genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63359999--63360027	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
63360383--63362879	972	2.6	971	86	2	3498	33	12	20	33	1.90
63363654--63363812	43	3.7	43	70	10	110	26	16	25	30	1.97
63364549--63364593	24	1.9	23	86	4	63	15	2	28	53	1.54
63368145--63368395	27	9.3	27	84	6	303	28	23	8	39	1.84
63368156--63368484	27	12.2	27	80	1	102	31	23	8	36	1.84
63368145--63368394	54	4.6	54	90	0	392	28	23	8	40	1.84
63368145--63368395	81	3.1	81	84	4	362	28	23	8	39	1.84
63368388--63368538	54	2.8	54	91	0	239	41	21	6	31	1.79
63368388--63368541	27	5.7	27	81	0	200	40	20	7	31	1.80
63368381--63368541	81	2.0	81	86	0	223	39	20	7	32	1.80
63371172--63371203	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
63371403--63371696	50	5.9	50	79	2	311	30	25	17	25	1.97
63371406--63371695	151	1.9	151	92	1	492	31	25	17	25	1.97
63378115--63378156	22	2.0	21	85	4	57	57	9	2	30	1.44
63378147--63378260	26	4.5	26	76	16	107	64	1	2	31	1.18
63378141--63378260	14	8.8	14	73	17	85	63	1	2	32	1.18
63378197--63378260	23	2.7	23	77	17	67	67	1	1	29	1.09
63378141--63378261	16	7.8	16	71	20	87	62	1	2	33	1.18
63378215--63378261	21	2.2	22	81	11	62	68	0	0	31	0.90
63378298--63378335	16	2.4	17	82	13	53	65	0	0	34	0.93
63378290--63378343	25	2.2	25	90	3	83	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63380760--63380817	30	1.9	31	89	3	91	27	24	6	41	1.80
63381646--63386145	988	4.6	982	87	2	6244	33	12	20	33	1.90
63381625--63386147	987	4.6	987	88	2	6463	33	12	20	33	1.90
63392726--63392809	41	2.0	41	90	0	132	34	20	17	27	1.95
63393320--63393357	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
63394972--63395039	28	2.5	28	95	4	122	44	27	10	17	1.81
63401313--63401350	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
63401955--63401984	15	1.9	16	93	6	53	30	26	3	40	1.72
63402974--63403038	27	2.4	27	94	0	112	44	26	9	20	1.81
63409614--63409689	26	2.9	26	82	0	98	38	7	17	36	1.79
63413158--63413260	29	3.6	29	78	6	111	22	16	32	29	1.96
63420770--63420872	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
63426631--63426851	40	5.6	40	90	2	322	26	23	27	22	1.99
63430918--63431057	37	3.8	37	95	0	235	26	32	17	23	1.97
63431198--63431517	48	7.0	48	90	6	451	30	27	7	34	1.84
63431266--63431478	39	5.0	39	83	14	255	30	27	7	34	1.85
63437302--63437572	31	8.7	31	92	0	416	26	18	28	26	1.98
63437550--63437616	29	2.3	29	86	0	89	32	8	29	28	1.88
63437609--63437705	32	3.0	33	83	3	133	34	10	25	29	1.89
63441167--63441208	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
63443644--63443815	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
63443636--63443811	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63446194--63446281	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
63446194--63446272	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
63446205--63446281	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
63449202--63449373	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
63449194--63449369	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
63452219--63452425	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	26	2.00
63452219--63452423	80	2.6	80	83	3	236	25	26	22	25	2.00
63460295--63460502	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
63460295--63460500	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
63462375--63462426	27	2.0	26	84	3	68	26	23	19	30	1.98
63462728--63462775	19	2.5	19	93	0	87	35	25	33	6	1.81
63468836--63468905	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
63476755--63476824	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
63484525--63484713	50	3.8	49	82	1	207	24	18	27	29	1.98
63487437--63487475	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
63489897--63490072	50	3.5	49	79	4	165	23	17	27	31	1.97
63494457--63494505	25	2.0	25	100	0	98	48	26	4	20	1.67
63495047--63495120	29	2.6	29	91	0	121	31	29	20	18	1.97
63495949--63495988	8	5.2	8	93	6	66	85	0	0	15	0.61
63495951--63495985	7	4.9	7	93	6	61	88	0	0	11	0.51
63495949--63495988	15	2.7	15	85	14	64	85	0	0	15	0.61
63500154--63500292	42	3.2	43	75	9	113	28	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63504339--63504379	20	2.0	20	100	0	82	9	14	19	56	1.66
63507613--63507677	34	1.9	33	84	3	85	16	21	27	33	1.95
63510141--63510342	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
63510140--63510291	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
63518184--63518385	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
63518183--63518334	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
63520176--63520235	30	2.0	30	100	0	120	43	10	30	16	1.81
63526706--63526845	27	5.2	27	87	4	167	37	20	22	20	1.95
63526706--63526846	55	2.6	55	84	4	171	37	19	22	19	1.94
63530704--63530817	27	4.2	27	84	6	142	36	21	23	18	1.95
63530704--63530817	55	2.1	54	87	6	160	36	21	23	18	1.95
63533568--63533648	42	1.9	42	89	0	126	33	23	16	27	1.95
63536075--63536100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63537819--63538336	48	10.8	48	94	0	829	35	7	27	28	1.83
63538138--63538168	13	2.4	13	88	0	53	32	0	29	38	1.57
63540557--63540668	27	4.1	27	86	3	145	16	24	23	35	1.95
63540557--63540668	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
63547105--63547129	10	2.5	10	100	0	50	8	12	0	80	0.92
63548378--63548489	27	4.2	26	80	7	125	17	24	21	36	1.95
63548382--63548488	54	2.0	54	90	3	171	18	24	19	37	1.94
63553547--63553594	18	2.4	18	80	13	51	50	0	25	25	1.50
63557976--63558119	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63557977--63558147	78	2.2	79	90	1	263	25	22	29	23	1.99
63565667--63565815	24	5.9	24	78	12	163	38	15	22	23	1.92
63565663--63565830	52	3.2	52	90	1	257	36	14	25	24	1.93
63565857--63566052	51	3.8	51	88	4	288	32	13	23	30	1.93
63571884--63571999	24	4.4	27	77	15	136	36	12	25	25	1.92
63571884--63571999	52	2.2	51	92	3	196	36	12	25	25	1.92
63572023--63572221	51	3.9	51	89	1	301	33	12	24	29	1.92
63575596--63575771	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
63575592--63575763	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
63578720--63578798	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
63578711--63578797	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
63581176--63581351	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
63581172--63581343	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
63587447--63587517	34	2.1	34	100	0	142	32	11	26	29	1.91
63592007--63592179	46	3.7	45	81	14	201	27	20	28	23	1.99
63592007--63592276	47	5.8	46	78	8	235	27	18	29	24	1.98
63592007--63592276	94	2.9	94	82	7	309	27	18	29	24	1.98
63592012--63592276	140	1.9	141	85	6	369	27	18	29	24	1.98
63595086--63595127	21	2.0	21	85	0	57	33	7	19	40	1.78
63598271--63598382	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
63598271--63598382	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
63599410--63599507	24	4.0	24	75	9	90	26	20	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63599415--63599511	25	4.0	24	75	14	81	27	20	18	32	1.96
63602418--63602530	6	18.3	6	68	23	58	46	14	19	19	1.83
63602432--63602504	25	3.0	25	84	6	96	45	13	21	19	1.85
63602460--63602530	31	2.3	31	90	4	117	47	14	18	19	1.82
63602890--63602951	26	2.3	27	72	5	63	37	22	19	20	1.95
63602931--63603579	27	24.0	27	88	1	951	24	21	20	34	1.97
63603597--63603997	27	14.9	27	75	7	150	32	7	21	37	1.83
63603703--63603832	54	2.4	54	93	2	217	39	8	23	28	1.84
63603677--63603871	81	2.4	81	79	3	214	36	8	22	33	1.84
63603838--63603990	81	1.9	81	83	4	191	30	7	22	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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