genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83756832--83756982	33	4.5	33	83	3	178	17	8	34	39	1.81
83756832--83756982	66	2.3	66	84	4	196	17	8	34	39	1.81
83760191--83760254	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
83766530--83766565	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
83771310--83771348	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
83771538--83771594	30	1.9	30	89	3	89	7	3	8	80	1.00
83773571--83773604	17	2.0	17	88	0	50	73	0	5	20	1.04
83773693--83773775	19	4.4	19	73	8	62	33	6	0	60	1.21
83773727--83773771	21	2.1	21	87	0	63	33	6	0	60	1.23
83773717--83773830	9	12.1	9	69	18	56	34	5	0	60	1.19
83773745--83773791	10	4.7	10	76	10	51	27	6	0	65	1.16
83773749--83773830	19	4.4	19	75	13	64	32	4	0	62	1.17
83773778--83773829	26	2.0	26	85	7	70	32	3	0	63	1.12
83776981--83777043	29	2.1	29	85	5	81	25	1	9	63	1.34
83780916--83781004	18	4.9	18	88	0	124	31	24	14	29	1.95
83785676--83785761	43	2.0	43	95	0	154	26	24	15	33	1.95
83789737--83789809	36	2.0	36	97	0	137	38	12	13	35	1.83
83793337--83793368	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
83799429--83799461	15	2.1	16	88	5	50	0	54	0	45	0.99
83802697--83802730	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
83802720--83802756	18	2.1	17	90	5	56	48	2	2	45	1.30
83804260--83804335	27	2.8	28	78	11	86	36	22	14	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83804389--83804478	27	3.3	27	81	7	101	26	25	11	36	1.89
83809943--83810000	26	2.2	26	84	0	71	25	17	13	43	1.86
83811610--83811659	24	2.1	24	100	0	100	28	12	16	44	1.83
83813093--83813185	4	22.8	4	86	4	123	69	1	24	4	1.13
83819617--83820240	133	4.7	132	89	1	818	26	22	20	29	1.98
83819758--83820096	43	7.7	43	66	14	154	25	23	21	29	1.99
83832218--83832256	19	2.0	20	85	14	55	61	0	10	28	1.28
83834389--83834571	59	3.1	59	90	6	307	54	1	4	39	1.29
83834727--83834813	42	2.1	41	89	6	131	57	0	16	26	1.39
83843165--83843321	43	3.7	43	79	4	156	24	15	26	33	1.96
83843160--83843321	86	1.9	85	81	6	193	24	16	25	33	1.95
83847708--83847928	46	4.8	46	88	2	300	38	14	25	21	1.92
83847700--83847928	93	2.5	92	87	3	325	38	14	25	21	1.91
83848108--83848146	19	2.1	18	85	4	51	53	2	17	25	1.56
83848928--83848961	14	2.4	14	90	0	50	52	0	0	47	1.00
83849910--83850223	46	6.8	46	86	0	414	19	24	14	41	1.88
83849910--83850221	138	2.3	138	88	2	464	19	24	14	41	1.88
83852013--83852070	11	5.2	11	76	12	55	63	1	1	32	1.14
83854590--83854690	49	2.1	48	81	5	114	28	20	19	30	1.97
83866808--83866857	24	2.1	24	100	0	100	52	16	8	24	1.70
83870814--83870871	28	2.1	28	86	0	80	20	20	0	58	1.39
83871733--83871761	15	1.9	15	100	0	58	10	27	20	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83883494--83883591	50	2.0	49	91	2	137	57	11	2	29	1.45
83883494--83883594	49	2.0	50	92	1	168	57	10	1	29	1.44
83885505--83885769	46	5.7	46	74	14	222	28	17	29	24	1.97
83892553--83892667	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
83892553--83892686	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
83899942--83900070	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
83902917--83903045	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
83910302--83910416	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
83910302--83910435	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
83922120--83922156	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
83922263--83922306	2	21.5	2	95	4	79	47	0	2	50	1.13
83933464--83933525	22	3.0	21	79	9	63	48	0	0	51	1.00
83936029--83936080	27	1.9	27	84	7	70	32	19	0	48	1.49
83948432--83948524	46	2.0	46	100	0	186	37	15	17	30	1.90
83948868--83948951	3	27.7	3	90	2	132	32	3	0	64	1.11
83949049--83949131	31	2.7	32	85	12	113	22	8	0	68	1.16
83949081--83949192	4	29.2	4	72	22	50	23	6	1	68	1.21
83949051--83949178	53	2.4	52	82	12	145	22	7	1	67	1.25
83951444--83951514	16	4.5	15	80	7	70	42	7	19	30	1.78
83956373--83956415	22	2.0	22	81	9	52	27	2	6	62	1.33
83957166--83957192	12	2.2	12	100	0	54	0	0	7	92	0.38
83957293--83957408	43	2.7	43	82	2	126	30	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83962966--83963053	35	2.6	34	75	10	88	23	27	25	23	2.00
83966180--83966240	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
83966180--83966256	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
83974327--83974387	21	2.9	20	78	4	68	34	11	21	32	1.89
83974327--83974379	11	5.0	11	75	6	56	33	13	22	30	1.92
83976657--83976725	31	2.3	31	80	12	72	50	1	4	43	1.30
83976870--83976928	19	2.9	22	76	16	56	77	8	10	3	1.08
83978239--83978286	24	2.0	24	100	0	96	37	4	8	50	1.52
83992454--83992512	31	1.9	30	82	3	73	32	5	6	55	1.48
83992264--83992533	148	1.8	148	84	4	375	37	2	9	49	1.51
83992258--83992566	149	2.1	146	78	11	337	39	3	9	47	1.52
83993134--83993168	16	2.2	16	90	10	54	20	2	5	71	1.19
83999742--84000030	150	1.9	149	89	0	443	34	21	12	31	1.91
84001323--84001496	46	3.8	46	75	15	171	28	29	20	21	1.98
84001330--84001508	91	2.0	90	86	4	252	27	30	20	21	1.98
84003881--84003930	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
84003892--84003939	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
84006859--84007029	93	1.8	93	89	2	272	27	29	21	21	1.98
84006850--84007025	46	3.8	47	78	12	184	28	29	21	21	1.98
84009104--84009145	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
84014724--84014814	45	2.0	45	100	0	182	40	13	21	24	1.89
84021237--84021271	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84031712--84031737	12	2.2	12	100	0	52	0	23	0	76	0.78
84034086--84034138	25	2.2	25	86	3	72	28	0	7	64	1.21
84060849--84060879	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
84063686--84063712	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
84064565--84064599	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
84065120--84065189	31	2.3	30	82	4	79	40	10	11	38	1.75
84066297--84066338	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
84074864--84074905	21	2.0	21	100	0	84	33	14	4	47	1.65
84077899--84077923	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
84078157--84078231	27	2.8	27	80	8	82	60	0	1	38	1.06
84080709--84080756	22	2.2	22	88	7	71	35	0	2	62	1.07
84081864--84081901	20	1.9	20	100	0	76	39	13	5	42	1.66
84081940--84082029	23	3.9	23	88	5	128	33	21	14	31	1.93
84087426--84087638	108	2.0	108	98	0	408	31	11	14	42	1.80
84090090--84090130	20	2.0	20	95	0	73	41	14	2	41	1.59
84090172--84090259	23	3.9	23	74	12	76	30	20	12	36	1.90
84090181--84090264	22	3.8	22	71	16	66	29	20	15	34	1.93
84093088--84093119	14	2.3	14	100	0	64	43	28	6	21	1.77
84094996--84095106	14	7.8	14	71	11	64	25	6	0	67	1.20
84095062--84095105	12	3.9	12	80	17	58	22	6	0	70	1.11
84095048--84095101	12	4.6	12	75	17	51	22	7	0	70	1.12
84095036--84095130	34	2.8	33	79	10	86	27	6	0	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84096444--84096551	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
84101151--84101180	9	3.3	9	100	0	60	46	0	0	53	1.00
84103346--84103386	10	4.1	10	77	22	50	48	2	9	39	1.49
84103346--84103386	20	2.0	20	86	9	57	48	2	9	39	1.49
84103600--84103638	20	2.0	20	89	0	60	35	2	25	35	1.70
84104041--84104099	21	2.7	22	82	10	68	40	1	1	55	1.20
84104348--84104385	18	2.1	18	95	0	67	39	10	13	36	1.79
84104524--84104584	29	2.1	29	85	11	81	19	52	0	27	1.46
84107512--84107547	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
84107569--84107642	32	2.3	32	81	11	89	39	20	12	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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