genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77792902--77792976	3	25.0	3	100	0	150	66	0	33	0	0.92
77794477--77794601	64	2.0	65	84	6	166	32	1	12	53	1.48
77794771--77794869	50	2.0	50	97	0	189	24	22	12	41	1.87
77797837--77797877	21	2.0	22	90	9	68	53	0	2	43	1.13
77811588--77811632	20	2.2	20	84	7	56	24	2	0	73	0.95
77818900--77818943	22	2.0	22	95	0	79	43	15	13	27	1.85
77820276--77820304	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
77827650--77827921	50	5.5	50	80	3	228	27	20	29	23	1.99
77827650--77827930	100	2.8	100	83	7	308	27	20	28	22	1.99
77835755--77835817	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
77835755--77835817	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
77835747--77835824	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
77835995--77836087	44	2.1	46	89	4	145	34	26	6	32	1.82
77836069--77836155	16	5.4	16	84	0	111	28	25	5	40	1.78
77837475--77837542	34	2.0	34	88	5	102	50	16	11	22	1.77
77851071--77851122	26	2.0	26	85	7	70	44	3	11	40	1.59
77851438--77851521	43	2.0	43	87	0	123	35	21	21	21	1.96
77857127--77857238	57	1.9	58	84	12	151	49	5	14	31	1.66
77857230--77857258	6	5.0	6	91	8	51	65	0	17	17	1.27
77864155--77864183	13	2.1	14	93	6	51	6	17	3	72	1.21
77864246--77864552	94	3.3	94	82	2	339	35	16	21	27	1.94
77868850--77869005	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77876166--77876321	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
77880929--77881041	55	2.1	55	81	3	129	14	25	25	34	1.94
77884993--77885063	35	2.0	35	97	0	133	22	19	23	33	1.97
77889712--77889764	27	2.0	27	100	0	106	22	11	18	47	1.81
77893405--77893847	74	6.0	74	89	0	647	38	26	7	27	1.84
77896585--77896624	6	6.7	6	100	0	80	85	0	0	15	0.61
77900759--77900811	25	2.1	25	100	0	106	32	15	32	20	1.93
77902088--77902169	43	1.9	43	94	0	146	30	2	20	46	1.64
77903296--77903341	6	7.5	6	86	13	67	80	2	0	17	0.81
77903273--77903341	11	5.5	13	76	19	67	73	4	0	21	1.00
77903361--77903446	9	9.6	9	92	0	136	24	9	22	44	1.82
77906022--77906079	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
77906350--77906507	49	3.2	48	94	2	264	31	6	31	30	1.84
77906625--77906703	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77910909--77911078	43	4.0	43	77	9	159	30	23	18	27	1.97
77910959--77911072	44	2.6	44	86	6	153	30	25	19	24	1.98
77918801--77918842	22	2.0	21	86	13	61	61	4	11	21	1.48
77924323--77924365	20	2.1	21	86	4	61	48	11	2	37	1.52
77929381--77929660	48	5.9	48	77	10	243	28	25	20	26	1.99
77933358--77933448	33	2.7	34	81	6	87	26	29	14	29	1.95
77939704--77939819	47	2.4	48	81	5	137	31	14	28	25	1.95
77939742--77940005	144	1.8	143	80	5	318	31	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77947448--77947767	48	6.7	48	76	7	274	29	18	28	23	1.98
77947442--77947767	144	2.3	143	81	4	390	28	18	28	24	1.98
77947448--77947768	96	3.4	95	80	6	303	29	18	28	23	1.98
77953793--77953850	30	1.9	30	96	0	107	41	5	6	46	1.53
77954221--77954261	11	3.8	11	78	18	50	70	0	0	29	0.87
77954223--77954271	21	2.3	22	85	3	73	77	0	2	20	0.87
77959529--77959809	48	5.9	48	82	2	323	27	16	29	27	1.96
77959529--77959809	96	2.9	96	90	2	431	27	16	29	27	1.96
77965242--77965403	53	3.0	53	70	18	145	43	11	1	43	1.50
77967978--77968037	31	1.9	31	100	0	120	26	10	23	40	1.86
77968778--77969013	118	2.0	118	98	0	454	23	18	21	36	1.95
77971586--77971624	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
77971605--77971650	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
77971819--77971854	5	7.0	5	87	6	54	5	58	36	0	1.22
77971819--77971854	16	2.3	15	90	4	54	5	58	36	0	1.22
77972002--77972066	21	2.9	21	70	24	51	44	12	0	43	1.41
77976592--77976673	41	2.0	42	85	2	112	25	28	21	24	1.99
77978916--77978982	26	2.5	26	92	2	116	56	11	14	16	1.67
77986236--77986284	5	9.2	5	82	12	62	40	2	20	36	1.64
77986314--77986460	31	4.7	31	80	6	181	44	4	21	29	1.73
77986315--77986460	62	2.4	62	87	2	213	44	4	21	29	1.72
77986313--77986397	14	5.6	14	70	15	53	47	3	20	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77987922--77987953	6	5.3	6	96	0	55	53	0	0	46	1.00
77989771--77989813	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
77990266--77990434	48	3.6	48	74	6	182	29	18	27	24	1.98
77990454--77990584	49	2.7	48	78	4	138	29	19	26	25	1.98
77993959--77994314	47	7.6	47	89	4	513	28	30	8	32	1.87
77994065--77994314	93	2.7	92	88	7	312	30	29	8	32	1.86
78014923--78014964	21	2.0	21	81	9	50	47	2	0	50	1.14
78015856--78015891	15	2.2	18	85	14	51	33	0	0	66	0.92
78016060--78016099	19	2.1	19	100	0	80	40	5	5	50	1.46
78016577--78016615	19	2.1	19	100	0	78	41	0	15	43	1.46
78020013--78020190	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78020034--78020189	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78021454--78021478	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
78030427--78030473	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
78031770--78031947	27	6.6	27	83	3	196	30	28	14	26	1.95
78031791--78031946	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
78033207--78033239	16	2.1	16	88	11	50	6	9	6	78	1.08
78033742--78033831	46	1.9	47	84	6	121	27	21	32	18	1.97
78035504--78035567	32	2.0	32	93	0	110	37	6	18	37	1.76
78039848--78039972	54	2.3	54	91	2	196	26	12	28	33	1.92
78039848--78039972	28	4.5	28	92	3	200	26	12	28	33	1.92
78044692--78044842	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78052795--78052837	21	2.0	22	95	4	79	11	9	4	74	1.20
78056115--78056161	22	2.2	22	84	3	60	21	36	29	12	1.91
78057357--78057511	56	2.7	56	76	14	156	33	22	15	28	1.95
78068720--78068747	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
78071703--78071822	55	2.2	55	81	0	132	28	31	21	18	1.97
78072363--78072394	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
78082620--78082663	18	2.4	18	92	0	70	38	15	13	31	1.87
78082779--78082897	51	2.3	53	82	4	134	41	15	21	22	1.90
78084141--78084184	16	2.8	16	86	10	63	56	2	0	40	1.11
78096134--78096165	15	2.1	16	88	11	50	46	18	0	34	1.49
78105257--78105326	31	2.3	29	76	9	68	27	1	7	64	1.28
78106768--78106841	38	1.9	38	86	5	105	33	4	18	43	1.69
78107608--78107637	15	2.0	15	93	0	51	33	10	13	43	1.77
78109207--78109298	33	2.7	33	86	3	121	23	20	38	17	1.93
78109749--78109792	19	2.3	19	88	0	61	29	18	15	36	1.92
78114120--78114305	40	4.7	40	86	5	225	25	26	22	25	2.00
78122899--78122972	23	3.2	22	72	14	69	20	1	27	51	1.55
78122909--78122985	24	3.3	23	73	14	77	18	2	27	51	1.59
78122890--78122994	47	2.2	47	94	0	192	20	3	26	48	1.67
78136574--78136621	21	2.2	22	79	20	57	68	0	4	27	1.07
78139723--78141607	694	2.7	695	79	7	2121	34	12	22	30	1.92
78142826--78142924	45	2.3	41	81	8	108	25	17	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78158233--78158280	26	1.9	24	91	8	78	35	20	16	27	1.94
78167784--78170064	703	3.2	703	82	3	2676	34	12	21	31	1.91
78169588--78170548	484	2.0	484	85	3	1299	34	12	20	31	1.90
78170084--78172144	704	2.9	699	82	3	2514	34	13	21	30	1.92
78174632--78174665	16	2.1	16	94	0	59	52	2	0	44	1.16
78190103--78190284	40	4.5	40	79	6	179	24	15	26	34	1.95
78190132--78190267	41	3.3	41	83	5	141	25	16	25	33	1.96
78190103--78190284	81	2.2	81	84	2	222	24	15	26	34	1.95
78193150--78193215	23	2.8	24	83	4	89	45	22	15	16	1.85
78196837--78196916	33	2.4	33	77	8	90	21	43	10	25	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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