genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59337590--59337659	21	3.2	21	64	18	52	30	14	15	40	1.87
59339283--59339367	33	2.6	33	78	12	88	30	2	2	64	1.18
59339308--59339361	17	3.2	16	81	5	63	35	0	1	62	1.06
59341238--59341265	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59343640--59343813	43	4.1	43	90	2	264	29	32	24	13	1.93
59343785--59343868	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
59344034--59344139	53	2.0	53	100	0	212	39	18	7	33	1.79
59355150--59355279	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
59355166--59355317	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
59355166--59355317	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
59367708--59367808	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
59371964--59372064	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
59379918--59380018	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
59383257--59383357	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
59385014--59385274	47	5.6	45	73	12	179	26	18	29	25	1.98
59387505--59387725	40	5.6	40	84	4	288	26	28	21	23	1.99
59395867--59396091	40	5.6	40	83	5	283	27	28	21	23	1.99
59395867--59396091	83	2.8	80	84	5	292	27	28	21	23	1.99
59400345--59400475	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
59400345--59400475	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
59410792--59411002	47	4.6	47	74	12	152	27	19	29	23	1.98
59415570--59415686	41	2.9	41	71	10	112	20	17	28	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59421441--59421530	33	2.9	31	75	19	80	71	2	21	5	1.18
59427974--59428149	46	3.8	46	74	12	162	31	27	19	21	1.97
59427981--59428152	93	1.8	93	88	0	263	30	27	19	22	1.98
59435541--59435712	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59435534--59435709	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
59440199--59440347	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
59440240--59440347	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
59448327--59448434	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
59450187--59450217	16	1.9	16	100	0	62	64	9	0	25	1.24
59455486--59455556	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
59455486--59455579	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
59456977--59457085	27	4.0	26	80	8	119	17	22	22	37	1.94
59470996--59471105	57	1.9	57	83	7	143	37	18	16	28	1.92
59472296--59472462	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
59474823--59475025	70	2.9	70	82	4	205	40	20	10	28	1.86
59474831--59475036	35	5.9	34	76	3	160	40	21	9	28	1.84
59477189--59477402	71	3.0	71	97	1	394	34	13	23	29	1.92
59477717--59477782	33	2.0	33	96	0	123	27	10	27	34	1.90
59482100--59482333	55	4.4	53	76	11	196	36	17	24	21	1.94
59482110--59482307	108	1.8	110	85	4	285	35	16	25	22	1.95
59482546--59482576	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
59487511--59487643	40	3.3	40	97	0	248	21	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59487721--59487849	29	4.5	28	79	8	127	22	17	29	31	1.96
59487689--59487856	57	2.9	57	89	0	246	23	18	28	29	1.98
59487693--59487849	28	5.6	27	77	8	143	22	19	28	29	1.98
59493400--59493531	40	3.3	40	95	2	239	21	22	28	27	1.99
59493608--59493736	29	4.5	28	79	8	127	22	17	29	31	1.96
59493576--59493743	57	2.9	57	89	0	246	23	18	28	29	1.98
59493580--59493736	28	5.6	27	77	8	143	22	19	28	29	1.98
59497849--59497918	27	2.5	28	88	2	106	30	15	24	30	1.96
59497873--59497930	27	2.1	27	81	6	64	32	15	20	31	1.94
59502332--59502472	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
59502349--59502500	27	5.7	27	88	0	189	41	20	7	30	1.79
59502343--59502500	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
59502349--59502572	81	2.8	80	77	6	227	39	20	8	30	1.83
59502349--59502572	54	4.2	54	78	6	213	39	20	8	30	1.83
59502484--59502558	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
59502550--59502921	27	13.8	27	84	2	460	28	23	8	40	1.83
59502848--59502933	27	3.2	27	83	0	73	33	23	5	37	1.79
59504108--59504155	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59504199--59504257	20	3.0	20	92	0	91	35	11	23	28	1.91
59504308--59504412	24	4.4	24	91	3	167	29	20	22	26	1.99
59504308--59504412	47	2.2	48	91	3	167	29	20	22	26	1.99
59504618--59504681	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59509791--59509938	40	3.7	40	90	5	212	22	26	29	21	1.99
59509747--59509970	40	5.6	39	81	6	175	25	24	27	22	2.00
59509748--59509979	80	2.9	77	77	9	209	24	24	28	22	2.00
59509831--59510010	80	2.2	80	81	1	191	21	26	29	22	1.99
59514368--59514430	12	5.2	12	80	0	63	14	22	33	30	1.93
59517013--59517082	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
59517013--59517094	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
59524950--59525016	24	2.6	27	86	9	86	26	14	26	31	1.95
59527140--59527326	41	4.7	41	83	5	224	33	26	16	24	1.95
59529563--59529746	40	4.6	40	79	5	167	27	26	21	25	1.99
59532438--59532579	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
59532477--59532605	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
59540831--59541015	40	4.6	40	85	5	205	27	27	21	24	1.99
59543742--59543966	49	4.5	49	88	2	306	28	28	18	24	1.98
59543734--59543966	99	2.3	100	85	2	308	28	27	19	24	1.98
59548747--59548826	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
59551507--59551615	55	2.0	55	94	0	191	29	8	17	44	1.77
59554352--59554540	101	1.9	100	87	1	279	25	18	26	29	1.98
59554357--59554539	49	3.7	49	73	6	161	25	17	26	30	1.97
59554743--59554772	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
59556707--59556747	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
59559518--59559647	49	2.7	49	76	0	125	30	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59566269--59566453	41	4.6	41	81	4	207	27	27	20	24	1.99
59570298--59570391	28	3.4	28	90	0	134	35	11	24	28	1.91
59570503--59570631	44	3.0	43	80	10	129	27	18	27	26	1.98
59574397--59574423	12	2.2	12	100	0	54	7	25	40	25	1.82
59575436--59575585	41	3.7	41	85	2	196	30	26	16	26	1.97
59581317--59581480	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59581317--59581514	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
59588887--59589050	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
59588887--59589084	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
59595268--59595473	53	3.8	54	77	3	209	39	17	22	19	1.92
59598506--59598589	32	2.6	32	82	0	96	32	23	17	26	1.97
59599026--59599114	27	3.3	27	84	6	83	26	12	19	41	1.87
59604686--59604758	29	2.5	29	82	4	85	30	32	16	20	1.95
59604715--59604788	29	2.6	29	82	0	85	32	32	14	20	1.93
59618937--59619121	80	2.3	80	82	9	220	26	22	25	24	2.00
59618974--59619140	80	2.1	79	80	8	178	25	23	26	24	2.00
59618973--59619127	40	3.9	39	80	6	152	25	23	26	24	2.00
59627122--59627205	40	2.1	40	86	0	114	23	26	28	21	1.99
59634392--59634434	19	2.3	19	88	8	61	30	23	6	39	1.81
59639027--59639213	80	2.3	80	82	8	220	26	22	26	25	2.00
59639063--59639217	40	3.9	40	81	3	186	25	23	26	25	2.00
59647131--59647317	80	2.3	80	82	8	220	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59647167--59647321	40	3.9	40	81	3	186	25	23	26	25	2.00
59649098--59649131	14	2.5	14	90	4	52	85	14	0	0	0.60
59650261--59650385	61	2.0	60	89	7	187	32	17	12	36	1.88
59650536--59651018	205	2.4	205	91	0	777	30	18	20	29	1.97
59651030--59652987	44	44.5	44	74	8	1508	30	18	24	26	1.98
59651446--59652976	132	11.6	132	95	0	2645	30	18	24	26	1.98
59651446--59652976	527	2.9	526	93	1	2627	30	18	24	26	1.98
59651446--59652976	395	3.9	396	94	0	2647	30	18	24	26	1.98
59653258--59653287	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
59653370--59653405	13	2.8	13	86	0	54	38	50	0	11	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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