genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66238109--66238167	30	2.0	28	81	15	66	52	8	1	37	1.42
66241475--66241544	32	2.2	32	97	0	131	42	18	25	12	1.86
66245350--66245415	33	2.0	33	90	0	105	30	10	7	51	1.64
66245952--66246006	27	2.1	27	86	3	76	21	7	1	69	1.23
66245976--66246005	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
66246421--66246467	23	2.0	24	83	8	60	42	0	2	55	1.12
66250227--66250391	43	3.9	41	78	7	168	31	26	16	25	1.97
66250279--66250390	44	2.6	44	83	6	149	33	27	15	23	1.94
66252466--66252506	19	2.0	20	90	9	66	60	7	2	29	1.36
66252477--66252515	19	2.2	19	86	9	55	64	2	0	33	1.08
66256790--66256897	26	4.2	26	90	0	171	34	7	22	36	1.82
66256790--66256897	52	2.1	52	96	0	198	34	7	22	36	1.82
66258530--66258589	27	2.3	26	85	8	77	20	23	20	36	1.95
66262416--66262578	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
66262416--66262609	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
66270874--66271003	40	3.3	39	82	4	154	23	27	25	23	2.00
66273486--66273648	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
66273486--66273679	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
66281941--66282070	40	3.3	39	82	4	154	23	27	25	23	2.00
66284555--66284795	39	6.2	39	91	0	383	24	20	32	22	1.98
66290074--66290113	15	2.7	15	96	0	71	27	15	20	37	1.92
66300189--66300215	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66307059--66307094	18	2.0	18	100	0	72	22	16	22	38	1.93
66311150--66311200	25	2.0	25	88	0	75	41	5	15	37	1.72
66314026--66314167	40	3.6	40	87	2	189	23	23	25	26	2.00
66319849--66319978	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
66326059--66326170	29	3.9	29	97	0	206	26	30	14	28	1.95
66326010--66326161	58	2.6	58	85	0	187	26	33	14	25	1.94
66326010--66326170	87	1.9	87	82	0	205	26	32	14	26	1.95
66327893--66328075	40	4.6	40	91	2	280	23	24	26	26	2.00
66332793--66332843	25	2.0	25	88	0	75	41	5	15	37	1.72
66335122--66335174	26	2.0	26	85	7	72	64	1	1	32	1.15
66335151--66335184	16	2.1	16	88	0	50	73	0	5	20	1.04
66339910--66339967	30	1.9	30	89	6	91	58	13	15	12	1.63
66339901--66339965	15	4.4	15	78	16	73	61	12	15	10	1.56
66346743--66346879	49	2.8	49	95	0	229	26	17	26	29	1.97
66353692--66353720	12	2.3	13	94	5	51	44	0	6	48	1.29
66354865--66354895	13	2.5	12	90	10	53	58	0	19	22	1.40
66363200--66363424	40	5.7	41	91	3	288	25	26	20	27	1.99
66371391--66371653	40	6.7	41	90	6	343	25	25	20	27	1.99
66379622--66379846	40	5.7	40	88	5	273	25	25	20	27	1.99
66382144--66382232	27	3.3	26	80	9	90	30	15	15	38	1.89
66382211--66382736	27	19.7	27	76	9	447	30	9	19	40	1.83
66382249--66382736	53	9.1	53	82	4	543	31	9	18	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66382211--66382737	80	6.6	80	82	4	571	30	9	19	40	1.84
66383053--66383144	28	3.3	28	92	0	148	28	36	15	19	1.92
66385523--66385585	33	1.9	33	84	9	85	36	28	4	30	1.78
66393349--66393475	40	3.2	40	81	8	134	22	24	29	23	1.99
66402329--66402359	15	2.0	16	93	6	55	38	16	0	45	1.47
66412611--66412651	22	1.9	21	85	5	55	17	24	43	14	1.86
66415284--66415389	27	4.0	26	76	10	79	19	24	18	36	1.94
66415396--66415438	20	2.2	20	91	0	68	23	23	9	44	1.82
66416108--66416206	40	2.5	40	89	0	153	28	27	21	23	1.99
66419189--66419232	6	7.2	6	92	2	61	0	59	0	40	0.98
66421981--66422155	41	4.3	41	75	10	160	22	21	28	27	1.99
66429473--66429620	41	3.6	41	80	7	176	23	21	27	27	1.99
66432172--66432207	18	2.0	18	94	0	63	33	0	8	58	1.28
66432246--66432288	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
66432375--66432404	14	2.1	14	93	0	51	36	20	10	33	1.86
66433398--66433507	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
66435126--66435265	27	5.2	27	89	2	192	18	24	22	35	1.96
66435126--66435265	54	2.6	55	90	2	212	18	24	22	35	1.96
66436644--66436709	18	3.3	18	72	22	60	33	0	6	60	1.21
66440008--66440355	49	7.1	49	95	0	608	33	8	27	30	1.87
66440426--66440512	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
66442347--66442498	40	3.8	40	94	0	259	25	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66446303--66446647	49	7.1	49	93	2	590	33	8	27	30	1.87
66446303--66446647	97	3.6	98	94	2	599	33	8	27	30	1.87
66446303--66446647	144	2.4	145	94	2	604	33	8	27	30	1.87
66446718--66446804	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
66450712--66450853	71	2.0	70	98	1	275	24	18	23	33	1.96
66450992--66451018	7	3.9	7	100	0	54	25	0	29	44	1.54
66452534--66452616	27	3.1	27	85	0	112	31	19	21	27	1.97
66452598--66452683	27	3.2	27	83	1	111	43	20	5	30	1.76
66452571--66452685	54	2.2	53	79	4	124	40	20	10	29	1.85
66452665--66452936	27	10.1	27	87	3	359	31	22	6	39	1.80
66453431--66453530	31	3.2	31	82	0	128	20	18	13	49	1.80
66453487--66453551	6	10.7	6	75	15	62	18	16	15	49	1.80
66455367--66455449	27	3.1	27	82	0	94	32	18	20	28	1.96
66455431--66455542	27	4.2	26	87	5	145	43	20	4	31	1.72
66455431--66455542	53	2.1	53	86	3	154	43	20	4	31	1.72
66455524--66455624	27	3.7	27	93	0	175	32	22	4	39	1.76
66456273--66456351	6	12.8	6	72	15	63	49	13	17	18	1.80
66456273--66456351	31	2.5	31	89	0	113	49	13	17	18	1.80
66456469--66456576	27	4.0	26	82	5	108	36	20	22	21	1.96
66457142--66457204	26	2.4	27	83	5	83	28	19	15	36	1.92
66457140--66457415	81	3.4	80	88	3	367	26	17	19	36	1.94
66457141--66457415	27	10.2	27	85	1	302	25	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66457438--66457766	27	12.2	27	84	4	378	30	8	19	41	1.81
66459710--66459754	6	7.5	6	85	9	65	48	15	15	20	1.80
66460166--66460218	22	2.4	23	78	9	65	28	20	26	24	1.99
66460374--66460434	22	2.7	23	78	12	65	29	21	26	22	1.99
66460746--66460802	27	2.1	27	83	9	71	38	19	22	19	1.93
66460800--66461138	27	12.6	27	83	0	410	25	17	19	36	1.94
66461128--66461487	27	13.4	27	80	6	297	29	8	20	41	1.81
66461128--66461487	80	4.5	81	81	5	356	29	8	20	41	1.81
66461161--66461487	107	3.1	106	84	5	338	29	8	20	41	1.81
66461161--66461487	53	6.1	54	83	5	360	29	8	20	41	1.81
66462329--66462424	27	3.6	27	89	0	129	34	20	2	42	1.64
66462919--66463029	31	3.6	31	86	0	150	19	19	13	46	1.83
66462919--66463043	6	20.3	6	70	16	78	20	19	13	47	1.82
66474253--66474413	29	5.6	29	86	0	205	26	14	32	26	1.95
66487840--66488022	39	4.7	39	90	0	294	22	28	20	27	1.99
66487800--66488022	78	2.8	78	88	1	302	23	29	21	25	1.99
66491693--66492683	500	2.0	500	87	2	1429	34	19	14	31	1.92
66497455--66497487	13	2.4	14	90	5	50	51	3	15	30	1.58
66498507--66498567	21	2.9	21	78	9	70	29	26	26	18	1.98
66503334--66503507	40	4.3	40	86	4	249	21	23	28	26	1.99
66503334--66503506	83	2.1	80	92	3	283	21	23	28	26	1.99
66505048--66505148	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66505077--66505148	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
66515572--66515755	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
66515612--66515800	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66525631--66525854	40	5.6	40	80	8	267	22	21	28	26	1.99
66525631--66525856	82	2.8	81	88	5	343	23	21	28	26	1.99
66534798--66534939	43	3.3	41	70	16	119	28	26	19	25	1.99
66534769--66534932	85	1.9	85	90	2	258	29	26	18	25	1.98
66534756--66534901	42	3.5	41	68	15	100	30	25	18	25	1.98
66539854--66540061	40	5.2	39	81	3	200	26	22	25	25	2.00
66547902--66548109	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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