genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18215466--18215746	141	2.0	141	88	2	422	33	12	29	25	1.92
18215466--18215706	47	5.1	47	95	0	419	34	12	28	25	1.92
18218462--18218584	40	3.1	40	85	2	149	28	24	18	28	1.98
18224057--18224126	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
18232058--18232127	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
18238372--18238397	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
18244492--18244612	51	2.4	51	82	8	131	28	19	10	41	1.85
18261014--18261076	25	2.5	25	80	14	85	39	30	9	20	1.84
18261062--18261122	25	2.4	25	83	0	77	42	22	14	19	1.88
18290323--18290430	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
18297478--18297585	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
18298167--18298253	44	2.0	45	83	2	113	31	20	25	22	1.98
18298243--18298552	43	7.0	43	67	17	177	37	20	18	24	1.94
18298291--18298566	138	2.0	138	99	0	543	36	19	18	25	1.95
18298429--18298866	44	9.9	44	67	14	139	33	19	22	24	1.97
18304564--18304594	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
18314558--18314761	47	4.3	48	75	10	172	26	20	29	23	1.99
18316307--18316334	12	2.3	12	100	0	56	35	14	17	32	1.90
18318296--18318379	44	1.9	44	87	4	125	32	26	19	22	1.97
18323407--18323579	93	1.9	93	96	0	319	28	29	21	20	1.98
18323409--18323576	46	3.6	46	79	13	209	28	29	21	20	1.98
18333621--18333761	46	3.0	44	72	14	108	29	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18336082--18336189	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
18344179--18344286	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
18357976--18358007	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
18361406--18361438	11	2.8	12	90	4	50	33	15	3	48	1.60
18362477--18362516	20	2.0	20	90	0	62	65	0	0	35	0.93
18362548--18362677	17	7.4	17	65	17	61	43	4	0	52	1.22
18362658--18362721	21	3.0	21	68	8	56	54	6	0	39	1.26
18362733--18362883	72	2.1	72	90	2	241	45	3	3	48	1.35
18362942--18362980	17	2.3	17	90	0	60	48	2	2	46	1.29
18362941--18363021	42	2.0	41	82	7	101	45	3	1	49	1.27
18362982--18363020	19	2.0	20	85	5	53	38	5	0	56	1.22
18370252--18370359	52	2.1	52	98	0	207	20	22	18	38	1.93
18376843--18376867	13	1.9	13	100	0	50	24	32	40	4	1.73
18380787--18380827	22	1.9	21	90	5	64	48	0	0	51	1.00
18383127--18383159	18	1.9	17	88	11	50	48	0	21	30	1.50
18387025--18387064	6	6.3	6	91	8	62	80	0	5	15	0.88
18393031--18393071	9	4.4	9	84	6	55	31	0	17	51	1.46
18393406--18393446	5	8.2	5	97	0	73	39	0	0	60	0.96
18395313--18395399	25	3.5	25	75	6	77	39	17	17	26	1.91
18413392--18413542	39	3.9	39	83	1	187	35	11	10	42	1.75
18413396--18413542	78	1.9	78	85	2	206	36	10	10	42	1.74
18413597--18413700	47	2.2	47	82	3	129	37	23	17	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18413685--18413776	44	2.1	44	83	4	114	34	25	20	19	1.96
18414839--18414900	30	2.1	28	94	5	106	51	6	0	41	1.27
18434315--18434479	46	3.5	46	75	14	167	29	17	29	24	1.97
18434315--18434575	47	5.6	46	74	10	176	27	18	30	24	1.97
18436614--18436660	20	2.3	21	78	7	53	19	6	14	59	1.56
18441177--18441336	69	2.3	69	79	10	166	28	20	14	37	1.91
18450231--18450362	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
18457652--18457781	29	4.6	29	87	3	183	26	15	32	25	1.95
18457652--18457772	56	2.1	57	89	3	181	28	15	29	25	1.96
18464993--18465028	17	2.1	17	89	0	54	13	0	11	75	1.06
18471428--18471624	50	3.9	50	83	1	243	27	17	26	27	1.98
18484636--18484697	30	2.1	30	100	0	124	30	27	16	25	1.96
18495072--18495146	37	2.0	37	97	0	141	36	30	13	20	1.91
18495801--18495851	11	4.7	10	81	13	57	29	31	0	39	1.57
18495844--18495883	21	1.9	22	90	10	66	25	22	7	45	1.78
18497014--18497056	7	6.0	7	91	2	68	25	4	13	55	1.58
18498111--18498487	127	2.9	129	90	5	611	34	4	4	56	1.40
18498283--18498487	64	3.2	64	66	23	160	34	5	4	56	1.42
18498441--18498525	39	2.2	38	81	6	100	40	7	7	45	1.58
18501564--18501871	126	2.5	126	92	2	496	25	18	17	38	1.92
18506193--18506291	28	3.4	28	67	23	69	25	30	18	26	1.98
18506189--18506327	60	2.3	60	82	8	158	25	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18517557--18517585	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18518264--18518694	128	3.4	128	90	0	639	27	17	20	34	1.95
18520204--18520249	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
18521782--18521957	89	2.0	90	96	1	327	44	13	27	14	1.83
18522410--18522439	7	4.4	7	95	4	53	86	13	0	0	0.57
18524173--18524364	64	3.0	64	92	0	312	31	16	13	38	1.88
18524410--18525202	89	9.0	88	77	8	708	33	19	23	23	1.97
18524410--18525199	176	4.5	176	84	5	834	33	19	23	23	1.97
18525784--18525833	21	2.5	20	71	22	52	18	56	22	4	1.58
18527187--18527211	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18527211--18527260	2	25.0	2	100	0	100	0	0	50	50	1.00
18527922--18528367	128	3.5	128	85	3	569	26	16	20	36	1.94
18538746--18539014	49	5.6	49	72	12	193	27	17	30	25	1.97
18543032--18543107	40	1.9	40	88	0	116	18	14	34	32	1.91
18548157--18548196	18	2.2	18	90	0	62	17	12	40	30	1.86
18550195--18550282	40	2.3	38	86	7	115	19	12	32	35	1.89
18556197--18556233	19	1.9	19	94	0	65	78	2	2	16	0.98
18562259--18562311	13	4.1	13	87	0	79	16	35	28	18	1.93
18570713--18570831	39	3.1	38	78	10	123	28	27	21	21	1.99
18570718--18570884	40	4.2	40	85	6	198	26	27	22	23	1.99
18570718--18570884	79	2.1	79	85	5	221	26	27	22	23	1.99
18578718--18578885	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18578718--18578885	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
18581908--18582005	48	2.1	48	98	1	189	12	13	14	60	1.60
18583032--18583056	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
18598904--18599004	40	2.5	39	95	3	175	25	28	22	22	1.99
18600164--18600193	8	3.6	8	95	4	51	0	36	0	63	0.95
18602353--18602406	26	2.1	26	89	6	83	44	20	20	14	1.86
18604051--18604086	16	2.2	17	95	5	65	33	8	11	47	1.69
18605322--18605379	17	3.6	16	73	13	57	39	3	0	56	1.16
18605365--18605522	58	2.6	61	75	15	155	41	3	6	48	1.46
18605574--18605649	39	1.9	39	94	0	134	32	14	9	43	1.77
18607281--18607311	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
18615240--18615288	13	3.2	16	69	19	50	48	0	0	51	1.00
18615264--18615342	14	5.4	14	70	16	52	40	2	1	55	1.21
18615776--18615806	11	2.7	11	95	5	53	45	0	0	54	0.99
18643534--18643572	14	2.8	14	88	0	60	46	28	0	25	1.53
18643976--18644023	22	2.1	22	84	3	60	25	0	25	50	1.50
18644065--18644240	41	4.3	41	91	2	282	19	22	22	34	1.96
18645222--18645301	31	2.6	31	78	7	85	17	21	12	48	1.80
18647833--18647911	37	2.1	38	95	2	142	40	0	31	27	1.57
18653391--18653440	26	2.0	25	88	7	75	46	0	0	54	1.00
18656173--18656214	8	4.8	9	85	8	52	47	0	2	50	1.14
18658812--18658868	29	2.0	29	100	0	114	24	35	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18659866--18660136	132	2.1	131	93	2	463	41	9	8	39	1.70
18660328--18660402	36	2.0	39	82	12	95	49	1	1	48	1.18
18663335--18663367	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
18667066--18667159	5	19.2	5	93	4	138	37	0	4	58	1.18
18667183--18667254	26	2.9	25	72	13	67	69	5	23	1	1.17
18667183--18667264	15	5.0	17	70	20	50	68	4	25	1	1.17
18669920--18670040	55	2.2	54	82	2	143	23	34	22	19	1.96
18673690--18673751	31	2.0	31	100	0	124	35	6	16	41	1.74
18678737--18678787	22	2.4	22	83	12	70	35	1	1	60	1.19
18680222--18680256	13	2.7	13	83	16	54	45	8	8	37	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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