genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52148155--52148352	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
52149610--52149663	28	1.9	28	100	0	108	50	3	24	22	1.65
52152732--52152990	67	4.0	64	77	7	218	30	16	27	25	1.96
52156850--52156876	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
52162140--52162275	67	2.0	67	88	0	200	22	18	17	41	1.90
52163916--52163951	9	4.1	9	89	7	56	47	8	0	44	1.33
52163918--52163951	17	2.0	17	94	0	59	47	8	0	44	1.34
52165714--52165754	15	2.6	16	79	20	50	4	24	0	70	1.06
52165715--52165765	17	3.0	17	77	11	52	9	21	0	68	1.18
52166877--52166909	10	3.1	11	86	8	50	21	9	6	63	1.45
52170309--52170369	5	12.0	5	77	19	56	77	3	16	3	1.04
52170302--52170369	15	4.6	14	76	18	57	76	4	16	2	1.07
52170309--52170369	21	3.0	19	79	15	61	77	3	16	3	1.04
52170417--52170447	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
52170467--52170500	12	2.8	12	86	0	50	61	0	23	14	1.33
52170450--52170542	42	2.2	42	83	7	118	67	1	20	10	1.26
52172866--52173027	26	6.2	26	93	4	249	34	6	23	35	1.80
52172866--52173027	78	2.1	78	94	2	281	34	6	23	35	1.80
52175845--52175889	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
52176869--52176928	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
52176875--52176922	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
52177285--52177391	30	3.6	31	75	6	105	28	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52183237--52183394	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
52183237--52183424	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
52191289--52191446	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
52191289--52191476	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
52199360--52199517	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
52199360--52199547	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
52206114--52206277	27	6.1	27	82	8	165	36	20	10	32	1.87
52206118--52206324	81	2.6	81	79	4	204	37	21	9	31	1.85
52206118--52206325	27	7.7	27	80	2	94	37	21	9	31	1.85
52206317--52206800	27	18.0	27	87	0	646	35	18	21	24	1.95
52207441--52207519	26	3.0	26	87	3	104	18	24	18	37	1.94
52207449--52207521	27	2.8	26	87	4	101	19	24	19	36	1.94
52209695--52209779	24	3.5	24	91	3	127	38	29	10	21	1.87
52209643--52209779	72	1.9	72	80	5	161	35	29	10	24	1.89
52211979--52212145	40	4.2	40	79	3	167	23	26	23	26	2.00
52219972--52220122	40	3.8	39	78	8	126	22	27	23	26	2.00
52219972--52220121	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	1.99
52222113--52222146	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
52225874--52225952	6	12.8	6	70	15	54	48	12	18	20	1.81
52225886--52225949	25	2.6	25	90	5	94	45	14	20	20	1.85
52226069--52226119	27	1.9	26	88	4	75	39	17	25	17	1.92
52226282--52226346	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52226734--52227228	27	18.4	27	82	5	452	24	19	18	36	1.94
52226738--52227218	54	8.9	54	84	0	606	24	20	18	36	1.95
52226738--52227218	81	6.0	81	88	0	606	24	20	18	36	1.95
52227210--52227387	27	6.6	26	77	8	128	30	7	21	39	1.81
52227210--52227387	81	2.2	80	82	5	198	30	7	21	39	1.81
52227262--52227387	27	4.7	27	87	4	150	28	7	23	41	1.80
52227291--52227387	27	3.6	27	90	1	151	27	6	22	43	1.77
52235757--52235887	45	2.9	45	91	1	210	21	22	29	25	1.99
52241230--52241277	23	2.1	23	100	0	96	31	8	20	39	1.82
52243770--52243988	45	4.9	45	92	2	320	21	21	30	26	1.99
52247626--52247679	26	2.1	26	82	0	63	31	22	20	25	1.98
52247663--52247858	27	7.3	27	85	2	214	40	21	7	30	1.81
52247836--52247944	27	4.0	27	92	0	173	30	23	6	39	1.80
52247822--52247940	54	2.2	52	79	8	148	34	23	6	35	1.81
52247663--52247944	81	3.5	80	79	4	219	36	21	7	34	1.82
52248296--52248345	22	2.3	22	82	0	64	22	28	20	30	1.98
52248505--52248567	27	2.3	27	83	5	83	17	25	23	33	1.96
52251696--52251815	56	2.1	56	87	3	170	25	25	19	30	1.98
52254029--52254082	26	2.1	26	82	0	63	31	22	20	25	1.98
52254066--52254261	27	7.3	27	85	2	214	40	21	7	30	1.81
52254239--52254347	27	4.0	27	92	0	173	30	23	6	39	1.80
52254225--52254343	54	2.2	52	79	8	148	34	23	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52254066--52254347	81	3.5	80	79	4	219	36	21	7	34	1.82
52254699--52254748	22	2.3	22	82	0	64	22	28	20	30	1.98
52254908--52254970	27	2.3	27	83	5	83	17	25	23	33	1.96
52258099--52258218	56	2.1	56	87	3	170	25	25	19	30	1.98
52260433--52260486	26	2.1	26	82	0	63	31	22	20	25	1.98
52260470--52260665	27	7.3	27	85	2	214	40	21	7	30	1.81
52260643--52260751	27	4.0	27	92	0	173	30	23	6	39	1.80
52260629--52260747	54	2.2	52	79	8	148	34	23	6	35	1.81
52260470--52260751	81	3.5	80	79	4	219	36	21	7	34	1.82
52261103--52261152	22	2.3	22	82	0	64	22	28	20	30	1.98
52261312--52261374	27	2.3	27	83	5	83	17	25	23	33	1.96
52264503--52264622	56	2.1	56	87	3	170	25	25	19	30	1.98
52268097--52268228	50	2.6	51	85	3	185	34	15	12	37	1.86
52274842--52275003	43	3.8	42	71	14	109	33	23	18	24	1.97
52282471--52282721	66	3.9	64	77	9	215	24	28	16	30	1.97
52283383--52283443	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
52286984--52287112	58	2.2	58	90	2	197	27	15	30	26	1.96
52286984--52287083	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
52294947--52295075	58	2.2	58	90	2	197	27	15	30	26	1.96
52294947--52295046	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
52299997--52300238	46	5.2	46	74	12	156	29	19	29	21	1.97
52300133--52300259	47	2.7	48	80	6	127	29	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52301835--52301874	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
52306390--52306477	27	3.3	27	78	0	86	37	19	18	25	1.94
52309982--52310174	49	3.9	48	81	6	208	26	28	19	25	1.98
52310035--52310110	24	3.2	23	63	23	57	27	30	17	25	1.97
52309993--52310176	100	1.9	98	86	4	262	27	28	18	25	1.98
52311939--52311982	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
52328658--52328754	43	2.3	43	90	0	149	30	19	17	31	1.95
52348522--52348841	40	8.1	40	72	6	231	31	18	22	27	1.97
52349146--52349254	7	15.4	7	80	1	110	22	0	27	49	1.50
52349146--52349332	14	13.2	14	72	8	110	22	0	31	45	1.53
52349199--52349242	22	2.0	22	90	0	70	20	0	34	45	1.51
52349187--52349257	29	2.5	29	80	11	85	22	0	30	46	1.52
52349252--52349307	22	2.6	23	74	23	59	23	0	42	33	1.54
52349151--52349362	7	29.9	7	74	7	70	22	0	33	43	1.57
52349982--52350033	19	2.8	18	85	5	68	9	30	1	57	1.42
52349982--52350036	18	3.0	18	86	5	74	10	30	1	56	1.44
52352850--52352880	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
52354615--52354711	30	3.2	30	72	2	88	28	28	13	28	1.94
52356381--52356426	13	3.7	13	80	19	62	73	6	6	13	1.22
52357328--52357384	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
52357317--52357384	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
52357328--52357384	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52357328--52357384	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
52357453--52357523	30	2.4	31	83	11	94	61	0	22	15	1.33
52359756--52359852	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
52362762--52362814	24	2.2	25	96	3	99	43	20	16	18	1.88
52362968--52363140	46	3.7	49	85	9	193	24	28	19	27	1.98
52364001--52364075	6	11.8	6	77	7	60	72	1	18	8	1.17
52364007--52364075	18	3.7	18	74	12	68	72	0	18	8	1.10
52364039--52364163	61	2.0	61	79	11	132	63	2	24	9	1.37
52385444--52385529	37	2.3	37	97	0	163	26	41	12	18	1.87
52387464--52387617	54	2.8	53	80	8	161	24	24	16	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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