genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15512866--15513036	46	3.8	43	75	13	139	28	19	27	23	1.99
15513929--15514043	44	2.5	44	81	6	124	26	17	30	25	1.97
15520690--15520727	20	1.9	19	89	5	58	31	2	18	47	1.62
15528882--15529049	46	3.6	46	74	13	137	28	21	27	22	1.99
15528979--15529146	47	3.7	45	77	10	153	29	21	26	22	1.99
15528979--15529133	46	3.4	46	80	10	133	29	20	27	23	1.99
15533233--15533325	46	2.0	46	100	0	186	39	17	17	25	1.91
15533449--15533504	28	2.0	28	100	0	112	25	3	25	46	1.69
15535627--15535665	19	2.0	20	85	14	55	38	0	5	56	1.22
15541836--15541878	18	2.4	18	96	0	77	30	13	27	27	1.95
15545932--15545979	24	1.9	25	83	8	62	8	12	2	77	1.08
15546316--15546365	16	3.1	16	85	2	64	56	0	0	44	0.99
15549964--15549992	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
15550579--15550616	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
15550565--15550626	14	4.3	13	79	16	52	50	0	4	45	1.23
15557995--15558030	17	2.1	18	89	5	56	50	0	19	30	1.48
15558148--15558185	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
15558128--15558195	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
15558516--15558548	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
15568783--15568829	22	2.1	22	100	0	94	27	8	10	53	1.64
15569382--15569481	50	2.0	50	94	0	173	28	24	11	37	1.89
15580920--15581065	33	4.4	32	66	10	96	30	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15586652--15586688	20	1.9	20	88	5	58	56	5	0	37	1.22
15589181--15589323	78	1.8	77	88	4	216	33	25	15	25	1.95
15590148--15590206	17	3.4	17	71	2	55	1	28	3	66	1.18
15590256--15590396	5	28.0	5	95	4	257	60	0	0	39	0.97
15596330--15596379	20	2.5	20	83	3	64	54	10	8	28	1.62
15599460--15599559	52	1.9	52	97	0	191	43	17	13	27	1.85
15600091--15600201	58	1.9	58	83	3	143	28	9	9	52	1.65
15605018--15605143	49	2.6	48	80	12	134	27	28	15	27	1.96
15606081--15606252	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
15606073--15606242	46	3.7	46	78	13	204	30	29	18	21	1.97
15606078--15606267	46	4.1	46	75	15	160	30	28	19	21	1.98
15608649--15608704	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
15611642--15611815	46	3.8	46	79	14	198	28	29	20	21	1.98
15611650--15611819	93	1.8	91	92	2	286	27	30	20	21	1.98
15611691--15611834	46	3.1	46	75	14	152	29	28	20	22	1.98
15616302--15616339	20	1.9	20	88	0	58	23	23	5	47	1.72
15616725--15616767	20	2.3	18	81	14	52	37	18	2	41	1.63
15618132--15618189	27	2.1	27	93	0	98	24	25	12	37	1.90
15622721--15622895	49	3.6	49	75	7	167	24	26	20	29	1.99
15622721--15622943	98	2.3	98	87	2	313	21	26	21	30	1.98
15622769--15622943	49	3.6	49	79	9	203	20	26	22	30	1.98
15626754--15626788	13	2.8	12	87	12	52	74	14	2	8	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15639040--15639175	57	2.4	59	77	13	140	29	20	22	27	1.99
15639931--15639975	23	2.0	23	82	8	56	35	4	31	28	1.77
15647409--15647438	7	4.4	7	95	4	53	86	0	0	13	0.57
15651931--15652046	29	4.0	29	100	0	232	27	27	13	31	1.94
15659935--15660094	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
15664326--15664408	3	28.0	3	87	7	116	33	1	2	62	1.16
15664564--15664638	23	3.3	23	67	14	73	48	1	10	40	1.46
15664539--15664653	46	2.5	46	92	1	196	49	1	7	40	1.42
15667650--15667844	27	7.2	27	80	14	215	18	24	22	34	1.96
15667647--15667844	54	3.7	54	89	4	310	18	24	22	34	1.96
15671469--15671501	17	2.0	17	88	5	50	54	18	6	21	1.64
15676385--15676418	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15679755--15679854	50	2.0	50	100	0	200	34	26	18	22	1.96
15689849--15689882	17	2.0	17	94	0	59	47	20	2	29	1.65
15690358--15690385	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
15693213--15693374	43	3.8	43	72	15	129	31	22	17	28	1.96
15709732--15710060	48	6.9	48	84	1	381	28	27	17	26	1.97
15709734--15710060	96	3.4	96	88	0	449	28	27	16	26	1.97
15713994--15714154	43	3.8	42	76	11	148	31	26	16	25	1.97
15716989--15717024	17	2.1	17	100	0	72	22	30	0	47	1.52
15720350--15720423	5	14.8	5	100	0	148	59	0	0	40	0.97
15722945--15722972	13	2.2	13	100	0	56	25	28	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15723979--15724073	42	2.2	42	79	5	102	30	22	18	28	1.97
15729112--15729144	16	2.1	16	88	11	50	33	6	24	36	1.80
15729272--15729323	27	2.0	26	92	7	88	65	3	11	19	1.40
15732420--15732457	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
15732491--15732533	18	2.3	19	84	8	52	46	6	6	39	1.58
15732922--15732995	31	2.4	30	80	6	85	55	8	1	35	1.38
15735830--15735854	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15744824--15744877	25	2.2	25	100	0	108	40	14	20	24	1.90
15746166--15746252	26	3.3	26	100	0	174	16	42	26	14	1.87
15746166--15746268	52	2.0	52	88	3	154	17	41	26	14	1.88
15746459--15746483	13	1.9	13	100	0	50	8	52	24	16	1.70
15751645--15751684	19	2.1	19	100	0	80	27	20	7	45	1.78
15751769--15751848	40	2.0	40	95	0	142	36	18	13	31	1.90
15753118--15753263	49	2.9	50	83	3	195	27	27	20	24	1.99
15761481--15761513	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
15763951--15763987	19	1.9	19	94	0	65	62	0	32	5	1.18
15766308--15766349	17	2.5	17	76	7	50	59	4	2	33	1.31
15766762--15766975	122	1.8	117	83	9	283	28	8	14	47	1.75
15769662--15769785	62	2.0	62	100	0	248	32	9	12	45	1.75
15772457--15772502	19	2.4	18	79	10	56	23	21	6	47	1.74
15772466--15772511	19	2.4	19	85	3	56	30	19	4	45	1.70
15772637--15772689	12	4.4	12	72	9	54	50	16	24	7	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15772824--15772976	83	1.8	83	88	2	236	32	32	14	21	1.93
15775082--15775183	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
15775200--15775228	15	1.9	15	100	0	58	65	6	0	27	1.18
15775357--15775482	39	3.3	39	74	12	120	53	4	5	35	1.45
15775988--15776023	16	2.3	15	90	4	54	8	0	30	61	1.26
15776019--15776054	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
15776019--15776052	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
15776868--15776929	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
15777023--15777057	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
15777077--15777416	72	4.5	75	82	7	361	32	18	17	31	1.94
15777036--15777414	72	5.0	72	80	4	344	33	18	16	30	1.94
15777272--15777749	165	2.9	168	89	4	709	31	20	17	29	1.96
15777445--15777606	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
15777610--15777749	74	1.9	75	87	3	210	27	24	19	28	1.98
15777814--15777838	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
15777814--15777979	72	2.3	72	86	6	239	41	20	15	22	1.89
15777979--15778242	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
15777979--15778242	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
15777817--15778409	257	2.3	257	94	2	1033	36	22	14	25	1.93
15780787--15781176	195	2.0	195	98	0	753	25	23	20	30	1.99
15788885--15788958	34	2.2	33	81	9	80	52	2	5	39	1.38
15788886--15789010	39	3.3	39	76	11	127	53	4	5	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15789539--15789573	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
15796283--15796445	45	3.6	45	76	11	163	30	16	27	25	1.97
15796254--15796426	90	1.9	90	90	2	276	29	15	29	26	1.96
15796508--15796756	44	5.6	43	77	12	229	28	18	22	30	1.98
15796480--15796756	133	2.1	133	80	8	321	29	18	23	28	1.97
15796518--15796802	89	3.2	86	74	11	229	29	18	22	29	1.97
15798329--15798355	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
15798410--15798477	12	4.5	14	74	22	50	23	2	1	72	1.07
15798434--15798476	18	2.6	16	82	17	52	25	0	2	72	0.97
15798504--15798538	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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