genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33331564--33331600	13	2.8	14	88	12	60	29	27	16	27	1.97
33333861--33333959	48	2.1	48	94	0	171	31	23	19	26	1.98
33343346--33343523	90	2.0	90	84	6	236	26	18	25	29	1.98
33343804--33343894	41	2.2	40	86	9	121	45	23	14	17	1.85
33343902--33344117	41	5.3	41	94	0	369	32	25	24	18	1.97
33344240--33344373	67	2.0	67	98	0	259	38	2	14	44	1.60
33344352--33344432	21	3.7	21	75	12	81	28	1	24	45	1.61
33344355--33344448	46	2.0	46	91	0	152	29	2	24	43	1.66
33345019--33345081	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
33350255--33350400	43	3.4	43	90	0	211	20	21	30	27	1.98
33367587--33367625	21	1.9	20	84	5	51	46	17	0	35	1.49
33370208--33370249	16	2.6	16	80	3	57	40	9	0	50	1.35
33371957--33371998	20	2.1	20	100	0	84	28	26	0	45	1.54
33373678--33373795	43	2.8	42	81	7	148	28	23	16	30	1.97
33380640--33380825	49	3.7	50	76	10	171	32	25	16	25	1.96
33381072--33381125	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
33382144--33382180	17	2.2	17	95	0	65	45	8	10	35	1.69
33384312--33384430	43	2.8	42	79	3	141	31	26	15	26	1.96
33385252--33385329	39	2.0	40	94	2	140	32	20	6	41	1.78
33397401--33397454	27	2.0	27	96	0	99	38	27	7	25	1.83
33407606--33407634	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
33411000--33411026	8	3.4	8	100	0	54	48	14	0	37	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33412976--33413021	21	2.2	21	100	0	92	23	10	15	50	1.75
33413058--33413088	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
33413768--33413830	22	2.8	22	72	18	58	42	0	0	57	0.99
33413771--33413830	23	2.7	22	82	12	70	43	0	0	56	0.99
33425117--33425188	36	2.0	36	100	0	144	33	8	13	44	1.74
33430233--33430294	24	2.5	25	94	5	117	33	22	22	20	1.97
33436255--33436421	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
33444262--33444428	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
33450380--33450519	29	4.9	29	87	7	196	29	30	14	25	1.95
33450747--33450783	16	2.3	16	90	0	56	10	18	16	54	1.71
33454756--33454857	29	3.6	29	80	6	118	30	27	13	28	1.94
33454756--33454870	29	4.0	28	81	8	117	29	26	13	30	1.94
33456208--33456239	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
33456271--33456324	6	9.0	6	87	0	63	75	1	7	14	1.09
33456271--33456324	18	3.0	18	83	0	72	75	1	7	14	1.09
33458661--33458783	47	2.6	47	97	0	237	22	20	28	28	1.99
33462811--33462918	40	2.7	40	83	11	132	23	25	29	21	1.99
33470865--33471048	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
33470905--33471093	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
33473223--33473302	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
33473214--33473301	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
33491401--33491650	40	6.2	40	89	1	376	25	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33500610--33500642	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
33511087--33511125	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
33512612--33512771	39	4.1	39	94	0	266	21	23	31	23	1.99
33517760--33517916	39	4.0	39	91	0	233	23	24	29	22	1.99
33519408--33519546	49	2.8	50	84	7	183	25	20	25	28	1.99
33528994--33529053	30	2.0	30	100	0	120	46	13	16	23	1.82
33529172--33529231	30	2.0	30	90	0	93	46	21	3	28	1.67
33530683--33530773	45	2.0	45	93	0	155	25	12	24	38	1.90
33532097--33532205	43	2.6	43	83	4	141	27	19	22	31	1.97
33538887--33538940	16	3.4	16	80	10	65	44	18	24	12	1.85
33538887--33538940	24	2.2	24	86	0	81	44	18	24	12	1.85
33539154--33539267	28	4.1	28	80	6	115	30	14	27	27	1.95
33539154--33539267	56	2.0	56	84	3	149	30	14	27	27	1.95
33540262--33540298	18	2.0	19	85	15	51	72	0	24	2	0.97
33541620--33541748	40	3.3	40	90	5	201	24	21	27	25	1.99
33545725--33545894	43	4.0	43	71	12	143	24	16	26	32	1.96
33547109--33547167	29	2.0	29	93	0	100	20	25	30	23	1.98
33550759--33550791	16	2.1	16	94	0	57	42	24	24	9	1.83
33551008--33551105	28	3.5	28	79	8	92	27	10	29	32	1.90
33555853--33556020	40	4.2	40	89	0	246	33	20	22	24	1.97
33555856--33556055	80	2.5	80	82	3	188	32	21	23	24	1.98
33557964--33558065	27	3.7	27	85	2	125	34	18	25	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33561602--33561681	27	2.9	27	81	1	97	35	17	26	21	1.95
33565453--33565517	28	2.3	29	86	2	87	29	10	30	29	1.91
33565473--33565540	27	2.4	28	82	4	84	27	11	32	27	1.92
33566759--33566792	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
33577971--33578075	40	2.6	40	82	8	124	23	24	24	26	2.00
33578735--33578922	40	4.7	40	89	0	279	24	29	21	24	1.99
33578709--33578922	80	2.7	80	84	2	286	25	29	21	23	1.99
33578852--33578915	23	3.0	23	61	25	59	23	28	23	25	2.00
33581478--33581588	47	2.4	47	87	3	152	27	27	9	36	1.86
33581592--33581727	46	3.0	46	97	0	254	31	27	7	33	1.84
33584010--33584096	45	1.9	45	88	0	129	24	16	26	33	1.95
33589745--33589938	39	4.9	39	88	0	244	22	31	21	24	1.98
33592244--33592407	43	3.8	43	76	5	163	32	25	14	27	1.95
33596264--33596481	40	5.5	40	93	2	354	25	28	22	22	1.99
33601287--33601327	21	2.0	21	85	0	55	24	29	9	36	1.87
33605490--33605574	40	2.1	40	95	0	152	23	29	24	22	1.99
33605550--33605603	28	1.9	28	88	0	81	27	25	22	24	2.00
33605578--33605710	40	3.3	40	80	2	142	24	24	22	28	1.99
33605475--33605669	108	1.8	108	86	4	286	24	28	23	24	2.00
33608015--33608233	40	5.5	40	92	2	354	25	28	22	22	1.99
33614821--33614950	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
33614837--33614988	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33614837--33614986	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
33624100--33624229	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
33624116--33624267	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
33624116--33624265	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
33627825--33627939	43	2.7	43	82	5	135	32	23	20	24	1.98
33634275--33634317	10	4.5	10	80	11	54	60	0	0	39	0.97
33640139--33640168	12	2.6	11	90	10	51	0	10	0	90	0.47
33641755--33641804	11	4.5	11	78	9	57	34	0	0	66	0.92
33642256--33642293	19	2.0	20	89	5	60	31	7	7	52	1.59
33642291--33642337	20	2.2	22	82	14	55	53	4	0	42	1.20
33643776--33643814	19	2.1	19	100	0	78	38	15	5	41	1.69
33646102--33646163	29	2.1	29	96	0	115	46	16	12	24	1.81
33647854--33647916	31	2.0	31	96	0	117	36	14	4	44	1.66
33649470--33649701	27	8.6	28	86	6	309	27	21	10	40	1.85
33649652--33649711	27	2.2	27	81	0	66	33	23	6	36	1.81
33649469--33649701	81	2.9	81	90	2	353	27	21	10	40	1.85
33650939--33650986	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
33651029--33651087	20	3.0	20	87	2	93	35	11	18	33	1.88
33651138--33651304	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
33651138--33651305	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
33651496--33651589	31	3.1	31	96	1	172	39	14	22	23	1.91
33654416--33654648	27	8.6	27	86	5	319	27	21	10	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33654599--33654658	27	2.2	27	81	0	66	33	23	6	36	1.81
33654416--33654648	81	2.9	81	90	2	353	27	21	10	40	1.85
33655886--33655933	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
33655977--33656035	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
33656086--33656238	24	6.4	24	95	2	254	29	22	22	26	1.99
33656444--33656538	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
33659162--33659208	20	2.3	21	82	7	53	51	6	0	42	1.27
33659347--33659417	33	2.2	33	84	5	90	57	2	5	33	1.37
33659361--33659405	16	2.9	16	83	12	58	62	2	4	31	1.27
33659396--33659437	14	2.9	15	82	6	52	59	0	9	30	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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