Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  1  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4918--5054
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26
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0
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3
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4943--5037
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7.3
13
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4
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1.73
5863--5929
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2.0
33
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0
125
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29
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1.89
13646--14000
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4.9
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33
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13646--13950
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145
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13954--14052
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1.9
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14098--14297
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14319--14345
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100
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14704--14739
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2.8
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0
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100
0
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16
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2.2
21
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42
42
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15560--15604
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2.0
22
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42
42
0
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2
19.5
2
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0
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46
0
2
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1.14
20430--20492
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2.8
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13
74
55
6
0
38
1.25
21084--21167
21
3.8
21
74
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23
1
28
1.60
21067--21160
46
2.0
46
89
4
145
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23
2
30
1.65
21307--21486
41
4.4
40
81
5
209
16
21
22
40
1.92
21307--21486
83
2.2
81
90
4
272
16
21
22
40
1.92
21307--21517
41
5.1
41
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6
198
18
20
21
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21541--21566
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2.2
12
100
0
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46
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15
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21839--21919
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2.4
34
87
2
117
28
18
20
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23910--23990
40
2.0
40
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2
119
43
1
9
45
1.45
28434--28468
17
2.1
17
88
0
52
60
0
0
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2.0
15
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0
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50
0
10
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10
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38
0
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50
1.38
30068--30115
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4.9
10
76
2
53
25
6
2
66
1.26
30666--30775
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4.2
26
96
0
202
32
3
24
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1.73
36946--36996
5
10.4
5
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19
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19
1
0
78
0.85
36954--37000
11
4.3
11
78
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53
21
2
0
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36944--36996
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2.1
25
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20
1
0
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36961--37008
20
2.4
21
86
6
64
22
2
0
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0.91
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15
3.9
15
85
10
77
21
1
0
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37905--37942
20
1.9
20
84
10
51
63
0
15
21
1.31
39197--39237
2
20.5
2
100
0
82
51
48
0
0
1.00
39422--39472
22
2.2
25
82
10
63
62
1
3
31
1.24
39709--39832
3
38.7
3
71
22
67
63
0
2
33
1.07
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9.1
7
80
15
73
62
0
0
37
0.95
39674--39832
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5.3
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77
16
132
64
0
3
32
1.14
39682--39833
72
2.1
74
80
16
178
63
0
3
31
1.17
39712--39823
14
7.2
16
76
18
89
62
0
2
34
1.09
40427--40463
9
4.1
9
89
0
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21
56
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2.0
15
93
0
51
50
0
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16
2.0
17
88
5
50
45
12
6
36
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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2
25
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3.5
17
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21
63
65
0
1
33
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18
5.5
18
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4
137
36
12
11
39
1.78
67972--68078
35
3.0
35
93
4
169
37
13
10
39
1.78
69443--69639
108
1.8
108
81
6
247
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16
21
1.96
70051--70101
21
2.4
21
83
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59
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3
17
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21
1.9
21
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0
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27
27
0
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1.9
24
81
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62
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2.3
25
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3
98
24
14
7
54
1.64
73492--73560
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21
79
16
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23
13
8
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1.9
51
93
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169
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8
51
1.70
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2.0
68
90
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221
36
14
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39
1.80
83752--83832
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2.0
40
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2
137
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1
7
45
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2
100
0
50
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0
0
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19
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1
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86663--86732
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106
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20
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1.99
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0
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1
3
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1.20
96391--96445
28
2.0
27
89
3
83
29
1
3
65
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100817--100948
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160
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11
30
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1.9
28
88
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81
28
0
5
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1.15
101095--101139
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82
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0
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17
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0
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0
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0
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1
0
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0
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7
146
29
10
8
51
1.65
136853--137039
31
6.3
31
65
16
108
46
10
17
25
1.80
142435--142491
21
2.6
22
73
18
64
49
10
1
38
1.48
143880--143921
9
4.7
9
82
8
50
30
0
0
69
0.89
147680--147705
13
2.0
13
100
0
52
23
7
15
53
1.67
151499--151541
21
2.0
21
100
0
86
46
6
13
32
1.71
154714--154752
21
1.9
20
89
5
60
41
30
5
23
1.76
158802--158830
8
3.6
8
100
0
58
37
0
13
48
1.43
159034--159070
17
2.1
18
95
5
67
35
13
32
18
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
163609--163633
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
167126--167201
40
1.9
39
84
7
100
43
0
0
56
0.99
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5
5.8
5
100
0
58
62
37
0
0
0.96
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21
1.9
21
85
10
55
22
0
7
70
1.12
173673--173733
28
2.2
28
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5
88
62
11
0
26
1.29
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2
23.0
2
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9
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47
0
0
52
1.00
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2.1
27
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0
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10
22
43
1.84
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2
16.0
2
100
0
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0
0
50
1.00
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22
1.9
24
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9
65
34
4
4
56
1.40
190995--191061
30
2.2
31
78
10
75
53
10
7
28
1.62
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2.1
33
100
0
138
34
27
5
31
1.81
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16
2.0
16
100
0
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12
0
43
1.42
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18
2.5
19
80
12
64
36
14
20
28
1.92
211932--211965
10
3.3
10
84
8
50
55
0
0
44
0.99
211993--212031
19
2.0
20
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5
53
23
5
10
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1.48
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109
2.0
109
84
3
286
25
9
23
41
1.85
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17
2.0
17
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0
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23
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1.94
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22
1.9
22
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14
59
36
12
12
39
1.80
233091--233134
17
2.6
16
82
7
52
31
0
0
68
0.90
233107--233157
25
2.1
25
85
10
70
31
0
3
64
1.11
234421--234457
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6
100
0
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0
0
51
1.00
240443--240479
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
240465--240500
18
1.9
18
88
5
54
58
0
0
41
0.98
252688--252719
10
3.2
10
100
0
64
50
0
21
28
1.49
255261--255295
12
2.9
12
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0
61
2
25
5
65
1.28
256997--257090
31
3.1
31
81
6
95
32
13
10
42
1.79
257012--257090
31
2.6
31
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4
99
34
11
10
44
1.74
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17
2.3
19
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8
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50
0
0
50
1.00
276117--276142
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100
0
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0
0
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1.00
276272--276321
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2
100
0
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0
0
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1.00
284839--285014
95
1.9
95
84
7
241
29
6
17
47
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          321   322   323   324   325