genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  62  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16528109--16528153	20	2.2	20	100	0	90	51	4	0	44	1.21
16528171--16528217	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
16532319--16532348	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
16532416--16532445	14	2.1	14	100	0	60	13	0	40	46	1.43
16532474--16532507	13	2.6	13	95	0	59	26	0	38	35	1.57
16532827--16532927	52	1.9	52	100	0	202	38	7	25	27	1.84
16534065--16534305	41	5.9	41	85	3	265	20	21	22	35	1.96
16542777--16542810	9	3.4	10	88	12	52	5	20	0	73	1.04
16543011--16543061	25	2.1	24	85	7	68	74	3	1	19	1.07
16543112--16543180	11	6.5	11	72	21	67	57	0	0	42	0.98
16543075--16543171	43	2.2	44	83	9	117	53	1	2	43	1.19
16543111--16543201	22	4.1	22	80	12	89	58	1	0	40	1.05
16543117--16543179	30	2.1	29	85	11	83	55	0	0	44	0.99
16543075--16543201	43	2.9	43	81	9	116	54	1	1	42	1.19
16543273--16543327	21	2.5	21	91	8	83	58	0	0	41	0.98
16543280--16543337	12	4.8	12	80	16	59	60	0	0	39	0.97
16543273--16543347	9	8.1	9	72	19	57	57	0	0	42	0.98
16543283--16543359	34	2.2	33	86	13	102	59	0	0	40	0.97
16543274--16543391	20	5.8	20	76	15	93	58	1	0	39	1.08
16543359--16543384	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
16543318--16543402	44	2.0	42	81	11	100	58	4	0	36	1.19
16543426--16543478	20	2.7	19	77	5	61	81	0	5	13	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16543426--16543477	16	3.3	15	77	15	52	80	0	5	13	0.88
16543451--16543477	8	3.4	8	100	0	54	88	0	0	11	0.50
16544060--16544101	22	2.0	22	90	4	68	38	4	2	54	1.34
16545134--16545160	14	1.9	14	100	0	54	59	18	7	14	1.58
16546562--16546602	22	1.9	21	90	5	64	31	2	0	65	1.05
16554396--16554451	29	1.9	29	100	0	112	50	10	25	14	1.75
16554400--16554462	29	2.2	29	85	5	83	49	15	20	14	1.80
16560841--16560881	22	1.9	21	90	5	64	31	2	0	65	1.05
16575766--16575803	16	2.4	16	95	0	67	47	5	15	31	1.68
16582761--16582923	43	3.8	44	74	10	124	24	17	24	33	1.97
16585087--16585399	49	6.6	49	75	10	231	24	28	19	28	1.98
16585136--16585402	93	2.8	93	77	11	271	23	29	19	27	1.98
16585133--16585402	48	5.8	46	73	16	200	23	29	19	27	1.98
16591576--16591937	49	7.6	49	76	9	295	23	27	19	28	1.98
16591576--16591937	98	3.8	95	77	10	325	23	27	19	28	1.98
16591767--16591940	48	3.7	45	75	13	156	22	30	20	27	1.98
16591575--16591940	142	2.6	145	78	6	379	23	28	19	28	1.98
16594010--16594234	40	5.7	40	90	5	341	24	22	27	26	2.00
16602108--16602292	40	4.7	40	88	6	261	24	22	27	26	2.00
16613033--16613094	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
16614264--16614328	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
16617923--16618070	40	3.7	40	90	0	206	26	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16623840--16624055	40	5.5	40	91	3	325	23	23	28	25	2.00
16629674--16629714	21	2.0	21	95	4	75	24	19	31	24	1.98
16632087--16632304	40	5.5	40	92	2	343	23	23	28	24	2.00
16637448--16637620	40	4.3	40	83	3	215	25	27	21	25	2.00
16637448--16637620	81	2.2	80	85	4	224	25	27	21	25	2.00
16640973--16641017	19	2.4	19	100	0	90	22	31	31	15	1.95
16642051--16642191	49	2.9	49	79	3	151	22	27	21	28	1.99
16642397--16642446	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
16642417--16642475	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
16645866--16645917	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
16647850--16647963	55	2.1	55	80	3	122	20	23	28	27	1.99
16651488--16651586	28	3.5	28	88	4	128	27	14	27	31	1.95
16659908--16660006	28	3.5	28	88	4	128	27	14	27	31	1.95
16664302--16664341	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
16670320--16670492	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
16670317--16670487	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
16684732--16684883	39	3.9	39	90	2	234	24	20	31	23	1.98
16684733--16684914	39	4.6	39	87	2	231	24	21	30	23	1.99
16687573--16687607	14	2.4	14	90	4	52	91	2	5	0	0.50
16703372--16703400	14	2.1	14	100	0	58	34	24	13	27	1.93
16711442--16711723	48	5.9	48	78	6	284	24	30	19	25	1.98
16711442--16711721	96	2.9	94	83	5	321	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16711442--16711714	144	1.9	144	85	4	381	24	30	19	25	1.98
16713610--16713797	40	4.7	40	85	3	236	26	29	21	22	1.99
16713594--16713801	80	2.6	80	84	3	283	27	28	21	22	1.99
16723670--16723729	29	2.1	29	93	0	102	35	21	15	28	1.93
16730907--16731078	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
16730899--16731074	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
16733455--16733543	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
16733455--16733534	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
16733466--16733543	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
16736493--16736664	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
16736485--16736660	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
16754113--16754141	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
16755509--16755680	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
16755502--16755677	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
16763077--16763170	46	2.1	45	88	4	136	31	28	18	21	1.96
16767102--16767140	6	6.5	6	90	0	60	82	2	2	12	0.89
16770594--16770657	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
16770850--16771039	24	8.0	24	88	4	251	25	22	23	28	1.99
16771098--16771174	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
16771094--16771176	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
16771094--16771165	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
16771213--16771260	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16772500--16773083	27	21.6	27	84	5	671	41	9	21	27	1.84
16772501--16773083	81	7.2	81	85	5	748	40	9	21	27	1.84
16776831--16776859	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
16778680--16778814	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
16778626--16778815	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
16781683--16781806	46	2.6	47	82	7	133	27	21	14	36	1.93
16788717--16788800	44	2.0	44	86	6	120	28	16	26	28	1.97
16791476--16791598	49	2.5	49	86	1	158	23	28	19	28	1.98
16791566--16791692	46	2.8	45	84	8	159	22	30	19	26	1.98
16797231--16797314	35	2.4	36	83	15	113	25	15	16	42	1.87
16799785--16799909	39	3.2	39	88	2	189	29	26	22	21	1.99
16808307--16808376	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
16816219--16816288	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
16819021--16819076	29	1.9	29	85	7	78	39	26	17	16	1.91
16821184--16821208	13	1.9	13	100	0	50	48	28	0	24	1.52
16821739--16821865	47	2.7	47	87	0	173	33	28	15	22	1.95
16825279--16825454	46	3.8	46	79	12	198	19	21	29	29	1.98
16825276--16825447	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	28	1.98
16830470--16830636	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
16830486--16830636	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
16831822--16831937	58	2.0	58	83	9	148	26	17	17	38	1.91
16836026--16836201	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16836023--16836194	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
16843868--16843924	30	1.9	30	88	0	87	43	7	22	26	1.78
16844357--16844528	46	3.7	45	75	13	179	21	18	29	30	1.97
16844350--16844521	93	1.8	93	92	0	290	22	19	29	29	1.98
16849125--16849195	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
16849172--16849302	27	4.9	27	80	5	140	40	20	6	32	1.79
16849179--16849302	54	2.3	54	90	0	185	41	20	6	31	1.78
16849285--16849346	27	2.3	27	88	5	90	38	16	16	29	1.90
16849179--16849329	54	2.8	54	83	4	144	40	20	8	30	1.82
16849179--16849331	81	1.9	81	83	5	202	39	20	8	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325