genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17183996--17184032	19	1.9	19	100	0	74	16	8	27	48	1.74
17185324--17185415	20	4.6	20	70	5	69	39	20	16	23	1.92
17185338--17185413	40	1.9	40	86	5	109	39	21	17	22	1.92
17192434--17192473	20	2.0	20	85	0	53	55	5	17	22	1.61
17195170--17195215	16	2.8	17	83	6	60	43	17	23	15	1.87
17195452--17195553	29	3.6	29	86	1	134	26	16	29	27	1.97
17195452--17195562	58	1.9	57	87	1	159	27	16	29	27	1.97
17214388--17214434	13	3.4	14	82	8	60	6	2	27	63	1.30
17216844--17216875	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
17216844--17216874	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
17218580--17219149	284	2.0	284	100	0	1140	33	19	21	25	1.97
17229873--17229911	19	2.0	20	90	9	64	28	23	2	46	1.65
17231051--17231093	20	2.2	19	87	8	59	72	2	0	25	0.97
17234318--17234372	9	5.5	10	77	16	60	27	5	5	61	1.40
17234318--17234371	19	2.7	20	85	5	65	27	5	5	61	1.41
17234316--17234388	9	7.6	9	73	15	58	28	5	4	61	1.37
17234468--17234526	30	2.0	30	83	12	77	38	6	1	52	1.38
17234549--17234581	17	1.9	17	93	0	57	27	6	3	63	1.32
17234549--17234620	28	2.6	29	82	10	89	31	5	1	61	1.28
17237016--17237071	22	2.6	22	88	5	89	21	30	37	10	1.87
17237002--17237071	20	3.4	20	86	7	88	20	28	38	12	1.89
17237712--17237772	20	3.2	20	63	13	56	39	4	31	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17237698--17237772	37	2.0	37	97	0	141	41	6	30	21	1.79
17237801--17237844	19	2.4	19	92	7	74	75	6	0	18	1.02
17240565--17240610	19	2.5	19	83	13	60	73	6	2	17	1.14
17247149--17247173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
17248140--17248193	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
17251942--17251984	2	21.5	2	95	0	77	0	46	0	53	1.00
17267366--17267468	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
17278156--17278258	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
17283285--17283408	46	2.7	47	79	11	148	30	18	27	23	1.98
17283285--17283640	49	7.6	47	72	8	181	26	19	28	25	1.98
17283425--17283641	98	2.3	95	80	6	235	23	19	30	26	1.98
17283469--17283646	98	1.8	97	86	3	259	25	18	30	25	1.98
17296371--17296432	25	2.4	25	78	2	70	38	14	3	43	1.62
17297620--17297749	50	2.6	50	81	2	145	23	12	23	40	1.89
17297603--17297703	25	4.0	25	74	12	73	23	13	23	38	1.91
17297758--17297837	25	3.2	25	75	10	83	20	12	26	41	1.87
17297757--17297855	50	2.0	50	84	4	128	24	12	25	38	1.90
17297641--17297869	113	2.0	113	99	0	449	24	11	25	39	1.88
17301517--17301692	46	3.8	46	80	4	192	22	21	27	28	1.99
17301513--17301684	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
17309524--17309564	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
17312416--17312479	28	2.4	26	78	16	69	67	9	7	15	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17313598--17313634	19	1.9	19	88	0	56	32	2	0	64	1.07
17313683--17313726	3	14.3	3	95	4	79	34	0	0	65	0.93
17315650--17315706	24	2.4	24	87	0	78	47	7	5	40	1.53
17315662--17315713	24	2.2	24	89	0	77	51	1	3	42	1.31
17316448--17316476	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
17326553--17326605	21	2.5	22	81	9	74	37	41	13	7	1.72
17326967--17326997	16	1.9	16	93	0	53	12	16	16	54	1.71
17327076--17327166	45	2.0	45	89	0	137	32	14	10	41	1.81
17327214--17327242	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
17327135--17327260	56	2.3	53	82	8	137	35	8	7	47	1.64
17327251--17327331	42	1.9	42	90	7	128	33	18	8	39	1.81
17327378--17327450	36	2.0	36	89	0	110	32	10	8	47	1.68
17327521--17327558	2	19.5	2	84	15	53	47	2	0	50	1.15
17330985--17331027	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
17334611--17334657	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
17334918--17335183	46	6.0	47	84	11	319	21	24	15	38	1.92
17335097--17335172	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
17340163--17340559	43	9.2	43	87	2	546	31	27	14	25	1.95
17343859--17344016	68	2.3	71	82	7	191	20	27	15	36	1.93
17343805--17344016	68	3.1	68	75	12	190	22	27	16	33	1.95
17346749--17346907	44	3.7	42	82	13	173	32	27	17	22	1.96
17346749--17346910	86	1.9	85	84	6	220	33	27	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17348691--17348790	43	2.3	43	82	3	112	24	18	24	34	1.96
17354103--17354140	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
17360125--17360368	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
17368911--17369066	43	3.6	43	70	17	108	25	18	25	30	1.98
17378268--17378661	47	8.4	47	90	1	583	28	29	7	33	1.86
17381461--17381617	43	3.7	43	69	14	128	25	17	29	27	1.98
17381789--17381827	20	1.9	21	89	5	62	48	0	15	35	1.45
17383306--17383412	27	3.9	27	84	9	128	36	20	24	18	1.95
17383305--17383412	54	2.0	54	85	3	146	37	20	24	18	1.94
17384805--17384905	24	4.2	24	90	0	139	24	38	1	34	1.67
17387049--17387113	32	2.0	32	96	0	121	36	15	21	26	1.93
17387145--17387298	43	3.6	42	78	6	132	24	17	25	32	1.97
17390140--17390424	84	3.4	83	85	6	369	27	16	24	30	1.97
17390108--17390423	170	1.9	170	86	5	460	26	16	25	31	1.97
17390108--17390442	127	2.6	127	78	10	344	26	16	25	31	1.97
17390108--17390442	43	7.9	43	80	9	309	26	16	25	31	1.97
17391308--17391351	21	2.1	21	100	0	88	31	4	18	45	1.69
17391747--17391779	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
17398947--17399058	27	4.2	26	83	7	125	38	23	21	16	1.93
17411691--17411851	40	4.0	40	84	3	198	24	15	24	34	1.95
17426768--17426870	41	2.4	43	80	6	113	30	22	17	30	1.97
17427975--17428003	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17429133--17429393	27	9.7	27	86	1	335	29	19	8	42	1.80
17429372--17429457	27	3.2	27	85	6	86	41	24	4	29	1.75
17429386--17429512	54	2.4	53	78	11	132	43	19	8	28	1.81
17429386--17429484	27	3.7	27	85	5	112	45	20	6	28	1.74
17429467--17429528	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
17430148--17430216	28	2.5	28	90	2	113	43	24	10	21	1.83
17433088--17433348	27	9.7	27	83	1	326	29	20	8	41	1.81
17433088--17433348	54	4.8	54	89	0	378	29	20	8	41	1.81
17433088--17433348	81	3.2	81	87	1	362	29	20	8	41	1.81
17433327--17433412	27	3.2	27	85	6	86	41	24	4	29	1.75
17433341--17433467	54	2.4	53	78	11	132	43	19	8	28	1.81
17433341--17433439	27	3.7	27	85	5	112	45	20	6	28	1.74
17433422--17433483	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
17434104--17434162	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
17441134--17441290	43	3.7	43	74	7	149	25	18	24	31	1.98
17442867--17442915	3	15.7	3	91	8	80	65	0	0	34	0.93
17449550--17449584	3	11.7	3	88	11	54	65	0	0	34	0.93
17451446--17451490	23	2.0	22	86	4	63	11	2	33	53	1.49
17455574--17455939	47	7.7	47	72	13	254	26	19	30	24	1.98
17455709--17455939	96	2.4	96	80	10	260	26	19	28	25	1.99
17463385--17463700	46	6.6	47	75	8	225	26	19	30	24	1.98
17463385--17463700	94	3.3	94	80	13	287	26	19	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17463431--17463750	47	6.7	50	74	14	221	26	19	30	24	1.98
17463385--17463750	140	2.6	140	80	7	339	26	19	30	24	1.98
17464285--17464358	21	3.3	21	70	23	69	43	6	14	35	1.72
17464271--17464340	21	3.0	23	66	25	65	42	5	14	37	1.69
17464271--17464366	47	2.0	47	97	0	183	40	6	15	37	1.73
17464335--17464407	36	2.0	36	100	0	146	36	8	16	38	1.79
17467089--17467185	41	2.4	41	79	5	117	40	21	20	17	1.92
17467809--17467882	28	2.6	29	77	8	73	20	5	33	40	1.75
17467439--17468567	501	2.3	492	96	1	2037	35	7	15	42	1.74
17472728--17472786	31	1.9	30	90	10	93	27	3	1	67	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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