genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59440530--59440733	27	7.6	27	85	4	223	29	27	14	27	1.95
59445684--59445857	45	3.8	44	79	9	188	21	21	29	27	1.99
59451188--59451361	46	3.8	45	75	9	174	20	20	29	29	1.98
59451184--59451353	92	1.9	91	88	1	259	20	20	30	28	1.98
59466107--59466572	48	9.7	49	80	9	430	26	17	30	24	1.97
59466265--59466340	23	3.2	23	66	20	57	25	15	32	26	1.95
59466107--59466475	144	2.6	141	86	2	506	26	17	30	24	1.97
59473866--59474195	48	6.9	48	79	5	285	28	18	29	24	1.98
59481480--59481555	23	3.3	23	74	13	77	26	21	19	32	1.97
59483060--59483372	46	6.7	46	75	11	205	27	18	29	24	1.98
59483156--59483312	45	3.5	44	83	6	190	29	17	27	25	1.97
59483063--59483471	48	8.7	47	75	12	201	28	17	29	24	1.97
59484837--59484977	55	2.6	54	81	4	167	36	17	24	21	1.95
59486634--59486810	27	6.6	27	81	6	189	29	14	27	29	1.95
59494598--59494743	27	5.5	26	79	9	109	30	15	26	28	1.96
59494597--59494745	54	2.8	52	80	10	158	30	14	26	27	1.95
59494678--59494746	26	2.6	27	88	4	104	28	14	28	27	1.95
59503772--59503885	53	2.1	53	82	6	140	33	17	26	22	1.96
59506345--59506399	21	2.6	21	100	0	110	14	36	27	21	1.93
59514651--59514765	40	2.9	40	85	5	169	25	26	22	26	2.00
59518357--59518521	46	3.5	47	75	12	137	29	18	27	23	1.98
59519684--59519738	29	1.9	29	85	10	78	21	21	36	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59525542--59525588	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
59525849--59526113	46	5.9	46	84	7	332	21	24	14	38	1.91
59526028--59526103	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
59529392--59529531	46	3.0	46	87	2	192	40	13	23	22	1.89
59534277--59534397	39	3.1	39	90	0	188	22	24	28	23	1.99
59567391--59567593	27	7.6	27	86	3	257	27	14	28	30	1.95
59567392--59567593	80	2.5	80	85	2	253	26	14	28	30	1.95
59575326--59575529	27	7.6	27	85	4	232	27	13	27	30	1.94
59581465--59581519	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
59581810--59581866	24	2.4	24	90	0	87	35	5	17	42	1.72
59582347--59582392	2	23.0	2	86	0	65	50	6	0	43	1.28
59582347--59582390	12	3.8	12	91	8	74	50	6	0	43	1.29
59583803--59583850	17	2.7	18	77	6	62	37	10	14	37	1.81
59586146--59586191	18	2.6	18	80	10	58	21	0	10	67	1.21
59595897--59596017	62	2.0	61	88	1	179	23	12	12	51	1.73
59596516--59596621	32	3.4	31	78	11	99	47	12	15	25	1.80
59607205--59607481	3	92.7	3	71	10	95	61	1	8	29	1.34
59608217--59608255	16	2.4	16	86	4	51	82	2	10	5	0.93
59615242--59615324	39	2.1	39	86	4	114	51	9	2	36	1.48
59635120--59635337	47	4.6	47	82	2	267	43	22	16	16	1.88
59636178--59636221	23	2.0	23	86	13	65	38	9	2	50	1.47
59653273--59653329	20	3.1	19	80	14	57	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59653283--59653337	20	2.9	19	89	7	78	61	0	0	38	0.96
59653317--59653394	39	2.0	40	85	7	106	61	1	1	35	1.12
59653303--59653405	18	5.4	19	77	14	97	62	0	1	34	1.13
59653297--59653422	10	12.9	10	66	16	50	63	1	1	33	1.13
59653303--59653412	39	2.9	36	76	11	105	62	1	1	33	1.16
59653702--59653726	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
59659624--59659664	19	2.2	18	91	4	64	46	0	9	43	1.36
59659628--59659668	10	4.2	10	81	15	50	41	0	14	43	1.45
59659834--59659943	54	2.0	54	94	0	193	30	13	21	34	1.92
59661854--59661913	26	2.3	26	97	0	111	41	5	13	40	1.66
59662041--59662091	21	2.4	21	76	0	57	45	0	13	41	1.44
59670566--59670661	40	2.5	38	81	6	113	41	37	6	14	1.71
59676937--59677004	34	2.0	34	100	0	136	38	17	14	29	1.90
59679908--59679938	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
59680261--59680317	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
59680689--59680785	21	4.5	21	85	5	113	15	22	25	36	1.94
59680689--59680797	42	2.5	42	80	2	137	15	20	25	38	1.92
59688546--59688791	40	6.2	40	95	1	424	28	27	21	22	1.99
59690162--59690187	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
59703059--59703132	38	1.9	38	94	0	130	55	5	17	21	1.62
59703766--59703809	20	2.1	21	84	12	56	27	2	18	52	1.57
59704941--59704974	16	2.3	14	90	10	50	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59714323--59714377	26	2.1	26	96	0	101	23	18	32	25	1.97
59714709--59714777	28	2.4	29	80	11	88	33	50	1	14	1.52
59715180--59715217	19	2.1	18	95	5	67	31	0	0	68	0.90
59715066--59715208	63	2.3	63	81	12	168	25	4	5	65	1.33
59715180--59715219	11	3.6	12	80	12	50	32	0	0	67	0.91
59715189--59715219	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
59721928--59722050	44	3.0	39	82	13	140	73	0	25	0	0.88
59721935--59722044	44	2.5	44	92	2	177	73	0	25	0	0.89
59721938--59722054	24	4.9	24	74	13	82	73	1	24	0	0.93
59721925--59722055	5	25.0	5	69	17	54	74	1	24	0	0.91
59723394--59724146	135	5.6	135	85	1	996	29	20	22	27	1.99
59723757--59724120	90	4.1	88	68	15	237	28	20	23	27	1.99
59724158--59724549	87	4.5	86	82	2	387	33	22	22	21	1.98
59724194--59724325	44	3.0	44	68	15	110	34	18	21	25	1.96
59724775--59724838	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
59724804--59724875	37	1.9	37	100	0	144	29	52	0	18	1.45
59725181--59725310	64	2.0	64	82	11	160	29	4	5	60	1.39
59725283--59725319	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
59725291--59725321	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
59727198--59727268	36	2.0	36	94	0	124	35	18	19	26	1.95
59728027--59728130	27	3.9	26	83	7	129	36	18	18	26	1.94
59728124--59728454	27	12.3	27	78	4	224	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59728135--59728401	108	2.5	107	87	2	365	40	21	8	29	1.84
59728135--59728455	54	5.9	54	77	5	283	40	20	9	29	1.84
59728089--59728481	27	14.6	27	76	8	152	40	20	9	29	1.85
59728771--59728879	41	2.7	41	88	0	164	22	17	30	29	1.97
59729047--59729098	22	2.4	22	87	6	70	21	26	19	32	1.97
59729061--59729105	22	2.0	22	82	0	54	22	20	20	37	1.94
59729301--59729347	22	2.1	22	88	0	67	10	21	25	42	1.85
59729309--59729354	22	2.1	22	87	0	65	8	26	28	36	1.86
59729309--59729369	22	2.8	22	82	5	61	8	24	29	37	1.84
59731549--59731650	27	3.8	27	85	3	125	33	15	22	28	1.95
59731649--59732063	27	15.3	26	75	10	203	40	20	9	29	1.84
59731682--59732035	81	4.4	80	76	9	278	41	19	9	28	1.83
59732303--59732421	41	2.9	41	91	0	184	20	21	31	27	1.98
59732583--59732631	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
59734470--59734620	27	5.6	27	80	4	160	27	27	17	27	1.97
59734446--59734621	55	3.3	55	79	10	193	28	28	16	26	1.97
59734470--59734620	82	1.9	81	85	4	214	27	27	17	27	1.97
59742564--59742740	27	6.6	26	80	5	115	28	28	16	26	1.97
59742584--59742739	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
59742564--59742740	55	3.3	55	79	9	202	28	28	16	26	1.97
59742584--59742739	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
59746088--59746116	13	2.2	13	100	0	58	51	6	0	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59749940--59749974	18	1.9	18	88	0	52	31	5	0	62	1.18
59754820--59754872	13	4.1	12	81	13	61	3	26	0	69	1.05
59754825--59754873	6	7.8	6	77	8	53	4	22	0	73	1.00
59762905--59762954	23	2.2	23	96	0	91	28	22	32	18	1.97
59762926--59762991	32	2.1	32	88	0	96	21	18	37	22	1.94
59764710--59764880	93	1.8	93	92	0	288	29	27	21	21	1.99
59764705--59764877	46	3.7	46	79	10	199	30	26	21	21	1.99
59765300--59765359	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
59776175--59776287	43	2.7	43	78	12	133	30	23	18	26	1.98
59777833--59778004	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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