	4.1	42	78	9	181	34	24	12	28	1.91
60449424--60449554	69	1.9	68	81	4	156	30	26	16	26	1.96
60457399--60457448	14	3.7	14	73	10	59	24	10	12	54	1.67
60457403--60457458	26	2.2	26	100	0	112	25	10	10	53	1.67
60468334--60468366	16	2.1	16	100	0	66	36	30	6	27	1.81
60475097--60475126	13	2.3	13	94	0	51	20	6	13	60	1.55
60481593--60481815	39	5.7	40	76	15	180	26	27	22	23	2.00
60507837--60508060	40	5.7	40	87	3	285	23	22	27	26	2.00
60507837--60508060	79	2.8	80	85	4	285	23	22	27	26	2.00
60507837--60508060	119	1.9	119	83	5	292	23	22	27	26	2.00
60509114--60509252	37	3.8	37	96	0	224	28	30	17	23	1.97
60509371--60509814	47	9.4	47	93	1	744	29	29	8	32	1.86
60509421--60509499	25	3.3	25	68	10	83	34	26	5	34	1.78
60509371--60509810	143	3.1	142	92	3	735	30	29	8	32	1.86
60509371--60509814	190	2.4	188	93	0	744	29	29	8	32	1.86
60519990--60520138	40	3.7	40	91	1	219	23	22	26	27	1.99
60524728--60524849	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
60524700--60525044	47	7.3	47	92	3	491	26	31	9	32	1.89
60527643--60527684	7	6.3	7	81	10	52	16	11	11	59	1.61
60528893--60528917	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60529358--60529478	60	2.0	60	95	0	215	49	14	13	23	1.77
60539389--60539435	20	2.3	20	92	0	76	23	21	23	31	1.98
60540436--60540509	37	2.0	37	97	0	139	43	12	6	37	1.69
60541067--60541275	53	3.9	53	75	9	199	22	24	16	36	1.94
60549465--60549815	47	7.4	47	72	10	218	23	29	19	27	1.98
60549465--60549815	141	2.5	140	79	7	338	23	29	19	27	1.98
60549506--60549823	94	3.4	93	81	6	358	23	29	18	27	1.98
60550162--60550224	30	2.1	30	88	5	92	28	25	9	36	1.87
60552613--60552782	93	1.8	93	93	0	295	28	29	20	21	1.98
60552604--60552779	46	3.8	46	79	7	203	29	28	19	21	1.98
60567763--60567839	9	8.6	9	89	0	100	41	20	10	27	1.85
60567898--60567922	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
60567899--60567936	18	2.1	18	90	0	58	10	2	44	42	1.52
60575752--60575837	27	3.2	26	85	4	91	37	19	23	19	1.94
60581963--60582031	27	2.6	27	79	4	77	24	17	14	43	1.86
60584703--60584741	20	1.9	21	89	5	62	30	2	12	53	1.52
60584995--60585095	37	2.7	37	87	0	139	32	17	23	25	1.97
60588505--60588660	85	1.8	85	82	5	199	29	21	22	26	1.99
60597198--60597321	42	3.0	40	79	10	115	25	20	27	26	1.99
60597203--60597361	85	1.9	85	81	5	196	25	22	26	25	2.00
60600912--60601018	53	2.0	53	96	0	196	26	29	16	27	1.97
60600965--60601042	39	2.0	39	100	0	156	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60603867--60604031	42	3.9	42	83	4	190	29	14	26	30	1.95
60603867--60604033	85	2.0	84	88	5	248	28	14	26	30	1.95
60606232--60606318	44	2.0	44	93	0	147	56	11	12	19	1.66
60608758--60608799	21	2.0	21	100	0	84	52	14	9	23	1.71
60613053--60613153	9	11.6	9	75	6	55	13	9	7	68	1.39
60613065--60613157	6	15.5	6	78	0	51	12	9	9	67	1.41
60613049--60613153	12	8.8	12	77	0	57	15	9	7	67	1.40
60614546--60614585	20	2.0	19	85	9	53	40	22	5	32	1.76
60615908--60615934	14	1.9	14	100	0	54	62	14	7	14	1.51
60616216--60616367	42	3.6	41	84	2	162	31	21	15	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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