Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  40  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9877356--9877393
18
2.1
18
100
0
76
28
15
34
21
1.94
9877360--9877399
18
2.2
18
90
0
62
30
17
30
22
1.97
9884330--9884354
13
1.9
13
100
0
50
64
8
16
12
1.49
9885155--9885204
8
5.6
9
77
15
50
36
2
0
62
1.07
9885144--9885193
17
2.7
19
78
15
59
40
0
0
60
0.97
9892448--9892505
24
2.6
21
76
15
62
29
0
3
67
1.07
9892918--9892954
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
9898987--9899345
3
121.0
3
66
13
93
26
7
3
61
1.40
9900444--9900686
46
5.3
46
82
3
258
20
23
14
41
1.89
9900449--9900683
91
2.6
92
83
2
285
20
23
14
42
1.88
9900652--9900716
30
2.2
30
94
0
112
21
21
15
41
1.90
9900604--9900762
76
2.1
76
97
0
300
22
23
13
41
1.88
9900583--9900808
122
1.9
122
93
0
389
22
23
13
41
1.89
9900680--9900884
46
4.5
46
95
0
365
22
24
13
40
1.89
9903023--9903047
8
3.1
8
100
0
50
76
0
0
24
0.80
9908145--9908490
45
7.6
45
78
8
306
30
18
23
28
1.98
9908211--9908473
134
2.0
135
86
3
370
29
18
25
27
1.98
9908145--9908506
89
4.0
88
73
10
268
30
18
23
27
1.98
9908251--9908515
134
2.0
133
82
2
318
30
18
23
26
1.98
9908568--9908663
44
2.2
45
84
1
122
28
15
22
33
1.95
9909404--9909444
18
2.3
19
80
16
52
2
14
7
75
1.12
9914606--9914698
31
3.1
29
79
11
89
46
6
6
40
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9914630--9914698
29
2.3
31
85
5
88
46
5
5
42
1.52
9914706--9914740
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
9915627--9915679
18
2.9
18
83
5
63
49
7
1
41
1.42
9915627--9915674
19
2.5
19
83
6
62
50
8
2
39
1.44
9916103--9916131
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
9917535--9917778
96
2.4
99
81
10
262
39
1
18
40
1.58
9917809--9918109
126
2.4
126
88
1
462
34
18
19
26
1.95
9921134--9921516
116
3.3
116
95
0
676
47
9
3
39
1.53
9921199--9921494
54
5.1
58
66
20
188
47
10
3
39
1.54
9921901--9921942
18
2.3
18
91
0
66
45
9
28
16
1.79
9921997--9922062
30
2.2
30
86
0
87
6
18
45
30
1.73
9923735--9923784
20
2.4
22
86
10
77
40
0
30
30
1.57
9923735--9923786
11
4.9
11
83
9
72
42
0
28
28
1.56
9923735--9923798
31
2.1
31
85
5
85
42
0
26
31
1.56
9925147--9925176
15
2.0
15
93
0
51
66
3
0
30
1.07
9926161--9926195
17
2.1
17
89
10
54
65
0
0
34
0.93
9926708--9926732
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
9934440--9934494
8
7.0
8
78
14
53
41
1
3
52
1.29
9934440--9934494
22
2.3
25
77
20
64
41
1
3
52
1.29
9936501--9936561
24
2.5
25
89
2
88
27
18
6
47
1.73
9943361--9943522
33
4.9
33
84
1
209
33
22
10
33
1.88
9943352--9943522
65
2.6
66
85
1
245
32
22
11
33
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9943515--9943806
29
10.3
29
86
4
416
23
28
13
34
1.92
9943624--9943701
23
3.1
23
87
10
93
23
26
11
38
1.89
9943537--9943806
110
2.4
110
87
3
387
24
27
12
35
1.92
9943513--9943787
139
2.0
139
91
0
442
24
27
13
35
1.92
9951939--9952136
39
5.1
39
90
1
308
21
22
30
25
1.99
9955394--9955441
24
2.0
24
84
8
62
27
29
14
29
1.95
9955400--9955451
24
2.2
24
86
6
70
21
28
19
30
1.97
9955822--9955847
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
9958907--9958988
42
2.0
42
85
0
110
28
24
24
23
2.00
9968879--9968986
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
9971654--9971683
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
9973303--9973333
12
2.7
12
95
5
55
22
0
0
77
0.77
9973573--9973621
10
4.6
11
75
14
50
75
8
8
8
1.19
9973585--9973622
20
1.9
20
100
0
76
78
7
7
5
1.07
9978084--9978135
21
2.7
20
88
8
72
28
21
23
26
1.99
9979171--9979205
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
9988331--9988406
37
2.1
36
83
11
93
39
2
2
55
1.28
9988388--9988459
20
3.7
20
75
19
71
44
1
2
51
1.24
9988385--9988468
25
3.4
25
75
15
70
44
1
3
51
1.26
9991996--9992025
13
2.3
13
94
0
51
36
26
0
36
1.57
9992109--9992284
46
3.7
46
90
4
237
19
22
15
42
1.88
9992162--9992299
46
3.0
46
94
0
231
21
22
15
41
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9994378--9994411
17
2.0
17
94
0
59
0
26
0
73
0.83
9995568--9995610
20
2.1
20
82
4
50
62
27
0
9
1.25
9995658--9995796
42
3.3
41
78
7
111
57
14
1
26
1.46
10009025--10009807
394
2.0
394
92
2
1322
26
22
16
34
1.95
10014668--10014978
46
7.0
46
87
6
424
22
22
15
39
1.91
10014892--10014966
37
2.0
38
97
2
143
21
25
18
34
1.96
10017113--10017164
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
10027199--10027228
16
1.9
15
93
6
51
0
6
3
90
0.56
10028375--10028439
31
2.1
31
100
0
130
30
24
15
29
1.96
10032133--10032307
46
3.8
46
73
17
155
30
28
20
21
1.98
10032142--10032314
93
1.9
93
88
2
267
30
27
19
21
1.98
10036881--10036905
12
2.1
12
100
0
50
40
16
0
44
1.47
10037683--10037775
40
2.4
38
75
10
98
36
36
10
16
1.83
10039517--10039558
20
2.2
19
86
4
57
54
0
4
40
1.21
10040000--10040034
14
2.5
14
90
0
52
25
11
5
57
1.56
10044132--10044173
16
2.7
15
82
14
50
52
19
2
26
1.58
10048707--10048814
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
10050025--10050107
28
2.9
28
87
1
121
19
4
31
44
1.71
10050028--10050121
28
3.6
25
81
16
102
15
5
34
44
1.70
10050311--10050397
21
4.1
21
76
7
86
18
21
22
36
1.95
10051451--10051597
46
3.0
46
70
14
134
26
14
27
31
1.95
10052204--10052431
46
5.0
46
92
1
350
21
23
14
39
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10054566--10054617
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
10062468--10062540
32
2.4
31
82
11
80
39
0
2
57
1.13
10065406--10065480
21
3.5
21
78
5
62
18
22
21
37
1.94
10065420--10065467
21
2.3
21
92
0
78
16
29
27
27
1.97
10066343--10066391
25
2.0
25
83
0
62
24
12
16
46
1.81
10066654--10067122
235
2.0
235
97
0
886
39
10
17
32
1.84
10067965--10068023
30
1.9
31
86
3
84
47
3
22
27
1.67
10068275--10068317
8
5.5
8
94
5
79
25
0
0
74
0.82
10068221--10068320
26
3.6
28
75
15
82
35
0
3
62
1.11
10068275--10068324
15
3.3
14
86
13
64
26
0
0
74
0.83
10072616--10072646
6
5.2
6
100
0
62
67
32
0
0
0.91
10073372--10073428
21
2.8
20
77
12
55
56
1
0
42
1.10
10074376--10074435
9
6.4
9
78
19
61
31
3
0
65
1.09
10081100--10081225
47
2.7
47
86
2
155
29
25
15
29
1.96
10081249--10081395
31
4.7
31
89
0
231
26
27
18
27
1.98
10081373--10081501
50
2.5
51
91
5
208
25
22
17
34
1.96
10083718--10083745
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
10086010--10086039
15
2.0
15
100
0
60
40
13
6
40
1.71
10086682--10086711
6
5.0
6
100
0
60
16
33
16
33
1.92
10086713--10086755
6
7.0
6
86
2
59
16
18
32
32
1.93
10086707--10086755
18
2.7
18
83
3
62
16
18
32
32
1.93
10088839--10088891
20
2.6
21
81
3
63
20
1
1
75
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
10095194--10095234
2
20.5
2
84
0
55
48
4
2
43
1.37
10095239--10095297
31
1.9
31
82
6
75
59
3
5
32
1.36
10099290--10099336
15
3.2
15
74
17
53
31
2
8
57
1.41
10099885--10099922
3
12.7
3
100
0
76
68
0
0
31
0.90
10104697--10104725
2
15.0
2
92
7
51
51
0
0
48
1.00
10113320--10113507
100
1.9
100
89
2
297
26
21
23
28
1.99
10113325--10113512
49
3.8
49
81
4
225
27
20
23
28
1.99
10114358--10114400
21
2.0
21
100
0
86
27
9
4
58
1.49
10116487--10116585
50
2.0
50
100
0
198
30
16
15
38
1.89
10119531--10119654
46
2.7
46
87
0
167
26
16
23
33
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325