genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24616692--24616782	45	2.0	45	84	0	119	37	8	2	51	1.45
24616758--24616790	5	6.6	5	92	0	57	24	0	0	75	0.80
24624976--24625239	128	2.1	128	88	0	384	29	18	14	37	1.90
24639450--24639731	48	5.9	46	76	9	219	30	18	27	23	1.97
24639502--24639733	95	2.4	96	78	7	247	32	17	28	21	1.96
24647137--24647372	48	4.9	48	76	4	206	27	18	29	24	1.98
24649429--24649600	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
24649421--24649596	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
24651980--24652068	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
24651980--24652059	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
24651991--24652068	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
24654980--24655151	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
24654972--24655147	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
24657990--24658028	14	2.9	13	81	7	51	71	0	5	23	1.05
24666441--24666482	14	3.0	14	83	10	50	59	2	0	38	1.10
24684685--24684739	27	2.1	26	83	10	67	60	7	0	32	1.24
24687596--24687646	25	2.0	25	96	0	93	27	21	15	35	1.94
24697048--24697094	23	2.0	24	87	4	69	31	2	6	59	1.34
24699716--24699748	16	2.0	17	88	5	50	75	6	3	15	1.11
24700133--24700211	13	6.1	13	78	0	68	24	7	29	39	1.82
24701250--24701404	43	3.6	44	80	8	135	26	18	23	31	1.97
24703560--24703728	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24711596--24711764	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
24720886--24720999	46	2.5	44	83	8	122	27	18	28	25	1.98
24727833--24727878	22	2.1	22	95	0	83	23	4	28	43	1.73
24728559--24728604	23	2.0	23	95	0	83	23	21	23	30	1.99
24728624--24728847	46	4.8	45	79	10	202	25	19	32	23	1.97
24728669--24728934	48	5.6	47	74	9	182	26	17	30	25	1.97
24730110--24730149	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
24732740--24732828	33	2.7	33	92	1	142	13	11	29	46	1.78
24749762--24749921	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
24749762--24749921	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
24757240--24757264	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
24757979--24758146	46	3.6	46	75	9	169	28	20	26	23	1.99
24758125--24758240	44	2.5	46	78	6	121	26	18	31	24	1.97
24759565--24759740	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
24759561--24759732	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
24762693--24762761	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
24762684--24762771	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
24775090--24775131	17	2.5	17	96	0	75	30	7	0	61	1.22
24786049--24786079	12	2.6	12	94	0	53	25	41	19	12	1.87
24788654--24788726	27	2.6	28	76	2	85	35	21	27	15	1.93
24799326--24799518	95	2.1	93	97	2	359	39	7	11	41	1.69
24801633--24801661	13	2.2	13	100	0	58	37	10	13	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24809146--24809179	3	11.3	3	100	0	68	32	35	0	32	1.58
24816345--24816369	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
24817389--24818274	143	6.2	143	84	1	987	28	22	18	30	1.97
24818213--24818323	44	2.5	44	84	5	143	29	20	18	30	1.97
24822636--24822686	20	2.6	20	87	9	70	49	11	17	21	1.79
24834443--24834545	29	3.6	29	89	0	143	26	16	33	24	1.96
24842290--24842363	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
24842347--24842423	29	2.6	29	77	2	82	22	19	35	22	1.95
24854661--24854810	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24854685--24854868	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24859109--24859258	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24859133--24859316	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24861256--24861405	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24861280--24861463	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24866959--24867108	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24866983--24867166	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24875216--24875288	38	1.9	38	94	0	128	34	5	27	32	1.80
24877686--24877840	47	3.3	44	76	10	141	23	27	18	30	1.98
24878694--24878845	38	4.0	38	92	3	234	32	26	21	19	1.97
24878662--24878845	76	2.4	76	88	1	260	33	27	20	19	1.96
24880841--24880950	54	2.1	53	84	1	139	17	22	23	36	1.95
24880874--24880950	27	2.9	26	90	5	118	15	25	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24890823--24890898	38	2.0	38	100	0	152	34	26	13	26	1.93
24891074--24891337	46	5.6	47	75	10	202	24	29	17	28	1.98
24891121--24891332	94	2.3	92	82	7	232	23	29	18	28	1.98
24891066--24891333	140	1.9	141	83	6	348	24	29	18	28	1.98
24893004--24893055	27	1.9	27	84	7	70	51	0	9	38	1.35
24893948--24894103	43	3.7	43	74	14	153	25	19	28	26	1.99
24895525--24895570	24	1.9	24	90	0	74	23	10	21	43	1.84
24903120--24903261	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
24903159--24903287	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
24910462--24910523	6	10.2	6	77	10	63	12	4	4	77	1.09
24910497--24910546	23	2.2	23	82	7	57	14	8	4	74	1.20
24912073--24912185	56	2.0	56	94	0	199	29	5	29	36	1.79
24915636--24915747	27	4.2	26	79	12	109	38	22	23	16	1.93
24915636--24915747	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
24917157--24917227	24	3.0	24	97	0	133	26	38	0	35	1.57
24919518--24919542	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
24922808--24922862	5	11.2	5	96	3	103	20	0	0	80	0.72
24926087--24926561	48	10.0	48	94	3	802	35	6	27	31	1.82
24926087--24926561	142	3.3	143	93	3	818	35	6	27	31	1.82
24928043--24928327	40	7.2	40	92	2	448	24	21	28	25	1.99
24928489--24928539	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
24932299--24932674	48	8.0	48	91	5	610	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24932485--24932558	38	1.9	38	100	0	148	33	8	27	31	1.86
24932389--24932656	134	2.0	134	97	0	500	33	6	27	32	1.83
24932341--24932674	182	1.8	182	97	0	632	34	6	27	31	1.82
24935279--24935316	19	2.0	19	89	0	58	39	10	2	47	1.52
24938631--24938738	54	2.0	54	96	0	198	33	9	22	35	1.86
24940846--24940870	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24944719--24944778	13	4.6	13	80	13	70	46	0	8	45	1.33
24944728--24944792	27	2.4	27	94	0	112	47	0	6	46	1.27
24944729--24944790	18	3.2	18	73	17	54	46	0	4	48	1.23
24966620--24966790	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
24966615--24966787	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
24967208--24967267	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
24974193--24974362	93	1.8	92	92	1	286	28	28	20	21	1.98
24981294--24981694	46	8.7	46	92	1	597	37	16	24	21	1.93
24981985--24982018	17	2.0	17	94	0	59	50	0	17	32	1.47
24985679--24985715	19	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
24985679--24985725	18	2.6	18	83	9	60	46	2	0	51	1.13
24989980--24990303	162	2.0	162	92	0	540	22	12	21	42	1.87
24994198--24994233	18	1.9	19	88	5	56	77	5	0	16	0.94
25008543--25008872	69	4.8	69	87	0	419	22	20	21	35	1.96
25010631--25010743	43	2.6	43	78	0	118	25	14	27	32	1.94
25014782--25014923	39	3.7	39	88	4	225	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25014742--25014922	76	2.3	79	88	3	260	23	29	22	24	1.99
25016569--25016693	40	3.2	39	88	5	180	24	26	23	26	2.00
25024777--25024942	40	4.2	40	92	3	264	25	27	22	24	2.00
25024777--25024942	81	2.1	79	90	4	262	25	27	22	24	2.00
25029928--25030100	49	3.6	48	73	8	154	23	26	22	27	1.99
25031612--25031743	29	4.6	29	82	3	106	25	33	16	24	1.96
25035328--25035401	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
25043178--25043251	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
25043235--25043310	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
25043178--25043310	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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