genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60121172--60121327	52	3.1	52	92	2	264	26	21	21	29	1.99
60122129--60122192	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
60122225--60122376	27	5.7	26	77	6	133	28	7	22	41	1.80
60122254--60122409	81	1.9	81	83	5	199	28	9	20	41	1.83
60122408--60122539	27	4.9	27	83	0	156	37	9	22	30	1.87
60122388--60122541	54	2.9	55	78	4	147	35	10	22	31	1.88
60122551--60122779	27	8.1	28	74	13	150	31	9	20	38	1.84
60122639--60122766	55	2.4	54	82	1	139	30	9	21	39	1.85
60122559--60122742	90	2.0	90	83	4	228	30	9	20	39	1.84
60122694--60122844	54	2.8	54	80	2	142	33	7	23	35	1.82
60122758--60122900	27	5.3	27	81	3	171	37	7	22	32	1.83
60122730--60122888	81	2.0	81	84	2	212	36	8	22	32	1.84
60122729--60122898	54	3.1	54	84	0	196	36	7	22	33	1.83
60122747--60122942	81	2.4	81	77	5	200	36	8	22	33	1.84
60128725--60128759	15	2.3	15	95	0	61	31	5	0	62	1.18
60128885--60128941	24	2.5	22	80	11	60	31	1	1	64	1.13
60134342--60134390	11	4.5	11	81	0	62	40	46	2	10	1.49
60134342--60134390	22	2.2	22	88	0	71	40	46	2	10	1.49
60139459--60139505	21	2.2	21	100	0	94	29	10	4	55	1.53
60169925--60169997	22	3.3	22	90	5	103	34	21	24	19	1.96
60174697--60174895	38	5.3	38	91	1	301	32	25	22	20	1.98
60174697--60174895	75	2.6	76	90	1	310	32	25	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60179366--60179474	55	2.0	55	96	0	200	37	9	17	35	1.82
60185888--60185997	55	2.0	55	98	0	211	36	11	17	34	1.86
60191493--60191522	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
60202413--60202636	40	5.6	40	84	7	269	24	22	28	24	2.00
60202412--60202669	119	2.2	119	81	6	283	25	22	27	24	2.00
60205427--60205563	50	2.8	49	84	3	177	27	18	26	27	1.98
60208240--60208278	17	2.3	17	95	0	69	25	30	33	10	1.89
60208403--60208734	27	12.3	27	89	0	459	33	21	20	24	1.97
60209091--60209183	32	2.8	33	81	3	116	24	21	26	26	1.99
60210734--60210787	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
60210789--60210988	27	7.4	27	89	1	256	25	19	19	36	1.95
60210788--60210987	109	1.8	109	90	0	319	25	19	20	36	1.95
60213220--60213339	48	2.7	46	78	10	124	26	19	27	26	1.99
60217365--60217532	6	27.3	6	68	15	94	50	13	16	19	1.78
60217400--60217510	31	3.6	31	71	9	100	49	13	16	20	1.79
60217386--60217472	25	3.5	24	76	7	86	50	13	16	19	1.78
60217391--60217532	62	2.3	62	91	0	230	50	14	16	19	1.79
60217388--60217510	37	3.3	37	75	8	117	49	13	16	20	1.79
60217466--60217532	25	2.7	25	90	0	107	50	13	16	19	1.77
60217649--60217757	27	4.1	26	85	5	119	37	21	22	18	1.94
60217649--60217757	54	2.0	53	85	1	146	37	21	22	18	1.94
60218263--60218321	27	2.2	27	81	6	66	38	16	22	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60218319--60218658	27	12.6	27	84	1	448	26	17	18	37	1.93
60218645--60218695	26	1.9	27	92	4	86	35	13	9	41	1.78
60218644--60218703	26	2.3	26	82	8	77	33	11	13	41	1.80
60218680--60218744	27	2.4	27	80	10	71	32	9	18	40	1.82
60220526--60220586	17	3.4	17	65	12	50	29	3	14	52	1.58
60220521--60220669	37	4.0	37	90	0	235	32	6	15	45	1.72
60221501--60221550	26	2.0	24	84	7	64	30	2	6	62	1.31
60226983--60227134	82	1.9	81	85	9	211	23	20	27	28	1.99
60227368--60227444	7	10.7	7	74	12	50	16	0	40	42	1.49
60227390--60227444	14	3.9	14	79	13	58	14	0	45	40	1.45
60228127--60228177	13	3.6	14	78	7	59	60	0	1	37	1.08
60228127--60228159	16	2.1	16	88	11	50	57	0	3	39	1.14
60232482--60232528	24	2.0	24	95	0	85	25	4	19	51	1.65
60232670--60232713	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
60232757--60232966	43	4.9	43	92	0	312	22	19	30	27	1.98
60237375--60237425	26	2.0	26	100	0	102	49	7	15	27	1.72
60243900--60244077	46	3.8	46	79	5	198	29	28	21	20	1.98
60245049--60245074	11	2.4	11	100	0	52	15	19	11	53	1.71
60247971--60249262	653	2.0	653	95	0	2307	32	15	23	27	1.96
60249327--60249364	20	1.9	20	88	0	58	50	13	5	31	1.63
60249715--60249801	43	2.0	45	84	4	115	28	26	11	33	1.91
60249587--60249911	176	1.8	177	90	0	526	27	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60253655--60253701	23	2.0	23	100	0	94	29	31	17	21	1.96
60263723--60263897	46	3.8	46	75	10	176	28	28	21	22	1.99
60263730--60263902	93	1.9	93	93	0	301	27	28	21	22	1.99
60264296--60264353	30	1.9	30	82	6	73	29	27	1	41	1.66
60266788--60266937	27	5.6	27	82	1	158	33	16	25	24	1.96
60269026--60269190	40	4.2	40	80	5	183	27	27	20	24	1.99
60277215--60277378	40	4.1	40	85	5	217	27	28	21	23	1.99
60284794--60285023	40	5.8	40	92	1	356	26	27	22	23	1.99
60284768--60285023	80	3.2	80	90	3	367	26	26	22	23	2.00
60290718--60290859	40	3.5	41	89	5	168	29	19	25	25	1.99
60290674--60290859	80	2.3	81	78	10	213	27	21	25	25	1.99
60290767--60290882	40	2.9	40	86	6	121	26	20	27	25	1.99
60290711--60290878	80	2.1	80	78	10	182	29	20	25	24	1.99
60298148--60298372	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	25	2.00
60299662--60299781	42	2.9	42	81	6	120	19	22	15	42	1.89
60299675--60299781	42	2.5	42	83	3	135	17	21	16	43	1.87
60302927--60302966	19	2.1	19	100	0	80	55	5	10	30	1.54
60310327--60310363	14	2.5	16	79	20	53	70	0	8	21	1.13
60310717--60310742	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
60311409--60311474	32	2.1	32	100	0	132	56	12	18	13	1.68
60312127--60312166	19	2.0	21	90	9	66	40	0	0	60	0.97
60315073--60315299	46	5.0	46	92	2	341	41	13	22	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60315073--60315299	91	2.5	92	90	2	341	41	13	22	22	1.88
60316585--60316653	22	3.1	22	85	4	86	17	21	17	43	1.88
60321400--60321612	46	4.6	46	94	1	338	41	13	23	21	1.88
60323021--60323240	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
60329889--60330037	51	3.1	51	74	19	156	31	27	16	24	1.96
60331174--60331210	19	1.9	19	100	0	74	48	21	5	24	1.71
60332435--60332492	28	2.1	28	87	6	82	34	25	10	29	1.89
60348234--60348263	8	3.9	8	95	4	53	46	0	0	53	1.00
60351001--60351029	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
60353484--60353566	39	2.1	40	97	2	159	21	14	20	43	1.87
60354094--60354152	6	10.0	6	77	3	57	33	0	62	3	1.12
60354113--60354171	12	4.9	12	81	6	66	35	0	61	3	1.13
60354107--60354146	18	2.2	19	90	4	64	37	0	57	5	1.21
60354113--60354172	18	3.3	18	76	4	59	36	0	60	3	1.14
60354168--60354210	15	2.9	15	80	12	54	53	0	46	0	1.00
60354210--60354252	22	2.0	22	85	0	59	41	2	53	2	1.26
60354370--60354412	8	5.2	8	78	15	52	37	0	62	0	0.95
60354364--60354416	18	3.1	19	71	20	53	39	1	58	0	1.09
60354370--60354432	33	1.9	32	84	12	83	38	0	60	1	1.07
60354474--60354528	30	1.9	27	85	10	74	30	0	65	3	1.10
60354530--60354577	14	3.1	15	85	11	62	45	0	54	0	0.99
60354530--60354576	16	2.9	17	76	23	57	46	0	53	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60354810--60354866	10	5.5	10	72	15	53	24	0	75	0	0.80
60354799--60354868	20	3.2	22	78	10	72	25	0	74	0	0.82
60354787--60354880	30	3.2	29	81	8	102	25	1	73	0	0.90
60354692--60354875	25	7.6	24	68	21	91	31	0	67	0	0.99
60354829--60354891	28	2.2	30	83	11	78	28	3	66	1	1.16
60354935--60354994	12	5.4	12	75	25	53	31	1	66	0	1.01
60354938--60354994	21	2.4	24	83	16	75	31	1	66	0	1.02
60355069--60355123	24	2.3	23	78	6	65	41	0	56	1	1.10
60355184--60355249	27	2.3	28	80	19	75	45	0	46	7	1.31
60355185--60355258	27	2.7	26	78	19	64	44	0	47	8	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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