genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  84  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28517915--28518233	86	3.7	85	82	5	383	35	21	23	20	1.96
28517948--28518321	42	8.7	43	71	14	236	36	21	22	19	1.95
28517915--28518225	172	1.8	172	94	1	552	35	21	22	20	1.96
28518085--28518354	129	2.1	128	94	0	468	34	22	21	21	1.97
28519180--28519237	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28519449--28519480	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28519574--28519819	50	4.8	50	90	2	366	26	23	30	19	1.98
28523896--28523931	18	1.9	18	88	5	54	27	0	2	69	1.02
28526614--28526643	15	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
28530622--28530666	19	2.3	19	84	3	54	8	8	8	73	1.26
28531208--28531240	17	1.9	17	93	0	57	42	15	18	24	1.88
28532729--28532787	29	2.0	30	86	3	84	50	11	5	32	1.61
28537025--28537112	39	2.2	41	88	6	128	52	2	2	43	1.26
28537482--28537600	55	2.1	55	84	9	152	42	11	4	42	1.61
28537980--28538046	30	2.2	30	81	5	82	38	0	10	50	1.37
28545021--28545055	15	2.3	15	90	0	52	37	20	8	34	1.83
28545297--28545395	46	2.2	45	82	14	114	55	2	8	34	1.41
28547787--28547821	11	3.2	11	95	0	61	48	0	5	45	1.26
28567535--28567560	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
28573428--28573465	13	3.1	13	85	14	62	31	0	0	68	0.90
28573428--28573467	11	3.5	11	89	6	53	30	0	0	70	0.88
28577034--28577076	22	2.0	22	81	9	52	27	4	4	62	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28582812--28582908	39	2.5	39	80	5	99	25	28	24	20	1.99
28582889--28583002	39	2.9	39	93	0	192	27	29	20	22	1.98
28591290--28591333	18	2.5	17	77	3	52	31	0	6	61	1.22
28595260--28595352	48	2.0	47	85	6	125	31	19	11	37	1.88
28598303--28598348	23	2.0	23	91	0	74	58	4	0	36	1.18
28603468--28603633	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
28609900--28610049	52	2.8	53	85	6	187	26	15	27	30	1.96
28611549--28611606	20	2.7	22	75	17	59	53	1	5	39	1.33
28617178--28617299	61	2.0	60	98	1	235	36	12	19	31	1.89
28618832--28618880	22	2.2	22	85	3	62	77	2	16	4	1.01
28621160--28621301	39	3.6	39	86	1	187	26	29	21	22	1.99
28623530--28623563	17	2.1	16	88	5	50	38	0	2	58	1.13
28625662--28625792	70	1.9	70	95	0	235	32	29	14	24	1.94
28629212--28629467	39	6.6	39	89	1	363	28	26	21	23	1.99
28632454--28632503	20	2.5	20	93	0	82	24	16	30	30	1.96
28632598--28632630	6	5.5	6	96	0	57	18	21	15	45	1.85
28633682--28634022	27	12.6	27	81	3	168	35	21	8	34	1.84
28633721--28633862	54	2.6	54	88	0	221	28	23	7	40	1.81
28633696--28633886	81	2.4	81	81	1	222	33	23	7	36	1.82
28633856--28634022	54	3.1	53	78	3	208	37	21	10	30	1.87
28633870--28634025	27	5.8	27	81	3	188	37	21	10	30	1.86
28633872--28634148	54	5.1	54	74	11	205	37	20	14	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28633872--28634116	81	3.0	81	78	7	212	37	20	14	28	1.92
28633980--28634148	27	6.3	27	87	1	205	37	20	16	24	1.93
28634305--28634374	25	2.8	25	89	6	106	28	25	21	24	1.99
28634304--28634399	25	3.9	24	79	9	86	29	23	21	25	1.99
28634305--28634399	50	1.9	50	80	8	113	29	24	22	24	1.99
28635246--28635305	18	3.3	18	75	9	68	43	11	13	31	1.80
28638217--28638251	18	1.9	18	88	0	52	54	20	25	0	1.45
28639367--28639436	29	2.6	26	73	15	70	25	4	2	67	1.23
28644934--28644977	21	2.1	21	86	0	61	22	38	27	11	1.88
28647764--28647876	58	1.9	57	82	7	138	25	24	13	36	1.92
28656602--28656630	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
28658556--28658620	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
28658726--28658815	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
28658726--28658840	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
28665287--28665319	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
28666386--28666450	28	2.3	28	81	0	85	32	24	9	33	1.87
28666556--28666618	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
28666566--28666629	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
28672153--28672258	43	2.5	43	76	0	122	31	16	23	28	1.97
28674623--28674647	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28674663--28674690	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
28677336--28677376	5	8.2	5	94	0	55	39	0	26	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28677781--28678090	57	5.2	57	80	11	336	19	19	20	41	1.90
28677897--28677931	12	2.9	12	86	0	52	17	22	17	42	1.88
28677834--28678045	69	3.2	69	81	13	259	17	17	20	43	1.88
28677793--28678045	126	2.0	126	91	1	409	18	18	20	41	1.90
28678035--28678184	45	3.3	45	84	0	183	21	20	17	41	1.90
28678164--28678207	6	7.2	6	79	5	52	20	15	13	50	1.78
28678164--28678205	18	2.3	19	87	4	59	21	16	14	47	1.82
28679235--28679383	74	2.1	71	94	3	262	46	4	18	30	1.70
28679579--28679638	30	2.0	30	100	0	120	46	3	30	20	1.66
28680473--28680519	13	4.0	13	76	21	50	55	0	29	14	1.40
28682280--28682361	43	1.9	43	100	0	164	34	4	14	46	1.66
28686685--28686727	23	2.0	22	86	9	61	27	4	2	65	1.25
28687780--28687839	30	2.0	30	96	0	111	35	10	1	53	1.44
28687792--28687836	21	2.1	22	83	4	56	33	8	2	55	1.43
28687977--28688044	36	1.9	36	87	3	102	45	4	0	50	1.22
28688890--28688942	19	2.7	19	82	5	70	30	16	3	49	1.64
28689011--28689053	16	2.8	15	80	13	52	39	0	2	58	1.11
28689021--28689059	15	2.4	18	76	24	50	41	0	2	56	1.13
28691794--28691881	42	2.1	42	95	0	158	29	9	18	43	1.80
28694142--28694175	18	1.9	17	88	5	50	55	0	8	35	1.31
28696859--28696908	16	3.4	16	70	30	56	28	10	24	38	1.87
28696860--28696916	28	2.0	28	100	0	114	28	7	24	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28704591--28704629	18	2.0	20	85	9	55	25	0	10	64	1.25
28704875--28704906	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
28709993--28710024	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
28710881--28710919	20	2.0	20	85	10	53	58	7	7	25	1.52
28713179--28713234	27	2.0	28	86	10	80	28	0	21	50	1.49
28731264--28731313	12	4.2	12	80	15	50	72	4	18	6	1.22
28731277--28731323	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
28732849--28732935	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
28733797--28733829	8	4.2	8	96	3	59	87	0	0	12	0.53
28739225--28739272	23	2.2	21	85	7	60	35	8	18	37	1.81
28739535--28739599	34	1.9	34	87	0	94	30	21	27	20	1.98
28742264--28742300	18	2.1	18	89	0	56	2	18	2	75	1.04
28746736--28746833	32	3.1	32	76	14	96	45	9	1	43	1.42
28747240--28747271	14	2.3	14	94	0	55	65	0	0	34	0.93
28751594--28751624	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
28751623--28751792	3	55.3	3	67	12	60	28	6	2	62	1.32
28751947--28751979	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
28752047--28752106	26	2.4	25	76	18	63	31	11	1	55	1.46
28752202--28752259	26	2.1	28	81	9	66	24	10	6	58	1.55
28758235--28758893	88	7.5	88	86	1	883	33	21	23	21	1.97
28758326--28758736	44	9.4	43	65	17	175	33	21	23	21	1.97
28758235--28758893	351	1.9	351	87	0	967	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28758583--28758889	44	7.0	43	61	19	116	33	21	23	21	1.97
28759154--28759234	13	6.0	13	77	18	85	38	50	1	9	1.44
28759156--28759249	30	3.3	30	76	19	110	35	52	1	11	1.45
28759627--28759657	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
28759955--28759996	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
28759991--28760029	20	1.9	21	84	5	53	17	5	2	74	1.12
28760018--28760094	37	2.1	38	82	7	95	25	10	1	62	1.35
28765510--28765548	20	1.9	20	89	5	60	58	2	0	38	1.12
28766455--28766544	45	2.0	43	85	4	117	34	3	11	51	1.54
28766564--28766612	20	2.5	20	83	6	55	57	4	4	34	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325