genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54129900--54129986	38	2.3	39	84	6	115	42	8	25	24	1.81
54130316--54130373	17	3.4	17	69	21	57	53	1	5	39	1.33
54130304--54130409	35	3.1	35	94	2	180	54	3	4	36	1.39
54130335--54130393	18	3.3	18	69	21	61	57	3	5	33	1.37
54132956--54133102	73	2.0	73	100	0	294	38	21	4	36	1.73
54136352--54136413	26	2.4	26	88	0	88	41	12	9	35	1.76
54142520--54142597	37	2.1	37	92	0	129	33	14	24	28	1.94
54142909--54142937	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
54144544--54144674	7	18.6	7	92	1	208	16	0	38	45	1.47
54148518--54148567	6	8.5	6	93	4	84	16	2	0	82	0.77
54164167--54164256	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
54164352--54164662	49	6.4	49	95	1	545	29	33	9	27	1.88
54167376--54167474	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
54167957--54168094	29	4.8	29	96	1	244	25	31	16	26	1.97
54170145--54170234	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
54170330--54170544	49	4.4	49	96	0	376	29	32	9	29	1.88
54173599--54173628	14	2.1	14	100	0	60	50	13	0	36	1.42
54178273--54178321	15	3.3	15	82	5	55	8	18	0	73	1.07
54178296--54178328	14	2.4	14	100	0	66	6	15	0	78	0.93
54182317--54182429	43	2.6	44	78	8	117	32	23	15	28	1.95
54190227--54190299	28	2.6	28	84	4	94	26	13	30	30	1.94
54193251--54193289	20	1.9	21	89	5	62	15	23	17	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54194912--54195028	53	2.2	53	95	1	209	30	6	22	40	1.80
54198360--54198523	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54198360--54198557	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54202119--54202282	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54202119--54202316	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54209682--54209845	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54209682--54209879	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54223670--54223718	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54224540--54224706	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
54231671--54231719	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54232541--54232707	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
54236979--54237032	15	3.7	15	82	9	58	0	35	0	64	0.94
54237005--54237046	19	2.2	19	91	8	68	0	33	0	66	0.92
54237023--54237068	24	1.9	25	86	8	69	0	41	0	58	0.98
54242015--54242052	19	2.0	19	94	0	67	39	18	0	42	1.50
54251132--54251230	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
54257655--54257682	11	2.5	11	100	0	56	50	17	0	32	1.47
54259377--54259560	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54259417--54259605	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54267033--54267216	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
54267073--54267261	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
54269267--54269312	10	4.6	10	86	0	56	19	28	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54269268--54269312	20	2.2	20	92	0	72	20	26	17	35	1.95
54276757--54276931	49	3.5	49	92	1	260	25	18	27	28	1.98
54276922--54276958	17	2.2	17	100	0	74	24	29	24	21	1.99
54280154--54280243	40	2.2	40	88	3	128	23	18	24	33	1.97
54280234--54280304	28	2.5	28	93	0	115	22	15	32	29	1.95
54280234--54280315	28	2.9	28	88	0	101	23	14	31	30	1.94
54284490--54284565	39	1.9	39	89	0	116	23	35	18	22	1.96
54286604--54286716	43	2.7	43	78	6	131	31	24	16	26	1.96
54289049--54289103	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
54291662--54291827	78	2.1	79	82	6	203	25	24	27	22	2.00
54306441--54306627	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
54306464--54306627	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54306464--54306661	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54314043--54314206	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
54314043--54314240	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
54316210--54316371	46	3.5	47	77	9	172	22	27	19	30	1.98
54317151--54317211	30	2.1	28	90	6	95	24	22	16	36	1.94
54323926--54324045	46	2.6	46	85	2	141	21	30	19	28	1.97
54334687--54334862	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
54334683--54334854	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
54337813--54337881	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
54337804--54337891	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54340262--54340437	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
54340258--54340429	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
54344074--54344201	46	2.8	45	85	4	159	26	20	31	21	1.98
54347002--54347453	98	4.6	96	89	4	665	32	8	29	29	1.87
54347002--54347453	47	9.3	49	91	4	677	32	8	29	29	1.87
54348881--54349435	40	13.9	40	87	0	680	26	21	26	26	1.99
54353426--54353524	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
54361419--54361517	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
54366304--54366375	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
54368312--54368410	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
54368891--54369015	29	4.3	29	97	0	232	24	33	16	25	1.95
54372056--54372127	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
54379967--54380038	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
54382074--54382156	37	2.3	36	93	2	139	21	34	18	25	1.96
54382259--54382529	49	5.4	49	90	6	407	29	32	9	28	1.89
54389117--54389204	39	2.2	41	78	15	103	17	22	30	29	1.96
54391473--54391542	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
54391473--54391554	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
54395373--54395562	29	6.5	29	84	4	231	26	16	30	26	1.97
54395374--54395531	59	2.7	59	89	2	203	27	15	31	26	1.96
54395373--54395560	88	2.1	88	83	4	229	27	15	30	26	1.96
54397564--54397731	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54397580--54397729	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
54405561--54405728	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
54405577--54405726	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
54414127--54414287	29	5.5	29	81	5	173	26	16	31	26	1.97
54414123--54414256	59	2.3	59	83	5	166	26	14	31	26	1.95
54425901--54426062	43	3.8	43	82	4	168	27	16	24	32	1.96
54429781--54429879	29	3.5	28	86	6	112	30	26	14	29	1.95
54437699--54437799	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
54448202--54448405	53	3.8	53	74	7	160	38	19	23	19	1.94
54456994--54457154	46	3.5	47	82	9	165	28	19	27	23	1.99
54460948--54460977	15	2.0	15	100	0	60	13	13	26	46	1.80
54472271--54472397	40	3.3	38	78	12	134	22	26	24	25	2.00
54472301--54472446	77	1.9	78	84	7	199	23	28	21	26	1.99
54472271--54472450	40	4.6	40	75	11	133	23	27	23	25	2.00
54480240--54480424	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
54480233--54480424	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
54488256--54488440	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
54488249--54488440	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
54494877--54494986	26	4.1	26	88	4	148	35	22	20	20	1.96
54494877--54494986	53	2.1	54	87	1	159	35	22	20	20	1.96
54494877--54494990	27	4.3	28	85	7	141	36	22	20	20	1.95
54502571--54502685	27	4.3	27	87	5	153	36	21	21	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54504585--54504644	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
54505357--54505448	27	3.4	27	83	0	112	25	22	18	33	1.97
54507653--54507744	22	4.0	22	74	12	69	34	17	19	28	1.94
54507660--54507758	23	4.3	23	84	3	110	32	17	21	29	1.96
54507717--54507768	23	2.3	23	86	6	70	32	19	25	23	1.97
54513933--54514002	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
54513933--54514014	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
54521733--54521802	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
54521733--54521814	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
54532584--54532652	15	4.7	15	81	1	86	11	17	13	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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