genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26905218--26905268	19	2.7	20	82	14	63	41	1	5	50	1.37
26908790--26908831	20	2.2	19	86	4	57	64	0	2	33	1.07
26914018--26914048	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
26916607--26916769	77	2.1	76	80	10	181	41	16	15	26	1.88
26917174--26917208	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
26917876--26918075	41	4.9	41	85	3	215	33	28	19	20	1.96
26918190--26918370	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
26920005--26920160	76	2.1	73	82	10	192	42	16	14	26	1.86
26920281--26920956	46	14.4	46	75	9	506	39	12	22	25	1.89
26920335--26920960	94	6.6	94	82	6	662	39	12	21	25	1.89
26920609--26920674	23	2.8	25	73	17	68	40	9	25	24	1.84
26920315--26920960	188	3.4	187	83	5	741	39	13	21	25	1.89
26920314--26920960	283	2.3	282	83	3	802	40	12	21	25	1.89
26920891--26920944	23	2.3	24	78	15	69	46	11	22	20	1.82
26928332--26928381	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
26928860--26928928	30	2.3	30	94	0	120	27	49	5	17	1.69
26929379--26929506	23	5.5	23	71	12	84	35	6	3	55	1.41
26929444--26929586	25	5.7	25	72	15	80	31	7	4	55	1.49
26929471--26929578	27	4.0	28	70	15	86	29	6	4	59	1.43
26929453--26929626	78	2.2	82	81	5	203	31	6	4	57	1.44
26929653--26929708	25	2.3	24	79	14	62	35	16	5	42	1.70
26940743--26940776	11	3.0	11	86	4	50	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26941722--26941970	88	2.8	89	84	7	296	24	18	19	37	1.94
26941722--26942066	90	3.9	87	80	12	319	26	17	19	36	1.94
26941637--26942066	173	2.5	171	81	14	470	26	17	19	36	1.94
26942016--26942944	72	12.7	73	81	12	1008	29	16	20	33	1.95
26941909--26942937	144	6.9	144	83	12	1149	29	16	20	33	1.94
26941909--26942943	283	3.5	284	84	11	1165	29	16	20	33	1.94
26942686--26943250	85	6.5	84	76	12	423	27	16	17	38	1.91
26942939--26943118	93	1.9	99	85	9	257	28	15	17	38	1.91
26943869--26943954	26	3.2	28	85	9	126	26	50	5	17	1.69
26944420--26944452	11	3.0	11	87	12	50	30	0	0	69	0.88
26945995--26946030	19	1.9	18	88	5	54	27	5	5	61	1.41
26950414--26950501	9	10.3	9	70	21	50	23	2	3	70	1.14
26950418--26950489	28	2.6	28	79	16	87	25	2	2	69	1.15
26950417--26950470	23	2.3	23	84	6	74	24	3	1	70	1.13
26950414--26950490	23	3.2	23	71	28	63	24	2	2	70	1.13
26958182--26958226	13	3.4	13	84	6	63	15	11	4	68	1.34
26958039--26958213	87	2.0	89	85	4	239	24	18	20	36	1.95
26958183--26958220	14	2.8	13	88	7	58	15	13	5	65	1.43
26958182--26958229	14	3.5	13	77	5	51	18	10	4	66	1.37
26958123--26958398	100	2.8	100	86	2	351	25	17	18	39	1.92
26958396--26959219	73	11.3	73	84	6	1028	30	16	19	33	1.94
26958416--26959219	220	3.7	220	92	2	1286	30	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26959146--26959477	91	3.7	85	81	8	333	29	17	18	35	1.93
26959125--26959477	89	3.9	87	79	11	347	28	17	17	36	1.92
26959146--26959475	180	1.9	174	81	6	403	29	17	18	35	1.93
26959387--26959577	102	1.9	103	86	4	278	28	15	17	39	1.90
26959515--26959713	87	2.3	87	82	4	222	30	14	19	36	1.91
26960338--26960436	30	3.3	30	89	0	153	28	49	5	17	1.67
26961065--26961106	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
26961071--26961123	25	2.1	26	86	10	74	32	3	7	56	1.45
26960991--26961168	78	2.2	82	78	5	184	32	6	4	56	1.44
26961195--26961250	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
26962536--26962569	17	1.9	18	88	5	52	29	5	5	58	1.45
26966863--26966951	28	3.8	23	79	17	94	23	2	3	70	1.13
26966858--26966930	28	2.5	28	93	4	119	24	1	2	71	1.07
26971318--26971384	22	3.0	21	85	10	80	80	0	8	10	0.90
26972010--26972059	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
26976209--26976255	21	2.2	22	85	11	62	53	0	0	46	1.00
26976201--26976253	26	2.1	26	82	3	63	47	0	1	50	1.12
26977402--26977426	9	2.8	9	100	0	50	8	8	0	84	0.79
26977442--26977515	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
26977469--26977516	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
26977885--26977927	11	4.0	11	75	6	52	51	0	0	48	1.00
26978066--26978135	28	2.6	26	81	6	77	50	4	1	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26978134--26978204	33	2.2	32	80	9	81	15	7	2	74	1.15
26978389--26978429	17	2.3	19	91	8	68	56	0	0	43	0.99
26978411--26978435	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26981417--26981489	30	2.4	30	83	0	92	26	23	21	28	1.99
26982975--26983016	20	2.1	20	100	0	84	40	9	14	35	1.78
26984952--26984993	14	3.3	13	78	15	52	38	0	2	59	1.10
26985006--26985069	29	2.2	29	82	0	74	46	1	3	48	1.27
26985030--26985077	19	2.4	21	80	16	57	41	0	2	56	1.11
26985019--26985081	29	2.2	28	88	2	90	42	0	3	53	1.16
26984986--26985081	10	10.2	9	74	15	61	47	1	2	48	1.20
26985733--26985817	37	2.3	38	83	8	111	50	2	1	45	1.22
26985748--26985866	37	3.4	37	77	10	90	57	1	1	39	1.19
26985908--26985959	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
26985999--26986046	8	5.8	8	85	9	69	75	0	10	14	1.06
26985998--26986047	9	5.8	9	88	4	68	76	0	10	14	1.03
26985998--26986046	17	2.9	17	82	11	73	75	0	10	14	1.04
26995579--26995654	19	4.2	18	68	21	52	32	1	3	61	1.22
26995545--26995654	53	2.1	53	94	0	193	31	2	3	61	1.27
27002491--27002683	39	4.9	37	79	9	172	31	27	20	20	1.97
27002495--27002683	78	2.4	78	85	3	238	31	27	20	21	1.98
27009103--27009295	39	4.9	39	91	1	289	30	29	21	18	1.97
27011349--27011568	28	8.1	29	66	21	118	43	18	0	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27011383--27011435	22	2.4	22	93	0	88	39	18	0	41	1.51
27011378--27011628	109	2.3	109	87	1	351	43	18	0	37	1.56
27011492--27011541	21	2.3	22	86	6	66	46	16	0	38	1.47
27011384--27011453	22	3.0	22	87	6	86	41	17	1	40	1.58
27011585--27011628	22	2.0	22	90	0	70	38	15	0	45	1.47
27011513--27011650	30	4.8	29	70	14	97	44	16	0	38	1.53
27011653--27011701	22	2.3	21	89	6	73	51	16	0	32	1.45
27011686--27011738	22	2.4	22	83	0	70	41	15	0	43	1.46
27011771--27011837	24	2.8	24	80	11	75	40	22	2	34	1.69
27011585--27011779	107	1.8	106	87	5	277	43	18	0	37	1.54
27020039--27020380	172	2.0	172	98	0	666	34	23	18	23	1.96
27020866--27020917	22	2.4	22	81	9	54	65	3	11	19	1.40
27025704--27025753	17	2.9	16	82	11	55	56	6	14	24	1.60
27031976--27032012	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
27040570--27040633	32	2.0	31	82	8	76	34	3	3	59	1.29
27048542--27048595	19	2.7	20	75	16	58	29	3	3	62	1.29
27052491--27052559	34	2.0	34	88	5	104	53	0	1	44	1.09
27054302--27054356	22	2.4	24	84	6	69	54	7	0	38	1.28
27060725--27060761	20	2.0	20	89	10	60	29	8	0	62	1.24
27067642--27067837	68	2.7	71	91	6	299	35	18	16	29	1.93
27067788--27067890	51	2.0	50	90	7	163	38	13	13	33	1.84
27067719--27067959	121	2.0	119	89	7	373	35	16	15	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27067839--27068287	70	6.4	71	90	5	709	31	20	17	30	1.95
27067839--27068417	140	4.3	142	84	10	720	31	21	17	29	1.96
27068226--27068404	62	2.9	62	80	11	233	29	27	18	24	1.98
27068381--27068485	53	1.9	54	83	11	135	38	19	15	27	1.91
27068521--27068626	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
27068341--27068821	140	3.5	140	96	2	891	35	21	17	25	1.95
27068794--27069038	121	2.0	123	89	3	379	40	22	13	23	1.90
27068916--27069092	72	2.5	69	83	4	203	35	23	12	28	1.92
27082014--27082058	22	2.0	23	91	8	74	4	2	22	71	1.15
27090316--27090374	31	1.9	31	89	0	91	47	11	10	30	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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