genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68793741--68793886	44	3.4	43	78	12	124	31	26	17	24	1.97
68799602--68799731	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
68810876--68810939	31	2.1	31	96	0	119	43	12	0	43	1.42
68818595--68818625	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
68819566--68819597	5	6.2	5	92	7	55	0	21	0	78	0.76
68819566--68819621	15	3.6	16	80	7	62	3	26	0	69	1.04
68823268--68823329	25	2.4	27	78	10	67	37	1	6	54	1.36
68823316--68823347	9	3.6	9	91	0	55	43	0	0	56	0.99
68825426--68825493	27	2.5	27	90	2	100	32	27	14	25	1.95
68836055--68836229	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
68843609--68843784	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
68843606--68843777	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
68847088--68847136	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
68848866--68848938	36	2.0	36	84	5	94	50	8	10	30	1.66
68853610--68853796	49	3.8	49	84	1	239	30	26	16	26	1.97
68853623--68853804	99	1.8	99	91	0	301	30	26	16	26	1.97
68856957--68857060	42	2.4	44	79	9	117	29	18	20	31	1.96
68857254--68857313	29	2.1	29	100	0	120	45	0	20	35	1.51
68861310--68861356	25	1.9	25	86	4	69	40	8	29	21	1.83
68866255--68866315	25	2.6	23	73	23	63	37	14	0	47	1.45
68867522--68867583	19	3.2	19	78	13	72	64	0	4	30	1.14
68867520--68867553	9	3.7	9	84	7	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68867517--68867604	10	9.3	9	72	13	70	62	1	3	32	1.19
68870734--68870771	4	9.8	4	94	5	69	23	0	0	76	0.79
68876776--68876921	71	2.1	71	100	0	292	52	0	9	37	1.34
68878218--68878277	5	12.4	5	74	13	54	53	1	1	43	1.20
68878231--68878294	32	2.0	33	96	3	121	48	3	3	45	1.34
68879312--68879371	28	2.1	29	87	9	88	36	1	0	61	1.06
68879503--68879567	19	3.6	18	74	17	62	50	1	4	43	1.32
68879510--68879568	17	3.4	16	78	15	64	52	1	5	40	1.33
68880251--68880396	61	2.4	61	78	8	154	39	13	6	40	1.71
68883232--68883598	189	1.9	188	90	1	583	25	23	14	36	1.93
68899084--68899111	11	2.5	11	100	0	56	32	0	10	57	1.33
68905064--68905147	41	2.0	41	100	0	168	27	14	29	28	1.95
68908215--68908303	29	3.1	29	93	0	151	31	13	29	25	1.94
68908215--68908338	29	4.3	29	87	0	149	33	16	27	23	1.95
68919037--68919203	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
68919037--68919203	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
68920027--68920072	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
68924133--68924217	29	2.9	30	86	6	104	36	15	25	22	1.93
68924132--68924237	29	3.7	29	76	9	99	31	16	30	21	1.96
68931680--68931750	22	3.4	23	72	23	84	45	15	2	36	1.61
68931680--68931761	40	2.0	40	100	0	164	43	17	2	36	1.62
68931702--68931761	18	3.2	18	72	22	52	45	18	1	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68932289--68932508	41	5.3	41	89	4	300	36	24	19	20	1.95
68932289--68932508	84	2.7	83	87	4	302	36	24	19	20	1.95
68936823--68937116	50	5.8	50	82	2	329	25	16	25	32	1.96
68936874--68937104	101	2.3	99	84	1	291	24	17	26	31	1.97
68936828--68937125	151	2.0	149	85	4	402	24	16	26	32	1.96
68948786--68948991	40	5.2	40	92	1	317	24	22	26	26	2.00
68954133--68954210	37	2.1	37	97	0	147	20	33	19	26	1.96
68954313--68954435	49	2.5	49	88	5	194	29	33	10	26	1.90
68959011--68959071	27	2.3	27	83	8	72	32	14	19	32	1.92
68959820--68960077	129	2.0	129	97	0	489	39	19	25	14	1.90
68968252--68968354	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
68976051--68976153	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
68989709--68989757	19	2.6	19	86	0	62	81	12	2	4	0.91
68989722--68989758	19	1.9	19	94	0	65	78	10	2	8	1.06
68991181--68991208	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
68999158--68999538	48	7.9	48	76	6	304	24	27	19	28	1.99
68999158--68999487	98	3.4	96	81	4	342	24	28	19	27	1.99
68999156--68999528	146	2.6	146	83	9	426	24	27	19	28	1.99
69004825--69005061	48	4.9	48	76	4	233	26	27	18	27	1.99
69004819--69005061	98	2.5	98	79	1	256	27	26	18	27	1.98
69020738--69020771	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
69024802--69025056	55	4.8	53	73	11	195	36	16	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69024802--69025009	55	3.8	53	76	9	197	34	16	25	24	1.95
69024810--69025009	108	1.8	110	86	4	289	34	16	25	24	1.96
69025248--69025278	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
69032461--69032767	55	5.8	53	77	11	233	34	17	24	23	1.96
69032959--69032989	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
69034234--69034320	22	3.9	22	75	15	88	24	20	19	35	1.96
69034233--69034332	22	4.5	20	72	19	51	26	20	21	33	1.97
69042961--69043175	49	4.4	49	96	0	376	28	9	33	29	1.88
69043277--69043361	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
69045416--69045579	29	5.7	29	94	0	283	25	15	33	25	1.95
69046059--69046157	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
69048878--69049043	49	3.4	49	94	0	287	29	9	31	28	1.89
69049141--69049224	37	2.3	37	93	2	143	25	19	34	21	1.96
69051275--69051462	29	6.7	29	92	6	314	26	15	31	25	1.96
69051278--69051442	82	2.0	83	96	2	305	27	16	29	26	1.97
69054717--69054882	49	3.4	49	94	0	278	28	9	33	28	1.89
69054984--69055068	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
69057123--69057312	29	6.7	29	95	3	332	26	15	32	25	1.95
69057795--69057893	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
69060614--69060785	49	3.5	49	93	0	272	28	9	32	29	1.88
69060881--69060964	36	2.3	36	93	2	141	25	19	34	21	1.96
69063476--69063627	37	4.1	37	93	0	250	26	31	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69063790--69064159	47	7.5	47	73	14	307	26	29	11	32	1.92
69063897--69063977	25	3.4	25	66	22	73	29	28	9	32	1.89
69063942--69063987	25	1.9	25	86	8	69	32	26	4	36	1.76
69063918--69064039	64	1.9	64	93	0	208	27	30	9	31	1.89
69063871--69064086	111	1.9	111	92	0	360	27	29	10	32	1.90
69063972--69064168	94	2.1	94	95	0	358	28	29	10	31	1.90
69063819--69064133	158	2.0	158	94	0	549	26	30	10	32	1.90
69063790--69064181	205	1.9	205	89	0	613	27	30	10	31	1.91
69063972--69064180	47	4.4	47	84	0	274	28	30	9	31	1.89
69076753--69076778	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
69077483--69077749	47	5.7	44	75	12	173	26	21	29	21	1.98
69080498--69080537	20	2.0	20	95	0	71	17	15	25	42	1.88
69081300--69081355	16	3.5	15	74	16	51	8	3	7	80	1.01
69086813--69086838	6	4.3	6	100	0	52	50	34	15	0	1.45
69088301--69088330	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
69090153--69090208	27	1.9	31	86	13	84	35	1	0	62	1.06
69091013--69091430	210	2.0	209	89	1	640	27	9	30	32	1.89
69091896--69092453	208	2.6	208	86	5	744	30	9	27	31	1.89
69092981--69093382	209	1.9	209	90	1	635	28	8	29	34	1.86
69093856--69094275	211	2.0	209	85	2	574	28	9	29	32	1.89
69092111--69095772	877	4.2	876	85	4	4515	36	10	26	26	1.89
69094733--69095171	211	2.1	210	89	1	673	28	8	30	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69096272--69096650	210	1.8	210	90	1	607	26	9	29	34	1.88
69095589--69097752	877	2.5	871	86	2	2944	36	10	27	26	1.89
69097130--69097544	210	2.0	210	90	0	659	28	8	30	32	1.87
69098919--69099000	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
69098985--69099026	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
69100866--69100998	60	2.3	58	82	5	151	24	31	15	27	1.96
69100916--69100998	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
69102624--69102653	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
69108545--69108650	48	2.2	49	96	3	198	27	9	33	30	1.88
69108752--69108833	35	2.3	36	93	2	139	24	18	35	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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