genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54823800--54823919	38	3.2	38	86	0	159	33	23	18	25	1.97
54825856--54825906	25	2.0	25	88	0	75	31	21	19	27	1.97
54826008--54826077	25	2.9	24	93	4	122	24	27	22	25	2.00
54826008--54826090	24	3.4	24	90	6	123	27	24	22	25	2.00
54826008--54826102	49	1.9	49	83	8	122	26	25	23	25	2.00
54834423--54834554	38	3.4	38	88	4	158	31	25	21	21	1.98
54834456--54834562	38	2.8	38	95	0	187	32	26	20	20	1.97
54837017--54837068	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
54837029--54837179	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
54837098--54837321	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
54837650--54837713	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
54837657--54837713	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
55043856--55043907	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
55043781--55044001	102	2.2	103	91	4	358	18	19	31	31	1.95
55043920--55044069	71	2.1	70	90	4	230	22	16	29	31	1.96
55044031--55044082	26	2.0	26	85	7	70	13	21	34	30	1.92
55051256--55051314	29	2.0	29	96	0	109	23	23	22	30	1.99
55061196--55061345	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
55061220--55061403	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
55065594--55065779	67	2.8	67	80	9	177	31	16	29	22	1.95
55065618--55065801	67	2.8	64	77	8	194	29	16	29	23	1.96
55070024--55070245	64	3.4	64	80	6	232	23	29	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55073662--55073847	41	4.6	40	87	3	230	24	23	26	25	2.00
55073664--55073817	81	1.9	82	87	4	231	24	22	25	27	2.00
55081652--55081837	41	4.6	41	88	3	252	24	24	26	24	2.00
55081654--55081807	81	1.9	82	90	4	249	23	25	25	25	2.00
55086869--55086999	6	21.3	6	69	16	81	19	19	12	48	1.80
55086881--55086978	31	3.0	31	79	16	115	19	20	13	46	1.83
55086869--55086990	37	3.5	37	78	13	148	18	19	12	49	1.79
55090838--55091109	38	7.1	38	85	4	332	22	20	24	32	1.98
55091217--55091261	19	2.3	20	92	7	83	24	13	28	33	1.93
55098102--55098214	46	2.4	47	83	5	138	27	23	14	35	1.93
55100524--55100824	38	7.8	38	85	3	354	22	21	24	31	1.98
55100932--55100976	19	2.3	20	92	7	83	24	13	28	33	1.93
55102792--55102899	44	2.4	46	84	4	148	33	20	15	30	1.94
55117150--55117299	44	3.4	44	81	6	169	35	24	14	26	1.93
55121139--55121271	41	3.2	41	82	4	169	31	18	15	34	1.92
55122094--55122138	21	2.1	22	83	4	56	37	15	2	44	1.59
55128358--55128390	15	2.1	16	88	5	50	18	9	0	72	1.10
55139162--55139380	40	5.7	39	84	10	240	24	26	22	26	2.00
55147074--55147291	79	2.7	79	80	12	248	25	25	21	27	1.99
55147074--55147298	119	1.9	120	82	11	284	24	26	22	26	2.00
55147074--55147298	40	5.7	39	83	8	235	24	26	22	26	2.00
55153998--55154037	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55159179--55159203	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
55166321--55166400	23	3.5	23	78	10	83	37	18	22	21	1.94
55166321--55166436	23	4.9	24	72	8	69	34	18	21	25	1.96
55169386--55169531	67	2.2	66	83	9	172	22	30	15	30	1.95
55170040--55170100	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
55178857--55178960	51	2.0	51	87	3	147	27	1	56	13	1.48
55179015--55179061	20	2.3	20	81	0	58	36	0	2	61	1.08
55179012--55179072	20	3.1	19	72	11	52	34	0	1	63	1.04
55179091--55179134	22	2.0	23	90	4	72	34	0	2	63	1.07
55179039--55179156	51	2.2	53	82	10	145	33	2	1	61	1.19
55179090--55179148	22	2.8	21	80	12	68	32	0	3	64	1.10
55180038--55180081	23	1.9	23	86	9	63	43	29	2	25	1.67
55181877--55181925	23	2.1	23	96	0	89	36	22	2	38	1.66
55181957--55181995	10	3.7	10	83	12	51	66	0	2	30	1.05
55182044--55182073	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
55182411--55182440	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
55183890--55184057	84	2.0	84	97	1	320	29	2	9	58	1.45
55183929--55184057	42	3.1	41	71	15	138	31	3	9	55	1.47
55185279--55186739	574	2.6	562	79	11	1550	38	8	13	40	1.74
55191509--55191539	15	2.0	16	93	6	55	80	0	19	0	0.71
55191509--55191559	16	3.1	16	86	11	59	74	1	19	3	1.07
55191529--55191598	18	3.7	18	74	12	61	65	1	22	10	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55191528--55191598	20	3.7	19	75	10	65	66	1	22	9	1.29
55195379--55195482	51	2.0	51	87	3	147	27	1	56	13	1.48
55195537--55195583	20	2.3	20	81	0	58	36	0	2	61	1.08
55195534--55195594	20	3.1	19	72	11	52	34	0	1	63	1.04
55195613--55195656	22	2.0	23	90	4	72	34	0	2	63	1.07
55195561--55195685	51	2.4	52	82	9	139	33	2	3	60	1.25
55195612--55195670	22	2.8	21	80	12	68	32	0	3	64	1.10
55196558--55196601	23	1.9	23	86	9	63	43	29	2	25	1.67
55198397--55198445	23	2.1	23	96	0	89	36	22	2	38	1.66
55198477--55198515	10	3.7	10	83	12	51	66	0	2	30	1.05
55198564--55198593	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
55198932--55198961	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
55200410--55200577	84	2.0	84	97	1	320	29	2	9	58	1.45
55200449--55200577	42	3.1	41	71	15	138	31	3	9	55	1.47
55205199--55205238	9	4.3	10	90	9	59	40	0	10	50	1.36
55205199--55205238	19	2.2	18	86	13	55	40	0	10	50	1.36
55206645--55206674	10	3.0	10	95	0	51	70	6	3	20	1.25
55207819--55207888	18	3.7	18	74	12	61	65	1	22	10	1.30
55207818--55207888	20	3.7	19	75	10	65	66	1	22	9	1.29
55210306--55210392	44	2.0	44	84	4	113	36	13	25	24	1.92
55210537--55210730	54	3.6	54	76	8	191	35	17	24	22	1.95
55215644--55215715	31	2.4	31	81	9	87	26	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55215947--55216016	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
55223717--55223799	30	2.7	31	88	3	125	22	26	19	31	1.98
55224020--55224114	25	3.8	25	92	0	154	24	24	26	25	2.00
55228018--55228076	30	2.0	30	83	6	75	33	18	20	27	1.96
55228399--55228618	46	4.7	47	75	8	191	28	17	30	23	1.97
55228496--55228656	46	3.5	45	82	13	177	29	19	28	22	1.98
55231229--55231379	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
55239203--55239354	28	5.4	28	91	1	216	26	12	28	32	1.92
55248032--55248161	40	3.2	40	91	2	206	25	18	23	33	1.97
55248034--55248161	42	3.1	42	90	2	197	25	18	23	32	1.97
55249992--55250093	45	2.3	45	87	3	143	21	14	28	35	1.93
55251606--55251651	20	2.3	20	88	0	65	21	30	32	15	1.94
55253532--55253713	99	1.8	101	87	2	278	26	18	25	29	1.98
55253534--55253764	49	4.7	49	83	5	268	25	19	25	29	1.98
55256763--55256827	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
55256759--55256827	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
55258965--55259200	49	4.8	49	86	2	301	25	18	26	29	1.98
55258956--55259200	99	2.5	100	84	2	323	25	18	26	28	1.98
55264072--55264110	20	1.9	21	84	5	53	61	7	7	23	1.49
55272846--55272963	45	2.6	45	94	0	209	29	11	23	34	1.91
55272964--55273101	44	2.9	45	76	16	145	19	16	30	33	1.94
55273010--55273110	52	2.0	51	88	2	148	20	16	27	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55276395--55276661	27	10.0	27	72	3	189	40	16	15	27	1.89
55276393--55276661	54	5.0	55	76	5	248	40	16	15	27	1.89
55286570--55286615	22	2.1	22	84	4	58	15	36	34	13	1.86
55292242--55292351	54	2.0	54	92	0	184	27	17	9	46	1.78
55308571--55308722	67	2.3	63	86	4	196	22	30	15	31	1.94
55312403--55312432	15	1.9	16	93	6	53	63	13	3	20	1.43
55315376--55315416	21	1.9	22	85	5	57	34	2	24	39	1.69
55315983--55316308	48	7.0	48	76	9	293	28	19	24	27	1.98
55316188--55316293	45	2.5	42	77	12	108	30	18	24	26	1.98
55322143--55322374	48	4.8	48	84	1	295	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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