genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51849359--51849500	43	3.4	41	84	4	167	30	16	23	28	1.97
51855053--51855189	65	2.1	65	98	0	265	32	3	19	43	1.69
51865999--51866121	47	2.7	46	96	3	223	22	21	27	28	1.99
51880494--51880561	34	2.0	35	82	8	86	23	23	10	42	1.84
51881500--51881571	35	2.1	35	82	7	85	43	11	25	20	1.85
51883617--51883791	46	3.8	46	77	10	185	29	28	20	22	1.98
51889139--51889195	28	2.0	28	86	6	80	33	26	8	31	1.87
51889301--51889390	28	3.2	27	82	7	110	20	25	22	32	1.98
51889311--51889382	27	2.6	27	86	4	99	22	27	18	31	1.97
51890474--51890507	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
51897006--51897070	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
51897176--51897265	27	3.2	27	85	7	119	18	25	23	32	1.97
51897188--51897276	27	3.2	28	82	7	74	22	28	17	31	1.97
51897176--51897290	55	2.1	56	80	11	130	19	25	20	34	1.96
51905525--51905575	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
51905615--51905653	10	3.8	10	83	6	51	30	15	17	35	1.91
51905613--51905653	21	2.0	21	95	0	73	31	14	17	36	1.90
51905698--51905767	25	2.9	24	87	4	95	28	25	20	25	1.99
51905724--51905780	24	2.4	23	77	11	62	35	21	19	24	1.96
51913466--51913516	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
51913556--51913590	10	3.4	10	92	7	61	31	20	20	28	1.97
51913581--51913620	18	2.2	18	95	0	71	32	15	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51913657--51913739	25	3.4	24	83	6	96	30	24	19	26	1.98
51934155--51934227	34	2.1	34	82	5	85	27	21	26	24	2.00
51934557--51934616	29	2.1	29	100	0	120	46	20	6	26	1.75
51938807--51938952	75	1.9	75	86	2	204	26	19	24	29	1.99
51948121--51948163	20	2.2	20	83	8	52	46	6	6	39	1.58
51948471--51948573	23	4.5	23	76	14	97	26	22	17	33	1.96
51948484--51948575	23	4.1	22	78	14	98	25	22	17	34	1.96
51951090--51951211	47	2.6	45	83	13	142	26	18	31	23	1.98
51951090--51951308	46	4.7	46	75	10	164	26	20	29	23	1.99
51953190--51953304	23	5.0	23	69	14	67	34	22	26	16	1.95
51953186--51953317	71	1.9	71	91	0	219	33	21	25	18	1.97
51955436--51955515	3	28.3	3	76	16	82	70	0	1	28	0.96
51955443--51955515	8	9.5	8	73	19	66	71	0	1	27	0.95
51955442--51955511	11	6.5	11	86	6	108	70	0	1	28	0.96
51955443--51955513	31	2.3	31	95	2	126	71	0	1	26	0.94
51955443--51955531	31	2.9	31	85	9	119	67	1	1	30	1.05
51955501--51955549	20	2.5	20	86	6	64	57	4	0	38	1.18
51956139--51956218	41	2.0	41	97	0	151	21	23	41	13	1.89
51957006--51957069	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
51957263--51957430	25	7.0	24	89	6	234	28	21	20	29	1.98
51957476--51957546	20	3.5	20	86	0	97	32	21	12	33	1.91
51968892--51969158	24	11.1	24	89	4	387	30	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51972247--51972704	47	9.7	47	96	1	801	29	28	8	33	1.86
51979402--51979542	23	5.9	24	72	15	80	24	21	18	35	1.95
51979398--51979518	23	5.1	23	73	12	88	22	23	19	34	1.96
51979734--51979786	20	2.6	20	80	14	56	39	7	9	43	1.65
51979777--51979815	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
51981679--51981722	21	2.1	21	83	8	54	40	0	13	45	1.44
51995385--51995416	16	2.0	16	93	0	55	56	0	9	34	1.32
51995454--51995482	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
51999247--51999280	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
51999999--52000120	43	2.9	42	78	7	131	27	23	17	31	1.97
52001474--52001546	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
52001493--52001546	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
52003328--52003381	7	7.6	7	78	12	56	38	1	1	57	1.20
52004054--52004203	75	2.0	75	84	2	194	41	21	8	28	1.82
52017251--52017382	65	2.0	65	98	0	255	49	14	3	32	1.61
52017457--52017487	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
52022321--52022401	40	2.0	40	97	0	153	40	11	27	20	1.86
52029447--52029481	8	4.4	8	92	0	52	68	0	0	31	0.90
52034455--52034627	46	3.7	46	78	10	181	22	19	26	31	1.97
52034452--52034622	93	1.8	93	89	0	270	22	19	27	30	1.98
52037102--52037140	16	2.4	16	91	0	69	30	12	23	33	1.92
52039379--52039408	9	3.4	9	95	4	53	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52043634--52043858	79	2.8	80	80	12	239	26	22	25	24	2.00
52043634--52043858	40	5.7	40	85	5	253	26	22	25	24	2.00
52043634--52043858	119	1.9	120	81	9	273	26	22	25	24	2.00
52043727--52043891	79	2.1	79	80	8	176	27	21	25	25	1.99
52046964--52046988	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
52047689--52048046	48	7.6	46	78	9	298	27	18	30	23	1.98
52047691--52048055	142	2.6	142	81	8	397	27	18	30	23	1.98
52049943--52049987	22	2.0	23	91	4	74	33	4	8	53	1.52
52050063--52050204	76	1.9	76	88	2	214	45	11	6	37	1.66
52052999--52053157	84	1.9	84	86	1	230	34	7	11	46	1.68
52053250--52053317	30	2.3	30	87	7	95	41	14	10	33	1.80
52055911--52056029	43	2.8	43	75	10	116	31	28	15	24	1.95
52065187--52065358	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
52065180--52065355	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
52075962--52076042	9	7.8	10	69	17	58	32	2	2	62	1.21
52078554--52078807	55	4.8	54	77	12	244	22	24	16	36	1.95
52080839--52081070	27	8.6	27	81	4	263	31	21	7	39	1.81
52080839--52081071	54	4.3	53	81	5	290	31	21	7	39	1.81
52080839--52081072	107	2.2	108	91	2	373	31	21	7	40	1.80
52081023--52081161	27	5.1	27	74	10	97	38	22	7	31	1.83
52081064--52081214	81	1.9	81	84	0	203	41	19	9	29	1.83
52081064--52081245	27	6.8	27	83	0	177	40	19	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52081064--52081271	54	3.9	55	79	5	192	39	20	10	29	1.86
52081233--52081407	27	6.5	27	89	0	278	33	17	22	26	1.96
52081624--52081693	25	2.8	25	86	0	104	27	24	21	27	1.99
52081745--52081836	38	2.4	38	98	0	175	15	11	39	33	1.84
52081952--52082035	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
52084298--52084481	27	6.8	27	87	0	251	30	23	7	38	1.83
52084298--52084510	81	2.6	80	83	2	264	31	22	7	37	1.83
52084460--52084586	27	4.8	26	75	10	87	39	18	9	32	1.83
52084502--52084652	27	5.7	26	75	10	85	38	20	11	29	1.87
52084614--52084773	27	6.0	27	88	2	227	35	20	21	23	1.96
52084978--52085047	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
52084979--52085060	25	3.4	24	82	12	80	26	23	23	26	2.00
52085268--52085382	31	3.7	31	91	1	196	29	15	25	29	1.96
52087337--52087404	32	2.1	32	100	0	136	26	10	20	42	1.84
52090740--52090784	21	2.1	21	95	0	81	33	8	17	40	1.81
52092581--52092612	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
52099144--52099279	26	5.3	26	89	3	199	27	23	20	27	1.99
52099346--52099384	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
52099341--52099403	20	3.2	20	91	8	96	36	19	7	36	1.81
52099346--52099402	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
52108870--52109002	27	5.0	27	87	5	180	38	19	9	32	1.85
52108870--52109029	54	3.0	53	87	2	196	38	19	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52108871--52109029	27	6.0	26	84	1	156	38	18	10	32	1.84
52109013--52109098	27	3.2	26	77	6	82	40	19	15	24	1.90
52111318--52111509	40	4.8	40	86	2	269	26	27	22	23	2.00
52116321--52116423	28	3.7	28	84	0	134	23	15	34	26	1.94
52117514--52118567	48	22.0	48	93	3	1678	31	27	6	34	1.82
52118388--52118468	38	2.2	38	90	2	137	33	27	7	32	1.84
52124705--52124967	40	6.6	40	85	3	289	26	27	20	25	1.99
52124705--52124967	120	2.2	119	83	3	323	26	27	20	25	1.99
52128064--52128168	27	4.0	27	85	2	133	40	19	8	32	1.82
52146553--52146615	18	3.5	18	95	0	117	25	6	30	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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