genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  95  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27875269--27875345	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
27878287--27878448	46	3.5	46	78	14	197	28	30	20	20	1.98
27880229--27880259	15	2.0	16	93	6	55	19	12	19	48	1.81
27882577--27882696	42	2.8	42	79	9	120	33	23	17	25	1.96
27892728--27892852	6	20.3	6	69	16	51	48	11	20	20	1.80
27892792--27892852	25	2.4	25	80	0	68	45	8	21	24	1.78
27893041--27893216	67	2.6	67	93	0	307	30	23	28	17	1.97
27893146--27893197	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
27893832--27893973	27	5.3	27	81	0	158	23	19	21	36	1.95
27893831--27893973	54	2.6	54	86	2	189	23	18	20	37	1.95
27894011--27894297	81	3.6	82	86	3	334	32	9	19	38	1.83
27894040--27894297	27	9.6	27	89	1	295	32	9	18	39	1.83
27895810--27895849	21	1.9	21	84	0	53	25	5	20	50	1.68
27901269--27901302	13	2.6	13	85	0	50	14	29	35	20	1.93
27906061--27906122	30	2.1	30	100	0	124	37	9	6	46	1.62
27906202--27906242	20	2.0	21	85	4	57	17	4	12	65	1.42
27908674--27908720	16	2.9	16	78	12	51	36	8	14	40	1.77
27911037--27911165	39	3.3	39	81	9	129	26	27	22	24	2.00
27919005--27919222	79	2.8	80	80	8	232	25	27	22	24	2.00
27919031--27919222	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	23	1.99
27926866--27927031	40	4.2	40	78	9	146	25	22	27	24	2.00
27934907--27935019	40	2.8	40	82	5	138	23	23	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27937058--27937091	11	3.1	11	100	0	68	44	17	17	20	1.87
27938397--27938454	26	2.2	26	84	0	80	37	24	20	17	1.93
27938403--27938469	26	2.6	26	80	4	73	37	22	20	19	1.95
27940338--27940553	43	5.0	43	80	3	218	31	20	18	28	1.97
27940338--27940529	87	2.2	87	79	4	210	32	20	19	28	1.97
27940845--27940890	21	2.2	21	96	0	83	2	47	15	34	1.57
27941331--27941359	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
27943520--27943569	23	2.2	23	88	0	73	20	28	18	34	1.95
27943579--27943629	26	2.0	26	92	0	84	25	23	27	23	2.00
27949253--27949425	9	19.5	8	75	17	98	35	1	17	45	1.56
27949253--27949425	18	9.8	17	78	10	145	35	1	17	45	1.56
27949298--27949465	70	2.4	71	83	6	214	34	1	18	45	1.57
27949273--27949465	9	21.7	9	77	9	173	35	1	18	44	1.57
27955881--27955927	23	2.0	24	84	12	62	53	0	25	21	1.46
27957281--27957366	40	2.2	39	85	2	109	24	16	29	30	1.96
27960170--27960227	30	1.9	30	89	0	89	32	15	25	25	1.95
27960567--27960926	47	7.7	45	74	13	230	28	20	28	23	1.99
27960570--27960927	94	3.8	92	79	10	379	28	19	28	23	1.98
27960567--27960927	141	2.6	141	77	9	373	28	20	28	22	1.99
27962660--27962997	117	2.9	116	71	11	290	31	21	13	34	1.91
27962895--27963173	117	2.4	114	80	9	278	32	21	12	32	1.91
27962977--27963350	117	3.2	117	83	2	417	31	21	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963011--27963390	117	3.2	115	79	9	376	29	20	15	35	1.93
27964079--27964203	41	3.1	40	81	6	162	19	22	16	41	1.90
27964077--27964246	81	2.1	80	81	7	173	20	24	15	39	1.92
27964318--27964396	33	2.4	33	83	10	99	16	48	11	24	1.79
27964590--27964811	67	3.1	74	75	12	226	28	8	10	52	1.65
27966484--27966661	39	4.5	39	87	3	232	24	29	21	24	1.99
27974482--27974672	40	4.8	40	82	6	212	24	28	22	24	1.99
27980106--27980252	35	4.2	35	75	3	125	44	17	8	29	1.79
27983673--27983848	46	3.8	45	76	12	169	21	19	28	30	1.97
27983669--27983841	93	1.9	93	90	0	274	21	19	29	28	1.98
27990840--27990989	43	3.5	43	81	11	155	30	25	18	26	1.98
27993461--27993485	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
27998366--27998527	44	3.8	43	76	14	158	33	25	17	24	1.96
27998371--27998531	86	1.9	84	83	10	211	33	24	18	23	1.96
28003461--28003871	46	8.7	49	72	12	195	24	27	19	28	1.99
28003461--28003823	46	7.7	47	72	13	210	24	27	19	28	1.99
28003702--28003871	94	1.8	92	83	7	227	23	28	18	29	1.98
28013996--28014204	46	4.5	46	77	9	178	23	28	19	28	1.98
28017182--28017325	41	3.5	41	90	1	191	25	14	26	33	1.94
28017182--28017364	40	4.5	42	82	4	196	25	14	25	34	1.94
28022372--28022489	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28022340--28022503	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28029748--28029865	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
28029716--28029879	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
28035604--28035785	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
28035634--28035788	39	3.9	39	93	0	256	24	31	20	23	1.98
28040545--28040720	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
28040541--28040712	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
28043672--28043740	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
28043663--28043750	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
28046134--28046309	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
28046130--28046301	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
28047888--28047942	5	10.8	5	78	18	60	76	0	3	20	0.94
28047898--28047943	16	2.8	17	90	3	67	76	0	4	19	0.96
28047888--28047942	11	4.8	11	80	10	58	76	0	3	20	0.94
28049244--28049289	22	2.1	22	95	0	83	39	15	15	30	1.88
28053321--28053345	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
28055732--28055838	27	4.0	27	84	2	146	27	12	17	42	1.85
28061390--28061507	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
28061413--28061507	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
28061699--28061865	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
28061698--28061865	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
28061916--28061975	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
28062018--28062065	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28063224--28063288	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
28063347--28063598	27	9.3	27	78	6	114	36	9	19	35	1.84
28063497--28063976	81	5.9	81	90	3	709	40	8	23	27	1.83
28063496--28063969	27	17.6	27	86	0	527	41	8	23	27	1.83
28063973--28064071	27	3.7	26	75	10	83	31	9	19	40	1.82
28063965--28064069	54	2.0	53	84	5	140	31	9	20	38	1.85
28067205--28067274	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
28067282--28067388	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
28074431--28074500	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
28074508--28074614	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
28078604--28078651	23	2.1	23	88	7	71	27	12	14	45	1.81
28083316--28083407	44	2.1	44	84	9	118	25	16	28	30	1.96
28108194--28108301	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
28111837--28112009	46	3.7	46	72	13	165	23	19	26	30	1.98
28111831--28112001	93	1.8	93	88	0	261	23	20	26	29	1.99
28113416--28113444	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
28115062--28115169	45	2.5	43	75	8	103	33	26	16	23	1.96
28119051--28119133	43	1.9	43	82	4	105	22	14	26	36	1.93
28123216--28123330	43	2.7	42	78	12	110	26	16	25	32	1.96
28128287--28128311	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
28129400--28129554	43	3.6	43	76	10	138	25	18	24	32	1.97
28139084--28139258	45	3.8	46	78	13	207	21	21	28	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28142215--28142283	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
28142206--28142293	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
28144671--28144846	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
28144667--28144838	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
28151899--28152118	40	5.6	40	92	2	347	25	30	20	23	1.99
28158162--28158202	20	2.0	20	100	0	82	51	9	9	29	1.67
28159210--28159241	11	2.9	11	100	0	64	28	0	53	18	1.45
28166178--28166215	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28166444--28166614	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
28166439--28166611	46	3.7	46	77	10	190	30	27	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325