genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56250953--56251158	40	5.2	40	87	4	301	24	20	26	28	1.99
56253296--56253360	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
56253669--56253721	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
56255213--56255320	26	4.2	26	98	0	198	37	23	7	32	1.82
56262963--56263127	42	3.9	42	76	4	154	29	14	25	30	1.95
56262973--56263127	84	1.9	83	80	1	184	29	15	25	29	1.96
56266798--56266823	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
56267478--56267694	49	4.5	49	89	3	343	29	28	6	34	1.83
56268954--56268978	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
56270933--56270964	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
56271177--56271256	42	1.9	42	87	2	117	28	28	15	27	1.96
56272922--56272986	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
56282527--56282613	43	2.0	43	82	12	108	22	17	29	29	1.97
56294418--56294546	46	2.8	46	91	0	204	19	21	29	29	1.98
56299012--56299301	24	12.1	24	97	0	519	20	17	25	36	1.94
56309123--56309411	24	12.1	24	96	1	510	36	25	17	20	1.94
56317173--56317462	24	12.1	24	97	0	519	36	25	17	20	1.94
56323245--56323376	20	6.6	20	91	0	201	15	19	25	40	1.90
56323245--56323403	40	4.0	40	84	3	194	16	22	23	37	1.93
56323260--56323403	60	2.4	60	85	0	207	16	23	24	35	1.95
56324413--56324496	20	4.2	20	90	0	123	11	20	26	41	1.86
56326539--56326715	40	4.5	39	81	6	180	27	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56328986--56329035	26	2.0	25	85	11	68	76	2	16	6	1.08
56328984--56329044	25	2.7	22	77	18	63	80	1	13	4	0.95
56330205--56330268	29	2.2	29	85	0	92	34	17	26	21	1.95
56330207--56330281	29	2.6	29	84	0	87	30	17	29	22	1.97
56333313--56333461	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56333354--56333461	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56340160--56340212	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
56341371--56341434	29	2.2	29	85	0	92	34	17	26	21	1.95
56341373--56341447	29	2.6	29	84	0	87	30	17	29	22	1.97
56346280--56346389	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
56346280--56346429	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
56352099--56352126	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
56353069--56353102	5	6.4	5	90	10	50	2	20	0	76	0.92
56357054--56357350	47	6.3	47	96	0	522	32	9	30	26	1.88
56359312--56359407	34	2.9	34	80	13	110	22	23	25	28	2.00
56362083--56362152	27	2.5	28	93	2	115	30	28	14	27	1.95
56365987--56366149	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
56365987--56366179	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
56371395--56371471	29	2.7	29	81	2	93	22	32	18	27	1.97
56376983--56377145	39	4.2	39	92	0	254	23	19	31	25	1.98
56376983--56377175	39	4.9	39	89	0	242	23	20	31	24	1.98
56384281--56384350	27	2.5	28	93	2	115	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56386693--56386741	25	1.9	26	84	12	66	38	2	6	53	1.38
56386741--56386769	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
56387706--56387737	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
56387706--56387761	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
56389091--56389133	21	2.1	20	83	12	52	23	13	16	46	1.83
56393727--56393778	27	1.9	26	84	7	68	34	21	0	44	1.52
56398182--56398257	27	2.8	27	88	4	100	40	18	17	23	1.91
56401515--56401695	40	4.5	40	79	7	188	24	25	23	26	2.00
56401515--56401693	80	2.2	81	85	3	236	24	25	24	26	2.00
56402402--56402431	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
56407056--56407142	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
56407213--56407462	49	5.1	49	96	0	457	30	27	8	33	1.86
56407213--56407462	97	2.6	98	97	1	466	30	27	8	33	1.86
56411269--56411458	79	2.4	79	93	0	326	26	27	19	25	1.99
56411269--56411458	39	4.8	40	92	2	312	26	27	19	25	1.99
56413035--56413352	49	6.5	49	95	0	546	30	28	8	33	1.87
56413193--56413277	27	3.3	27	63	21	74	34	27	3	35	1.74
56422028--56422247	39	5.6	39	89	3	309	21	30	22	24	1.99
56425094--56425171	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
56425043--56425455	47	8.7	47	87	7	582	29	31	7	31	1.84
56425043--56425455	96	4.3	94	90	5	616	29	31	7	31	1.84
56429195--56429498	43	7.1	43	95	1	533	32	32	22	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56429195--56429497	128	2.4	128	94	1	529	32	32	22	13	1.92
56429207--56429498	85	3.4	85	96	0	532	32	32	22	12	1.91
56434800--56434905	40	2.7	40	85	5	117	31	23	16	29	1.96
56438636--56438743	54	2.0	54	100	0	216	29	27	9	33	1.88
56441279--56441343	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
56441273--56441541	136	2.0	137	94	0	477	33	24	17	24	1.96
56441789--56441841	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
56443297--56443354	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
56443635--56443689	29	1.9	28	92	3	92	18	18	29	34	1.94
56447033--56447076	21	2.1	21	100	0	88	43	9	4	43	1.56
56447037--56447082	21	2.2	21	92	0	74	47	4	4	43	1.42
56452100--56452138	21	1.9	21	84	5	53	30	23	30	15	1.95
56457452--56457566	29	4.0	29	85	2	144	27	28	16	26	1.97
56457788--56457828	16	2.6	16	92	7	66	12	24	19	43	1.85
56458411--56458514	52	2.0	52	83	3	129	48	8	23	20	1.77
56462806--56462877	29	2.6	28	93	4	119	22	15	33	29	1.94
56462860--56462926	24	2.8	24	95	0	116	19	17	28	34	1.95
56470697--56470808	24	4.8	24	94	3	185	20	16	27	34	1.95
56470697--56470830	48	2.9	47	85	5	182	23	17	26	33	1.96
56470697--56470830	72	1.9	69	84	7	180	23	17	26	33	1.96
56481053--56481125	29	2.6	29	80	2	85	21	32	17	27	1.96
56483363--56483534	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56483387--56483570	67	2.8	64	79	7	201	29	16	29	23	1.96
56489975--56490077	27	3.5	27	68	21	80	27	11	26	34	1.91
56489957--56490081	63	2.0	63	98	0	241	26	11	28	34	1.90
56490621--56490737	38	3.1	38	91	1	171	17	22	26	33	1.96
56494949--56495017	30	2.3	30	100	0	138	20	36	24	18	1.95
56497943--56498060	42	2.8	42	84	0	146	31	26	15	27	1.96
56497852--56498024	90	1.9	89	83	4	222	28	25	16	28	1.97
56497857--56498067	42	4.9	42	72	7	145	29	24	16	29	1.96
56498085--56498201	48	2.4	48	84	2	146	24	27	18	29	1.98
56502152--56502373	49	4.6	49	91	3	335	29	30	7	32	1.85
56507784--56507829	23	2.0	23	83	8	58	60	10	0	28	1.30
56510873--56511096	40	5.7	40	88	6	282	25	25	21	27	1.99
56510901--56511096	78	2.5	80	88	9	294	25	25	21	28	1.99
56519025--56519249	40	5.7	40	89	5	282	25	25	21	27	1.99
56524785--56524832	21	2.5	18	81	18	53	16	27	0	56	1.41
56527436--56527493	23	2.5	23	94	0	98	41	20	18	18	1.91
56527487--56527541	27	2.0	27	83	13	69	36	23	21	18	1.95
56529029--56529110	27	3.0	27	80	0	101	29	17	12	41	1.85
56533441--56533616	46	3.8	46	78	12	198	21	20	28	29	1.98
56533438--56533609	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
56542148--56542380	49	4.7	49	80	6	288	30	27	18	24	1.98
56542148--56542380	102	2.3	98	84	5	306	30	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56547980--56548116	27	5.1	27	88	0	193	45	18	11	24	1.83
56553837--56554050	40	5.3	40	90	3	308	27	24	18	30	1.98
56561421--56561692	6	44.8	6	74	15	231	48	14	16	20	1.80
56561421--56561692	85	3.2	85	95	0	490	48	14	16	20	1.80
56561810--56561883	27	2.8	26	83	6	85	36	20	24	18	1.95
56561835--56561891	27	2.1	27	83	6	71	36	26	21	15	1.93
56562031--56562089	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
56562177--56562259	27	3.1	26	86	5	103	38	21	20	19	1.93
56562458--56562653	27	7.3	27	86	0	257	25	19	19	35	1.96
56562658--56563012	27	13.1	27	87	3	464	40	10	22	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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