genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9070072--9070174	54	1.9	54	95	0	188	33	16	18	31	1.93
9080335--9080446	27	4.1	27	82	10	131	37	22	24	16	1.93
9080335--9080446	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
9088182--9088293	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
9088182--9088293	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
9089525--9089567	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
9093547--9093623	29	2.7	28	76	7	84	22	15	20	41	1.90
9094644--9094727	39	2.2	39	97	0	159	36	11	13	38	1.81
9094963--9095061	37	2.7	35	74	17	96	48	1	3	47	1.24
9094963--9095059	19	5.4	19	68	22	59	48	1	3	47	1.24
9094995--9095077	42	2.0	42	83	4	105	49	1	2	46	1.22
9098729--9098792	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
9099005--9099080	23	3.1	26	85	12	115	28	19	18	32	1.96
9099138--9099194	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
9099134--9099196	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
9099233--9099280	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
9117737--9117787	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
9117735--9117777	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
9118271--9118457	86	2.2	86	98	0	356	25	17	21	35	1.95
9118271--9118399	45	3.0	44	64	18	108	27	16	20	34	1.94
9118278--9118418	43	3.3	43	66	15	121	26	17	19	35	1.95
9118307--9118440	41	3.2	41	66	15	110	26	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9118584--9119195	84	7.3	84	90	5	929	25	22	22	30	1.99
9118584--9119195	251	2.4	249	89	5	932	25	22	22	30	1.99
9120143--9120213	1	71.0	1	71	0	52	1	12	0	85	0.65
9120144--9120213	8	8.6	8	75	18	65	1	12	0	85	0.66
9120143--9120213	21	3.4	20	83	9	97	1	12	0	85	0.65
9125265--9125310	25	1.9	24	86	8	67	63	8	6	21	1.46
9125799--9125883	19	4.2	21	87	4	70	36	18	8	36	1.81
9125816--9125896	19	4.2	19	93	3	135	35	17	8	38	1.80
9129778--9129825	21	2.2	21	85	3	60	31	22	10	35	1.88
9131447--9131488	22	2.0	22	90	4	68	23	28	38	9	1.86
9140096--9140211	49	2.4	49	82	0	133	37	32	11	18	1.87
9143784--9143834	25	2.1	24	85	7	68	37	0	0	62	0.95
9145017--9145045	13	2.3	13	94	5	51	37	3	0	58	1.15
9145042--9145088	16	2.9	16	78	12	60	51	0	0	48	1.00
9145058--9145104	18	2.6	17	78	18	51	48	0	0	51	1.00
9145154--9145194	21	2.0	21	85	0	55	56	2	0	41	1.13
9149872--9149979	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9151606--9151746	27	5.2	26	82	6	165	18	23	22	35	1.96
9151606--9151746	54	2.6	53	89	2	210	18	23	22	35	1.96
9162501--9162551	26	2.1	24	85	10	68	78	9	1	9	1.04
9165382--9165442	19	3.3	19	90	6	99	36	8	18	37	1.80
9169235--9169383	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9169276--9169383	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
9177313--9177461	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
9177354--9177461	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
9186780--9186849	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
9186780--9186861	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
9187867--9187908	21	2.0	21	100	0	84	33	4	23	38	1.76
9193328--9193439	27	4.2	26	84	6	118	34	22	25	17	1.96
9193547--9193608	28	2.2	28	94	0	106	30	8	27	33	1.86
9193854--9193885	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
9200136--9200197	26	2.3	28	88	5	92	20	9	3	66	1.35
9200136--9200197	28	2.3	26	86	5	79	20	9	3	66	1.35
9201212--9201300	27	3.2	27	87	6	126	32	23	24	19	1.97
9201408--9201464	27	2.1	27	93	0	96	31	8	26	33	1.87
9224943--9224995	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
9225421--9225632	48	4.5	48	71	10	145	26	18	29	25	1.98
9229164--9229242	41	1.9	41	86	0	113	31	15	27	25	1.95
9231194--9231249	29	2.0	29	83	13	73	28	17	3	50	1.63
9231422--9231464	4	10.8	4	100	0	86	51	0	23	25	1.49
9235031--9235086	21	2.7	22	83	8	64	69	5	0	25	1.09
9235050--9235124	33	2.2	33	81	9	80	65	8	0	26	1.20
9235820--9235866	2	23.5	2	95	0	85	48	0	2	48	1.13
9235884--9235931	23	2.1	23	100	0	96	12	20	35	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9237294--9237342	24	2.0	24	96	0	89	55	0	4	40	1.19
9237809--9237848	7	5.7	7	91	8	64	77	0	0	22	0.77
9237808--9237854	7	6.7	7	85	4	51	80	0	0	19	0.70
9237809--9237849	15	2.9	14	89	7	64	78	0	0	21	0.76
9237807--9237860	14	3.9	13	75	20	56	77	1	0	20	0.86
9237965--9238009	9	5.0	9	84	7	56	84	0	2	13	0.72
9240992--9241016	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
9241182--9241224	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
9241245--9241439	85	2.4	79	87	6	264	26	18	24	30	1.98
9241277--9241437	43	3.9	43	87	5	235	27	19	26	26	1.99
9247399--9247565	43	3.9	43	84	0	201	32	25	14	27	1.94
9250003--9250044	18	2.4	19	80	15	54	35	19	4	40	1.72
9266013--9266038	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
9267696--9267747	17	2.9	18	86	13	72	48	26	0	25	1.52
9268643--9268751	43	2.6	42	77	2	103	28	30	14	26	1.95
9278124--9278274	43	3.5	42	78	11	162	31	22	14	31	1.94
9280132--9280274	76	1.9	75	89	2	225	34	18	3	44	1.67
9282274--9282303	14	2.1	14	93	0	51	43	16	0	40	1.48
9285474--9285514	19	2.2	19	100	0	82	24	14	4	56	1.58
9288174--9288232	22	2.8	20	76	16	57	45	5	1	47	1.34
9290215--9290282	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
9290278--9290350	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9290291--9290351	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
9291264--9291310	22	2.1	22	96	0	85	29	4	19	46	1.68
9291225--9291373	68	2.2	68	86	2	192	28	6	20	43	1.77
9291770--9291822	14	3.7	14	85	5	79	37	13	5	43	1.67
9291770--9291828	14	4.2	14	82	6	75	38	15	6	38	1.74
9291770--9291836	29	2.3	29	90	7	102	38	13	5	41	1.69
9293213--9293276	31	2.1	31	93	0	110	43	12	14	29	1.81
9293228--9293337	54	2.0	54	96	0	202	40	20	13	26	1.89
9293639--9293739	43	2.3	43	96	0	184	24	31	22	20	1.98
9294856--9295379	23	22.9	23	75	8	415	38	24	6	31	1.80
9294856--9295220	137	2.7	136	81	6	391	38	24	6	30	1.80
9295043--9295379	91	3.7	91	82	5	437	38	24	5	31	1.79
9294846--9295375	183	2.9	182	86	5	658	38	24	6	30	1.80
9294856--9295238	160	2.4	160	95	0	685	38	24	6	30	1.80
9294856--9295379	160	3.3	160	88	3	630	38	24	6	31	1.80
9298790--9298939	79	1.9	82	94	4	270	18	25	27	29	1.98
9298790--9298944	41	3.9	41	91	5	262	17	25	27	30	1.97
9307079--9307133	25	2.2	25	96	0	101	25	16	25	32	1.96
9310492--9310525	18	1.9	18	88	5	52	73	2	14	8	1.19
9317782--9317846	32	2.0	32	81	3	76	32	16	7	43	1.77
9319475--9319508	15	2.3	15	89	0	50	67	5	2	23	1.26
9320712--9320907	37	5.3	37	82	3	189	37	26	13	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9323716--9323753	16	2.4	16	90	0	58	2	15	0	81	0.80
9338661--9338720	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
9338910--9338967	19	3.2	19	68	22	61	36	1	10	51	1.46
9338913--9338979	35	1.9	35	93	0	116	34	1	13	50	1.51
9339300--9339546	49	5.0	50	79	4	266	25	18	26	29	1.98
9346169--9346391	48	4.7	49	74	14	171	30	17	29	23	1.97
9350211--9350246	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
9355446--9355525	39	2.1	39	100	0	160	40	10	22	27	1.86
9356663--9356715	20	2.8	18	78	16	54	7	11	1	79	1.01
9371026--9371055	7	4.3	7	100	0	60	40	0	16	43	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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