genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25703768--25703918	43	3.5	42	89	3	221	25	19	20	34	1.96
25703760--25703918	42	3.7	42	88	5	221	24	18	21	35	1.96
25707551--25707722	45	3.9	45	85	5	210	25	27	21	25	1.99
25708529--25708626	47	2.1	47	94	0	169	45	14	12	27	1.80
25715089--25715196	42	2.5	42	79	7	112	23	26	20	29	1.99
25715173--25715301	45	2.9	45	89	3	172	28	27	20	23	1.99
25716105--25716202	47	2.1	47	96	0	178	44	14	13	27	1.82
25723517--25723720	40	5.1	39	83	5	221	24	21	28	25	1.99
25723517--25723720	80	2.5	79	85	4	257	24	21	28	25	1.99
25731611--25731810	40	5.0	39	83	6	213	25	21	28	26	1.99
25731611--25731810	80	2.5	79	84	4	249	25	21	28	26	1.99
25735591--25735644	23	2.3	23	100	0	108	40	18	16	24	1.90
25736581--25736614	13	2.5	13	95	4	59	52	17	0	29	1.45
25744354--25744622	49	5.6	47	72	9	181	27	19	28	24	1.99
25749339--25749391	18	2.9	18	88	0	79	37	7	22	32	1.82
25752018--25752266	49	5.2	47	74	12	143	27	18	28	25	1.98
25753916--25753949	16	2.1	16	100	0	68	44	0	20	35	1.52
25755013--25755055	5	7.8	5	80	19	50	2	23	0	74	0.93
25754999--25755055	12	4.9	12	77	10	57	1	28	0	70	0.98
25755013--25755055	17	2.5	17	92	7	70	2	23	0	74	0.93
25758446--25758604	43	3.7	42	74	7	117	22	18	25	33	1.96
25770824--25771007	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770864--25771052	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25778939--25779122	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
25778979--25779167	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
25781388--25781478	40	2.3	40	84	0	119	31	24	23	20	1.98
25796260--25796359	29	3.5	28	83	2	119	24	30	16	30	1.96
25797516--25797572	19	3.2	17	79	15	62	5	15	1	77	1.03
25797516--25797570	18	3.0	18	80	19	69	5	16	1	76	1.06
25810718--25810885	40	4.2	40	76	7	153	25	24	25	25	2.00
25816050--25816093	21	2.1	21	100	0	88	29	13	9	47	1.74
25823156--25823270	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
25823156--25823270	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
25824884--25824992	26	4.2	26	95	2	184	36	24	5	33	1.79
25824884--25824992	51	2.1	52	93	1	184	36	24	5	33	1.79
25827665--25827872	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
25827665--25827870	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
25835647--25835854	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
25835647--25835852	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
25840121--25840235	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
25840121--25840235	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
25841845--25841928	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
25842486--25842523	17	2.2	17	100	0	76	21	5	10	63	1.46
25844228--25844252	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25847142--25847283	48	3.0	48	84	2	178	33	28	16	20	1.95
25848416--25848459	21	2.1	21	100	0	88	56	0	0	43	0.99
25861770--25861805	17	2.1	17	94	0	63	41	19	13	25	1.88
25862593--25862626	8	4.4	8	85	7	52	11	0	0	88	0.52
25862599--25862623	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
25866746--25866787	18	2.3	19	80	12	52	9	16	2	71	1.23
25869541--25869614	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
25869482--25869614	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
25877421--25877494	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
25877362--25877494	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
25886591--25886718	28	4.6	27	75	13	109	25	32	17	24	1.96
25886654--25886720	29	2.4	28	90	7	109	26	28	14	29	1.96
25894329--25894460	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
25898442--25898819	48	8.0	48	73	8	263	24	26	20	28	1.99
25898543--25898817	96	2.9	96	83	2	338	25	26	20	28	1.99
25898441--25898768	142	2.3	141	76	9	317	25	26	20	28	1.99
25910403--25910474	29	2.5	29	95	0	126	26	27	23	22	1.99
25919885--25919918	17	2.0	17	100	0	68	29	23	5	41	1.78
25922366--25922406	21	2.0	20	85	4	55	41	0	0	58	0.98
25924664--25924703	19	2.0	20	95	4	73	50	10	5	35	1.58
25928596--25928665	35	2.0	35	97	0	131	44	24	5	25	1.76
25929750--25929897	55	2.7	55	84	9	185	45	6	17	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25932468--25932492	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
25932873--25932993	11	10.4	11	69	21	54	40	2	4	52	1.34
25932852--25933009	67	2.2	72	79	15	184	41	1	5	51	1.37
25933099--25933131	14	2.4	14	90	10	50	60	9	12	18	1.57
25936305--25936412	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25940971--25941078	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
25942993--25943051	29	2.0	29	100	0	118	27	13	35	23	1.92
25944332--25944556	43	5.2	43	88	2	326	26	28	19	25	1.99
25944825--25944871	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
25949511--25949547	15	2.5	15	86	4	58	43	32	5	18	1.73
25949808--25949985	41	4.4	41	90	2	279	17	21	25	35	1.95
25949808--25950017	82	2.5	82	86	7	266	17	21	24	36	1.94
25952377--25952484	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25963744--25963866	45	2.7	45	83	1	129	30	19	11	39	1.87
25966184--25966279	43	2.3	43	80	14	110	31	25	20	22	1.98
25973846--25973995	43	3.5	42	71	15	112	32	22	18	26	1.97
25977998--25978067	24	3.0	24	77	8	72	22	12	18	45	1.83
25980827--25980997	48	3.7	48	82	9	144	28	18	29	23	1.98
25980772--25981139	46	7.8	47	70	17	158	27	18	30	23	1.98
25984683--25984747	21	3.3	19	71	18	53	41	23	24	10	1.86
25984666--25984765	39	2.6	39	90	0	155	38	25	25	12	1.90
25988120--25988217	42	2.3	42	84	5	126	33	23	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25988100--25988271	43	4.0	44	74	13	144	34	26	15	23	1.94
25988108--25988269	86	1.9	85	80	11	188	35	25	14	24	1.94
26004623--26004651	15	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
26007041--26007073	13	2.3	15	80	20	52	33	36	18	12	1.88
26007046--26007078	13	2.5	13	100	0	66	30	33	27	9	1.88
26018146--26018174	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
26028982--26029041	30	2.0	30	100	0	120	36	16	23	23	1.94
26034011--26034053	16	2.7	16	81	0	50	51	16	20	11	1.75
26034269--26034354	29	3.0	28	85	8	120	27	13	29	29	1.95
26037510--26037558	24	2.0	24	96	0	89	36	36	2	24	1.67
26039825--26039966	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
26039864--26039992	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
26046447--26046613	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
26054777--26054850	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
26054718--26054850	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
26060635--26060691	30	1.9	30	92	0	96	31	8	28	31	1.87
26061816--26062305	27	18.1	27	86	5	659	26	23	10	40	1.86
26064050--26064179	40	3.2	40	79	8	149	24	24	26	23	2.00
26065480--26065842	27	13.4	27	80	6	414	27	21	9	40	1.85
26065480--26065837	54	6.6	54	88	4	517	27	22	9	40	1.85
26065847--26066069	27	8.3	27	87	0	284	35	18	20	25	1.95
26066268--26066347	27	3.0	26	88	3	97	20	22	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26066661--26066729	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
26066852--26066996	6	23.8	6	73	18	122	20	17	13	48	1.81
26066858--26066937	19	4.7	18	76	20	82	20	20	13	46	1.84
26066852--26066918	31	2.2	30	91	2	107	19	17	14	47	1.82
26066855--26066996	49	2.9	49	84	9	175	20	17	14	47	1.82
26067761--26067880	45	2.7	44	86	7	161	25	17	30	26	1.97
26067949--26068079	47	2.7	47	82	5	156	26	19	28	25	1.98
26068157--26068191	15	2.4	15	95	4	63	57	5	20	17	1.60
26076465--26076509	20	2.2	20	88	0	63	31	8	4	55	1.51
26091228--26091342	45	2.6	45	80	2	142	33	28	14	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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