Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  22  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5213887--5213932
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0
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70
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5238682--5238780
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2.9
34
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11
105
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5
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1.30
5239673--5239720
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2.2
22
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0
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0
0
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1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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171
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2.3
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5264712--5264902
64
2.9
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235
38
13
18
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5265975--5266043
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10.8
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5
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1.01
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3.2
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11
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13
7
1
78
1.02
5265975--5266043
32
2.2
32
86
5
95
14
5
1
78
1.01
5265974--5266043
26
2.7
26
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1
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0
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27
25
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24
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12
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1
0
42
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.2
26
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0
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0
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0
0
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2.0
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2
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176
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27
23
17
31
1.97
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2.0
45
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10
119
26
27
14
31
1.95
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177
2.2
178
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25
16
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1.97
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0
0
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20
89
51
3
2
43
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5304191--5304224
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2.0
17
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0
0
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0
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0.90
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0
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1.68
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13
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6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
5328785--5329066
25
11.3
24
68
15
133
33
5
3
57
1.40
5330395--5330452
23
2.6
23
86
10
77
32
8
0
58
1.28
5330442--5330494
25
2.2
23
83
12
63
26
11
3
58
1.49
5333887--5333932
14
3.2
15
78
9
51
54
10
0
34
1.36
5336079--5336104
13
2.0
13
100
0
52
7
15
15
61
1.55
5337550--5337590
7
5.4
7
83
16
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31
0
2
65
1.05
5337544--5337590
16
3.1
15
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11
60
31
2
2
63
1.18
5347509--5347557
21
2.4
21
80
12
57
65
0
2
32
1.04
5350921--5350958
8
4.8
8
96
0
67
55
0
44
0
0.99
5351011--5351073
14
4.4
14
75
13
58
68
0
31
0
0.90
5351016--5351073
19
3.4
17
76
17
50
65
0
34
0
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5351510--5351568
30
1.9
31
93
3
102
67
1
5
25
1.20
5351520--5351776
136
1.9
133
82
7
322
56
7
8
28
1.55
5351656--5352566
145
6.1
145
78
11
963
56
6
7
29
1.52
5351789--5351841
13
3.8
13
72
13
52
69
0
3
26
1.05
5351789--5351847
15
4.1
14
72
12
50
69
1
5
23
1.18
5351788--5351858
29
2.4
29
75
11
72
69
1
4
25
1.15
5352340--5352381
22
2.0
22
90
4
68
59
7
0
33
1.25
5351656--5352564
304
3.1
296
85
8
1133
56
6
7
29
1.52
5352219--5352566
147
2.4
142
78
9
400
54
6
6
31
1.52
5352537--5352566
12
2.5
12
94
0
51
73
3
0
23
0.98
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72
2.0
72
91
0
228
19
26
19
33
1.96
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33
2.2
33
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4
87
20
45
17
16
1.85
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15
3.8
16
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17
56
1
32
0
66
1.02
5361050--5361121
35
2.2
30
85
11
90
2
8
11
77
1.08
5361081--5361140
18
3.4
18
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17
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3
5
16
75
1.12
5361049--5361137
34
2.6
35
94
5
157
3
6
14
75
1.14
5361965--5362026
30
2.1
30
90
6
99
41
29
9
19
1.83
5362178--5362929
79
9.4
78
71
15
382
33
19
17
29
1.95
5362392--5362929
78
6.8
77
71
14
359
32
19
18
29
1.96
5361797--5362804
242
4.1
245
87
5
1228
35
18
17
28
1.94
5362178--5362631
77
5.7
78
75
12
408
34
17
18
29
1.94
5362532--5362719
92
2.1
90
83
6
227
34
18
20
26
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5362628--5362929
75
3.9
74
82
7
354
31
20
17
30
1.96
5362898--5363003
54
1.9
54
85
9
144
37
19
15
27
1.92
5362779--5363187
221
1.9
211
84
6
550
37
20
15
26
1.93
5362994--5363159
72
2.3
71
87
4
235
41
20
15
22
1.89
5363194--5363416
70
3.1
70
84
5
306
38
21
14
25
1.92
5362997--5363583
257
2.3
257
95
1
1050
36
22
14
26
1.93
5363159--5363416
70
3.7
69
82
7
294
36
22
14
26
1.92
5368556--5368591
12
3.0
12
95
0
63
41
5
25
27
1.77
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35
82
11
86
51
1
7
39
1.39
5370565--5370662
39
2.6
37
77
4
99
54
4
6
35
1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325