genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34013928--34014058	3	42.3	3	74	13	106	64	1	3	29	1.20
34018495--34018548	19	2.8	20	86	5	67	25	18	7	48	1.74
34018862--34019018	83	1.9	83	87	0	233	29	33	15	21	1.94
34026746--34027183	133	3.3	132	81	3	488	30	19	24	25	1.98
34027060--34027215	44	3.5	44	75	13	142	28	22	21	27	1.99
34027085--34027265	89	2.0	89	79	10	192	30	21	20	27	1.98
34032833--34032899	33	2.0	33	94	0	116	29	7	19	43	1.78
34048012--34048587	49	11.6	50	69	6	339	33	24	19	22	1.97
34048007--34048587	99	5.9	99	90	0	822	33	24	19	22	1.97
34066165--34066211	21	2.2	21	85	11	60	17	31	40	10	1.83
34073506--34073539	18	1.9	17	88	5	50	44	8	5	41	1.60
34080001--34080350	130	2.7	128	77	8	348	26	18	17	37	1.93
34080095--34080350	130	2.0	129	85	2	352	25	18	18	36	1.94
34081854--34081890	5	7.6	5	82	17	51	21	21	16	40	1.91
34081854--34081900	24	2.0	24	100	0	94	21	21	14	42	1.88
34081848--34081885	19	2.0	19	94	0	67	23	21	13	42	1.88
34083363--34083388	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
34085281--34085609	45	7.5	44	67	7	157	31	19	24	25	1.98
34085268--34086194	131	7.1	129	85	3	1058	28	18	25	27	1.98
34085322--34086194	260	3.3	260	88	3	1141	28	18	25	27	1.98
34086374--34087676	44	29.8	44	87	2	1730	27	14	31	26	1.95
34090445--34090950	131	3.9	128	75	7	354	28	17	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34090707--34090962	130	2.0	129	85	0	350	25	18	19	36	1.94
34092213--34092267	25	2.2	25	83	3	65	61	1	5	30	1.29
34093502--34093553	10	5.1	10	83	2	68	71	1	3	23	1.13
34095190--34095227	5	7.4	5	88	5	58	78	0	2	18	0.86
34101586--34101631	10	4.6	10	89	10	60	69	2	6	21	1.22
34112336--34112422	44	1.9	44	83	4	111	33	5	25	35	1.80
34112595--34112627	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
34113149--34113183	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
34113187--34113367	40	4.5	40	92	0	281	33	17	7	41	1.77
34120271--34120300	15	1.9	16	93	6	53	43	0	40	16	1.48
34123508--34123588	34	2.4	34	83	4	92	28	8	17	45	1.78
34123686--34123883	44	4.5	44	88	0	261	24	23	22	30	1.99
34128556--34128590	18	2.0	18	88	5	54	60	5	0	34	1.21
34138239--34138282	23	1.9	23	86	9	63	59	6	0	34	1.24
34140200--34140316	44	2.6	45	78	2	112	29	24	16	29	1.96
34140303--34140550	132	1.9	131	84	2	336	25	25	19	29	1.99
34140542--34140979	44	9.9	44	68	7	197	27	25	18	29	1.98
34140525--34141053	178	3.0	176	88	2	767	26	24	19	29	1.98
34150370--34150433	28	2.4	28	94	5	114	31	12	12	43	1.80
34150496--34150521	12	2.2	12	100	0	52	73	0	0	26	0.84
34151977--34152183	3	67.7	3	72	13	129	29	5	2	61	1.33
34152041--34152201	32	5.0	32	73	17	111	27	4	3	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34157699--34157747	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
34161140--34161247	26	4.2	26	91	0	171	32	7	23	37	1.82
34162687--34162757	26	2.7	26	80	4	70	35	21	11	32	1.89
34162864--34163006	54	2.6	53	93	2	232	16	23	23	36	1.94
34162865--34163006	27	5.3	27	85	6	191	16	23	23	35	1.95
34169248--34169353	26	4.1	26	93	0	176	33	7	22	35	1.83
34171995--34172032	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
34172261--34172429	46	3.7	46	77	4	187	30	28	19	21	1.97
34172262--34172432	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
34173765--34173905	27	5.2	26	82	6	165	16	21	24	36	1.94
34173765--34173923	54	3.0	53	86	6	205	17	22	23	36	1.95
34175702--34175799	18	5.4	18	75	2	81	41	13	9	35	1.76
34176647--34176677	4	7.5	4	92	7	53	0	29	0	70	0.87
34176720--34176754	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
34176720--34176766	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
34176720--34176762	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
34186932--34187157	46	4.9	47	92	2	329	20	23	13	42	1.88
34189232--34189288	11	5.2	11	76	16	64	66	0	0	33	0.92
34189226--34189324	33	3.1	32	74	8	96	60	3	0	36	1.12
34189244--34189316	27	2.7	26	72	16	60	60	1	0	38	1.06
34190191--34190219	13	2.2	13	100	0	58	58	13	13	13	1.63
34192511--34192595	29	2.9	28	81	8	73	28	29	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34192557--34192622	16	4.4	14	76	14	51	34	27	13	24	1.93
34194016--34194053	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
34196106--34196175	7	9.7	7	75	17	54	22	1	1	74	0.98
34196093--34196175	29	3.0	27	77	17	91	21	1	1	75	0.93
34196092--34196209	6	18.0	6	73	17	60	24	2	0	72	1.03
34196092--34196180	39	2.3	39	81	12	105	22	2	1	74	1.00
34196102--34196192	45	2.2	43	78	11	100	24	3	1	71	1.08
34196288--34196350	27	2.3	27	84	13	76	17	3	3	76	1.05
34196294--34196367	32	2.4	31	79	4	76	13	4	5	77	1.10
34196304--34196365	27	2.4	27	78	13	67	14	3	4	77	1.06
34196308--34196372	9	7.1	9	69	10	51	13	3	4	78	1.03
34201094--34201137	21	2.1	21	83	8	54	11	9	0	79	0.93
34201129--34201188	15	3.9	15	74	25	54	38	3	0	58	1.15
34202529--34202707	42	4.3	42	91	0	259	31	17	23	27	1.97
34203697--34203742	24	1.9	24	90	0	74	26	2	26	45	1.65
34205187--34205241	23	2.4	23	87	0	74	36	27	10	25	1.89
34205306--34205339	15	2.3	15	89	0	50	29	20	20	29	1.98
34205352--34205388	15	2.5	15	90	0	56	32	32	16	18	1.93
34208995--34209042	10	4.8	10	82	7	53	37	0	2	60	1.09
34209553--34209613	16	3.7	16	68	23	54	55	1	3	39	1.26
34209556--34209615	17	3.5	17	68	19	52	56	1	3	38	1.26
34217947--34218000	26	2.1	26	100	0	108	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34221689--34221771	31	2.7	31	82	0	103	18	15	20	45	1.85
34223476--34223510	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
34237806--34237849	21	2.0	23	86	8	65	54	2	0	43	1.12
34238054--34238119	36	1.9	33	84	9	87	50	4	1	43	1.32
34240156--34240201	22	2.0	23	83	8	58	45	0	0	54	0.99
34240297--34240376	14	5.5	14	72	19	58	50	2	0	47	1.14
34245843--34245877	18	2.0	17	94	5	61	20	5	17	57	1.60
34247759--34247838	41	2.0	41	87	0	115	21	17	25	36	1.95
34247803--34247863	25	2.4	25	83	8	79	21	13	26	39	1.90
34247761--34247894	66	2.0	66	87	5	191	20	14	25	38	1.91
34249267--34250453	591	2.0	591	91	0	1946	40	9	16	33	1.81
34255010--34255058	25	2.0	25	83	0	62	53	4	22	20	1.63
34259503--34259593	44	2.1	44	91	4	148	50	9	9	29	1.68
34261335--34261461	42	3.0	42	85	6	161	29	25	14	30	1.95
34261420--34261545	47	2.7	46	80	2	153	30	26	15	27	1.95
34261378--34261545	88	1.9	89	80	8	196	30	25	14	29	1.95
34261568--34261778	31	6.8	31	87	2	298	28	25	17	27	1.98
34261754--34261882	50	2.5	51	87	5	190	25	21	16	36	1.94
34265966--34266040	30	2.4	32	78	17	77	29	8	5	57	1.50
34269342--34269429	46	1.9	46	95	0	158	32	10	35	21	1.87
34273473--34273524	20	2.6	20	100	0	104	53	15	25	5	1.63
34280963--34281051	40	2.3	38	90	3	133	13	14	34	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34284610--34285108	249	2.0	249	100	0	998	24	18	27	29	1.98
34285432--34286542	555	2.0	555	99	0	2177	25	16	27	30	1.96
34288909--34288985	40	1.9	40	91	0	127	12	16	33	36	1.88
34290713--34290748	17	2.1	17	89	0	54	30	0	8	61	1.26
34291099--34291145	23	2.0	24	87	4	69	70	2	23	4	1.16
34292277--34292315	18	2.2	18	86	9	53	48	0	20	30	1.50
34296780--34296821	20	2.0	21	90	4	68	50	0	19	30	1.48
34297510--34297624	32	3.6	32	79	6	142	31	10	25	33	1.89
34297525--34297682	65	2.4	65	93	1	262	32	10	23	32	1.89
34297555--34297666	33	3.4	33	73	7	129	34	8	22	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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