genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58382747--58382786	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
58397347--58397397	23	2.1	23	85	7	66	52	17	9	19	1.72
58399661--58399695	6	5.5	6	87	12	52	14	20	0	65	1.26
58399621--58399740	63	1.9	64	84	6	165	25	21	6	45	1.76
58404209--58404251	18	2.4	18	96	0	77	25	13	9	51	1.71
58417475--58417850	40	9.5	40	88	4	523	23	22	28	25	2.00
58425713--58425940	40	5.7	40	89	5	345	24	22	28	24	1.99
58425717--58425972	80	3.2	79	88	4	358	24	23	28	23	1.99
58425717--58425972	120	2.2	118	88	6	376	24	23	28	23	1.99
58427788--58427991	80	2.6	79	87	4	279	25	20	27	26	1.99
58427788--58427958	40	4.3	40	92	2	265	24	21	27	26	1.99
58433684--58433851	46	3.6	47	74	11	150	29	17	27	25	1.97
58439531--58439775	40	6.2	39	87	4	280	27	27	21	24	1.99
58439531--58439775	120	2.1	119	85	6	327	27	27	21	24	1.99
58442977--58443053	35	2.2	36	97	2	147	54	7	28	9	1.59
58446280--58446317	18	2.1	18	100	0	76	23	28	21	26	1.99
58452372--58452428	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
58452370--58452440	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
58452381--58452435	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
58452485--58452628	24	6.0	24	87	9	197	29	23	21	25	1.99
58452487--58452628	71	2.0	72	87	9	211	28	23	21	26	1.99
58452821--58452884	31	2.1	31	90	0	101	34	17	23	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58454824--58455019	55	3.6	53	78	6	171	21	26	16	34	1.95
58466399--58466646	45	5.4	45	78	7	214	29	18	29	22	1.97
58466401--58466565	90	1.8	91	86	1	242	29	18	29	21	1.97
58466354--58466616	45	5.7	45	78	7	217	28	19	30	22	1.98
58466532--58466658	48	2.7	47	80	7	125	29	19	29	21	1.98
58468663--58468725	31	2.1	31	90	3	101	23	1	11	63	1.36
58482402--58482441	20	2.1	19	85	4	53	37	7	7	47	1.60
58483487--58483526	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
58483492--58483534	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
58496355--58496439	43	2.0	43	84	9	111	28	24	17	29	1.97
58502549--58502712	39	4.2	39	85	2	197	24	22	27	25	2.00
58502549--58502731	78	2.3	78	81	5	183	24	22	26	26	2.00
58505670--58505723	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
58505725--58505896	27	6.4	27	81	5	168	27	20	18	34	1.95
58505724--58505896	54	3.2	53	82	3	202	27	20	18	34	1.96
58505726--58505896	81	2.1	81	86	0	234	27	20	17	34	1.95
58510417--58510572	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
58510416--58510569	55	2.9	52	81	5	173	27	16	27	28	1.97
58510417--58510572	27	5.7	27	79	6	154	26	16	28	28	1.97
58510409--58510593	27	6.8	27	74	9	92	26	15	28	29	1.96
58510409--58510593	82	2.3	81	77	2	201	26	15	28	29	1.96
58518454--58518609	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58518453--58518606	55	2.9	52	81	5	173	27	16	27	28	1.97
58518454--58518609	27	5.7	27	79	6	154	26	16	28	28	1.97
58523327--58523380	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
58523381--58523578	27	7.4	27	83	1	236	24	18	19	36	1.94
58540934--58541049	39	3.0	39	92	0	187	25	18	27	28	1.98
58540941--58541093	78	2.0	78	81	5	184	24	19	28	27	1.99
58549347--58549506	38	4.2	38	89	2	223	33	26	19	20	1.96
58557445--58557518	38	1.9	38	91	0	121	33	24	20	21	1.97
58560685--58560709	12	2.1	12	100	0	50	8	52	16	24	1.70
58564881--58565058	40	4.5	40	87	3	236	25	28	23	23	2.00
58569464--58569892	47	9.1	47	90	0	642	32	11	29	27	1.92
58569463--58569892	141	3.0	141	95	0	761	32	11	29	27	1.92
58569632--58569707	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
58569773--58569848	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
58570097--58570278	37	4.9	37	93	0	274	24	19	32	24	1.97
58574106--58574140	18	2.0	18	88	5	54	11	31	42	14	1.81
58574625--58574716	46	2.0	46	97	0	175	29	13	25	32	1.93
58577480--58577630	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
58601384--58601470	43	2.1	41	82	8	104	32	27	17	22	1.96
58602475--58602516	20	2.1	20	100	0	84	33	19	4	42	1.72
58607828--58608049	40	5.6	39	81	6	216	24	27	21	26	1.99
58607826--58608049	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58607981--58608058	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58615765--58615986	40	5.7	40	81	8	233	25	27	21	25	1.99
58615765--58615986	79	2.8	79	81	7	247	25	27	21	25	1.99
58615918--58615995	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58624589--58624833	40	6.2	40	91	4	354	26	27	22	23	2.00
58632154--58632249	35	2.7	35	82	3	113	35	18	21	23	1.96
58632164--58632264	35	2.9	35	79	2	105	34	17	22	24	1.96
58637710--58637765	27	2.1	27	82	0	67	25	21	21	32	1.98
58638331--58638442	48	2.3	48	84	0	143	24	20	15	40	1.91
58641131--58641476	47	7.3	47	90	2	473	27	30	9	31	1.89
58643478--58643741	85	3.1	85	99	0	519	26	27	8	37	1.85
58657400--58657675	40	6.9	40	87	2	288	26	28	21	23	1.99
58657384--58657674	80	3.7	80	86	3	356	27	28	20	23	1.99
58657399--58657671	120	2.3	120	91	1	431	26	28	21	23	1.99
58660660--58660750	35	2.6	35	79	6	96	29	9	17	42	1.82
58662818--58662851	15	2.3	15	89	0	50	44	2	20	32	1.67
58668876--58668980	54	1.9	54	92	0	174	29	14	17	39	1.89
58670349--58670449	46	2.2	46	83	3	123	26	21	16	34	1.95
58673498--58673672	46	3.8	45	77	7	190	28	29	20	21	1.98
58673506--58673677	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
58673503--58673692	46	4.1	44	69	18	109	28	28	20	22	1.98
58675443--58676151	353	2.0	353	89	1	1089	32	20	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58677610--58677642	14	2.3	15	89	5	50	81	3	6	9	0.95
58677696--58677734	19	2.0	20	85	5	53	30	5	0	64	1.15
58689338--58689370	4	8.2	4	93	0	57	45	27	3	24	1.68
58695410--58695453	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
58698773--58698917	72	2.0	72	100	0	290	26	17	15	40	1.89
58701304--58701349	21	2.3	20	81	7	58	47	15	6	30	1.70
58704468--58704602	26	5.3	26	85	6	172	28	21	22	28	1.99
58704468--58704602	52	2.7	52	90	5	206	28	21	22	28	1.99
58707401--58707436	19	1.9	19	88	5	56	36	25	5	33	1.79
58711997--58712140	40	3.6	40	82	6	166	28	14	22	34	1.94
58720992--58721103	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
58720992--58721103	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
58727801--58727961	46	3.5	45	81	11	177	28	16	29	25	1.96
58731263--58731368	43	2.5	42	84	7	126	30	26	17	25	1.98
58731274--58731368	42	2.2	43	85	5	122	31	25	16	26	1.97
58735355--58735404	25	2.0	25	84	4	64	36	22	14	28	1.92
58743458--58743509	21	2.5	21	87	0	68	42	9	17	30	1.81
58744798--58744897	29	3.5	29	80	1	103	31	13	27	29	1.93
58745998--58746038	17	2.4	17	91	0	64	39	21	12	26	1.89
58755151--58755200	21	2.4	21	77	12	59	70	0	28	2	0.99
58755149--58755205	17	3.2	18	76	13	55	68	0	29	1	1.00
58755311--58755408	24	4.0	24	85	1	124	23	38	3	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58761540--58761625	32	2.6	33	76	9	86	29	24	18	27	1.98
58761884--58761924	22	1.9	21	90	5	64	51	19	14	14	1.77
58761936--58761988	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
58763243--58763319	24	3.2	24	90	0	127	19	37	5	37	1.74
58766048--58766112	34	1.9	34	93	0	112	24	21	23	30	1.99
58767832--58767974	36	3.9	37	86	7	202	25	33	18	23	1.96
58768180--58768353	47	3.7	47	88	0	267	26	29	12	31	1.93
58768179--58768353	94	1.9	94	95	0	314	26	29	12	31	1.93
58769735--58769919	40	4.7	40	80	6	198	26	25	21	25	2.00
58769735--58769919	79	2.3	80	78	8	189	26	25	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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