Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  249  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
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3.3
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
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28
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0
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1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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3.7
22
93
0
135
18
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13
46
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78307097--78307214
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0
12
47
1.48
78319146--78319371
18
12.3
18
76
9
161
38
0
12
47
1.48
78319199--78319371
27
6.2
27
77
10
159
38
1
13
46
1.50
78319122--78319343
114
1.9
114
86
3
313
38
0
12
47
1.48
78319476--78319531
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
78319708--78319775
24
2.8
24
86
8
102
45
7
19
27
1.76
78319863--78321143
370
3.5
371
99
0
2530
38
10
14
35
1.81
78321581--78324755
634
5.0
635
97
0
6072
42
19
13
25
1.87
78326938--78326972
15
2.3
15
95
0
61
34
8
0
57
1.29
78327389--78327438
18
2.7
18
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9
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48
2
4
46
1.32
78327731--78328042
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4
470
26
29
20
23
1.99
78328015--78328109
41
2.3
40
85
7
129
16
20
23
40
1.91
78329793--78329817
9
2.8
9
100
0
50
68
0
0
32
0.90
78329883--78329912
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
78336479--78336534
19
2.8
20
84
7
71
42
7
17
32
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78337442--78337786
131
2.6
131
88
3
500
32
19
19
28
1.96
78338332--78338376
17
2.6
18
82
10
67
66
4
6
22
1.33
78338589--78338640
17
3.1
17
82
0
50
53
3
9
32
1.51
78338642--78338677
2
18.0
2
94
0
63
47
0
2
50
1.15
78338774--78338822
2
25.5
2
83
8
66
51
0
2
46
1.12
78338775--78338822
19
2.5
19
90
6
71
50
0
2
47
1.12
78342182--78342580
201
2.0
201
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0
762
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13
39
1.87
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2
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2
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3
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1
0
49
1.12
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1.81
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2.0
44
100
0
178
31
17
11
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1.85
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11
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11
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4
0
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2.1
19
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0
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10
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25
1.89
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44
5.6
44
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10
157
29
17
24
28
1.97
78364771--78365162
133
2.9
132
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5
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19
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2.0
40
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28
1.77
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10
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2.8
12
100
0
68
23
8
0
67
1.18
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26
2.7
26
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2
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33
5
19
40
1.75
78381295--78381337
13
3.3
13
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12
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37
2
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1.63
78381292--78381348
26
2.2
26
93
3
98
42
3
15
38
1.65
78381301--78381343
13
3.3
13
75
12
52
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4
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1.67
78382659--78382727
30
2.3
30
92
0
120
26
50
5
17
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78383200--78383250
23
2.2
22
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35
1
0
62
1.06
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3.7
24
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35
5
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53
1.45
78383295--78383403
26
4.0
28
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6
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78383347--78383388
22
1.9
22
90
0
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28
2
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78383271--78383418
79
1.9
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82
5
194
29
6
4
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1.42
78383479--78383534
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2.3
24
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11
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0
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0
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44
0
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14
3.0
14
85
10
57
0
47
0
52
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325