Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  285  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88099418--88099447
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0
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0
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29
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25
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5.2
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202
25
25
23
25
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2.6
80
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2.0
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5.7
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0
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0
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2
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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0
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1.94
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2.1
25
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26
2.4
26
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23
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31
1.94
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27
3.9
27
85
9
135
17
24
21
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
54
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21
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2.0
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1.61
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0
0
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1.00
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0
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7
12
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1.64
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19
3.2
18
70
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56
52
9
12
25
1.69
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0
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0
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1.18
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2.1
78
79
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172
25
22
26
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88213535--88213714
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26
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2.00
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0
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10
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10
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19
4.9
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10
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78
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25
24
18
32
1.97
88223550--88224304
156
4.9
156
91
2
1204
25
24
18
32
1.97
88224336--88224497
89
1.8
89
82
5
213
27
21
19
32
1.97
88239451--88239497
24
2.0
24
100
0
94
29
4
14
51
1.62
88241020--88241096
7
11.0
7
90
5
120
68
0
2
28
1.02
88249536--88249764
50
4.7
49
94
3
358
23
29
18
28
1.98
88249493--88249764
99
2.8
97
84
8
356
24
29
18
27
1.98
88256009--88256122
33
3.5
33
89
2
167
40
9
21
28
1.85
88256104--88256223
33
3.7
32
79
3
114
34
15
23
27
1.94
88256163--88256246
33
2.5
33
84
0
105
33
15
27
23
1.95
88267127--88267193
25
2.7
25
71
15
59
55
2
5
35
1.40
88271151--88271348
98
2.0
98
94
1
344
28
8
19
43
1.79
88272824--88272857
12
2.8
12
95
0
59
91
5
2
0
0.51
88273273--88273340
19
3.7
19
92
7
122
36
11
14
36
1.83
88273263--88273348
36
2.4
36
83
15
115
38
10
15
36
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88273335--88273378
22
2.0
21
86
4
61
34
6
15
43
1.74
88279003--88279044
19
2.3
19
91
4
68
85
0
11
2
0.68
88279003--88279058
9
6.4
9
79
8
62
83
0
14
1
0.72
88279034--88279076
14
3.1
14
83
9
52
74
0
18
6
1.04
88279925--88280403
44
10.9
44
76
6
400
31
17
24
26
1.97
88279925--88280317
175
2.2
175
89
1
590
31
17
24
26
1.97
88279930--88280403
132
3.6
132
89
2
652
31
17
24
26
1.97
88280365--88281093
206
3.5
206
92
0
1183
31
17
21
29
1.97
88281495--88281592
19
5.2
19
88
7
146
37
10
16
35
1.82
88281485--88281570
36
2.4
35
83
14
106
37
10
16
36
1.83
88281501--88281592
36
2.4
37
91
7
141
38
10
15
35
1.82
88283443--88283467
10
2.5
10
100
0
50
48
8
12
32
1.69
88283463--88283598
26
5.2
26
97
0
236
33
5
24
36
1.78
88287252--88287298
21
2.3
20
78
7
51
38
4
2
55
1.31
88291121--88291210
10
9.2
10
74
16
57
57
3
1
37
1.22
88292199--88292236
18
2.1
18
100
0
76
55
23
0
21
1.44
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6
4.7
6
100
0
56
0
14
0
85
0.59
88295907--88295960
17
3.4
17
70
15
60
55
5
14
24
1.61
88295896--88295958
31
2.0
31
100
0
126
61
3
12
22
1.45
88297598--88297666
28
2.5
26
73
15
68
56
2
2
37
1.29
88297597--88297666
29
2.5
28
75
13
74
55
2
2
38
1.29
88300462--88300503
22
1.9
22
85
0
57
73
0
11
14
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88301060--88301156
33
3.0
33
75
15
96
55
2
7
35
1.39
88301251--88301292
22
1.9
22
85
9
59
69
2
2
26
1.13
88306876--88306908
16
2.1
16
88
5
50
27
0
3
69
1.03
88308366--88308401
18
2.0
18
88
0
54
61
0
0
38
0.96
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3
13.3
3
100
0
80
32
0
0
67
0.91
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42
2.0
45
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117
48
12
5
33
1.65
88315127--88315187
21
2.8
20
75
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59
60
3
3
32
1.29
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5
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0
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0
0
20
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4.3
26
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5
140
37
23
22
16
1.94
88323573--88323687
54
2.1
54
90
3
178
37
23
22
16
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   323   324   325