Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  168  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51911203--51911271
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51911203--51911271
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1.26
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2.8
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1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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(0-2)
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1
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1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
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Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
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1.00
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1.84
52065183--52065241
27
2.2
26
88
8
84
30
10
18
40
1.84
52066842--52066890
20
2.3
20
82
10
53
32
8
14
44
1.74
52067645--52067680
11
3.4
11
88
7
56
72
8
5
13
1.27
52068679--52068709
12
2.6
12
100
0
62
45
12
16
25
1.83
52077056--52077104
19
2.6
18
83
6
53
8
30
2
59
1.38
52080301--52080340
19
2.2
19
86
8
57
45
7
5
42
1.54
52082838--52082885
15
3.3
15
73
5
53
29
0
27
43
1.55
52082832--52082875
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
52082832--52082891
29
2.1
29
93
0
102
28
0
30
41
1.56
52083867--52083911
14
3.3
14
78
6
56
48
15
0
35
1.45
52086625--52086670
16
2.9
16
90
0
65
52
21
19
6
1.69
52086625--52086675
8
6.4
8
75
8
50
52
19
19
7
1.70
52086625--52086676
16
3.3
15
84
7
59
51
19
21
7
1.71
52086897--52086998
29
3.6
29
87
1
143
26
17
29
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52086897--52087007
57
1.9
57
88
1
168
27
17
29
26
1.97
52092897--52093011
29
4.0
28
85
2
131
28
15
27
27
1.96
52093909--52094005
30
3.2
30
76
2
97
29
24
15
29
1.96
52095510--52095654
78
1.9
78
81
2
177
44
8
9
37
1.67
52095635--52095685
22
2.3
22
86
6
68
76
3
3
15
1.08
52096597--52096664
5
13.0
5
72
17
50
76
1
16
5
1.05
52096597--52096664
16
4.3
15
80
15
75
76
1
16
5
1.05
52096612--52096660
27
1.9
25
84
12
64
75
2
16
6
1.09
52096725--52096782
12
4.8
12
84
0
71
67
0
22
10
1.21
52096738--52096796
24
2.5
24
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0
73
61
0
25
13
1.33
52096791--52096831
18
2.3
18
87
8
57
70
0
21
7
1.11
52097957--52098053
30
3.2
30
76
2
106
27
27
15
28
1.96
52100784--52100880
30
3.2
30
89
2
97
30
28
13
26
1.94
52102341--52102511
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
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46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
52104892--52104979
29
3.0
29
80
8
97
56
15
17
10
1.66
52104892--52104970
15
5.4
15
77
10
83
58
13
17
10
1.63
52104903--52104979
15
5.2
15
75
9
77
55
15
16
11
1.68
52107926--52108097
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
52107918--52108093
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
52112669--52112831
39
4.2
39
93
0
263
23
20
31
24
1.98
52112669--52112861
39
4.9
39
90
0
251
23
21
31
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52120632--52120794
39
4.2
39
93
0
263
23
20
31
24
1.98
52120632--52120824
39
4.9
39
90
0
251
23
21
31
23
1.98
52129540--52129625
24
3.4
26
76
13
108
43
20
12
23
1.86
52129535--52129634
49
2.0
50
98
1
193
42
20
12
26
1.86
52129744--52129846
30
3.4
30
66
12
77
32
15
25
27
1.96
52133155--52133208
10
5.1
11
82
8
60
33
33
7
25
1.84
52138245--52138341
30
3.2
30
75
2
97
27
25
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29
1.97
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14
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0
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0
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1.11
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13
2.7
13
95
0
61
62
5
0
31
1.18
52148155--52148318
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          321   322   323   324   325