genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65899762--65899827	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
65899762--65899835	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
65899786--65899843	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
65900000--65900058	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
65900145--65900214	27	2.6	26	80	6	77	40	17	20	22	1.92
65909748--65909908	71	2.3	69	93	6	290	18	27	17	36	1.94
65914449--65914505	28	2.1	28	86	3	80	33	22	10	33	1.88
65914605--65914691	27	3.2	27	77	9	81	19	21	25	33	1.97
65915753--65915786	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
65921128--65921160	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
65922219--65922283	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
65922390--65922478	27	3.2	28	79	7	101	19	22	24	33	1.97
65922399--65922489	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97
65929890--65929946	28	2.0	28	96	0	105	49	3	36	10	1.55
65932006--65932176	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65940039--65940209	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65942323--65942358	15	2.4	15	95	0	63	16	11	5	66	1.40
65948435--65948576	40	3.5	40	75	3	142	26	28	14	31	1.94
65952184--65952224	21	2.0	21	85	0	55	48	17	17	17	1.81
65958765--65958798	11	3.0	11	86	4	50	23	0	5	70	1.09
65958920--65958983	31	2.1	31	91	2	103	59	14	3	23	1.49
65965463--65965648	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65965463--65965681	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
65973572--65973755	78	2.3	82	83	9	247	24	21	27	27	1.99
65973572--65973755	40	4.7	40	87	6	243	24	21	27	27	1.99
65986121--65986196	33	2.3	34	84	4	93	31	21	21	26	1.98
65986698--65986743	19	2.5	17	80	19	56	21	36	28	13	1.91
65992229--65992269	6	6.8	6	88	0	64	14	2	14	68	1.32
65998887--65998959	35	2.1	35	97	0	137	34	13	9	42	1.77
66007852--66007987	46	3.0	45	74	8	132	29	30	19	20	1.97
66019052--66019211	29	5.5	30	86	8	213	27	25	13	33	1.93
66027109--66027253	47	3.1	47	88	2	213	32	11	29	26	1.92
66027136--66027211	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
66027212--66027358	50	3.0	50	93	3	244	37	8	24	29	1.84
66027508--66027616	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
66033225--66033254	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
66036799--66036900	3	34.3	3	85	5	136	31	3	0	64	1.11
66039862--66039968	42	2.5	42	95	0	187	28	14	33	23	1.93
66039976--66040045	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
66041719--66041773	24	2.3	23	81	9	65	52	3	1	41	1.29
66041733--66041780	24	2.0	24	100	0	96	50	4	4	41	1.41
66044742--66044774	12	2.8	12	100	0	66	0	15	66	18	1.25
66045380--66045439	21	2.8	21	81	16	70	73	5	3	18	1.16
66045390--66045439	23	2.2	22	86	10	66	76	4	4	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66047318--66047406	12	7.0	12	69	15	54	34	3	2	59	1.26
66047233--66047401	26	6.6	25	71	16	116	27	5	5	61	1.41
66049630--66049675	19	2.4	19	85	7	58	19	21	13	45	1.84
66055637--66055698	23	2.9	21	75	13	63	38	17	4	38	1.71
66062019--66062059	21	1.9	22	85	5	57	34	0	21	43	1.53
66065090--66065191	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
66072961--66073027	29	2.3	29	97	2	125	26	13	31	28	1.94
66072961--66073049	29	3.0	29	90	3	106	30	14	30	24	1.95
66075245--66075303	30	2.0	30	89	0	91	25	3	15	55	1.55
66077622--66077784	39	4.2	39	93	0	272	22	20	32	24	1.98
66077622--66077813	39	4.9	39	87	3	244	22	20	32	23	1.98
66077639--66077838	78	2.6	78	85	4	215	23	21	31	24	1.98
66077622--66077852	118	2.0	117	79	7	254	24	20	30	24	1.98
66083482--66083645	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
66083482--66083679	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	34	1.95
66088486--66088678	39	4.9	39	90	0	278	22	20	32	24	1.98
66090288--66090368	23	3.3	23	65	18	65	43	1	18	37	1.58
66090287--66090382	50	1.9	50	100	0	192	44	2	16	36	1.60
66092243--66092536	68	4.3	68	84	0	345	36	14	21	26	1.93
66094991--66095158	45	3.7	45	89	0	255	32	27	16	24	1.96
66094989--66095158	90	1.9	90	92	0	286	32	27	15	24	1.96
66097243--66097291	20	2.3	22	77	22	52	53	12	14	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66100617--66100660	19	2.4	19	85	7	56	52	0	6	40	1.28
66101806--66101848	20	2.2	20	87	4	61	23	16	32	27	1.96
66103611--66103680	27	2.5	28	86	2	97	27	14	27	31	1.95
66103635--66103692	27	2.1	27	81	6	64	31	13	22	32	1.93
66106859--66106914	27	2.1	27	96	0	103	14	17	12	55	1.69
66109735--66109918	40	4.6	40	76	4	138	22	24	29	23	1.99
66117814--66117997	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
66119911--66120000	29	3.2	29	81	12	107	30	15	28	25	1.96
66126595--66126647	18	2.9	18	80	20	65	77	1	15	5	1.04
66127805--66127896	29	3.2	28	85	3	112	32	16	28	22	1.96
66127807--66127886	28	2.8	28	88	1	106	33	15	27	23	1.94
66127805--66127909	29	3.7	29	79	7	106	29	16	31	22	1.96
66130119--66130170	23	2.3	23	77	12	54	38	1	30	28	1.68
66136600--66136747	41	3.6	41	79	7	167	23	22	27	26	1.99
66141021--66141072	23	2.3	23	77	12	54	38	1	30	28	1.68
66149235--66149267	12	2.8	12	100	0	66	24	27	33	15	1.95
66154189--66154222	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
66154941--66154990	10	5.0	10	83	7	66	66	0	10	24	1.22
66154995--66155035	14	3.2	13	86	10	57	63	7	2	26	1.33
66159093--66159131	21	2.0	20	85	14	55	76	0	15	7	0.99
66160464--66160536	29	2.5	29	95	0	128	36	16	24	21	1.94
66167783--66167828	18	2.6	17	80	10	56	76	0	13	10	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66169152--66169223	29	2.5	28	93	2	117	26	15	30	27	1.96
66169155--66169234	28	2.8	28	84	1	97	32	15	27	25	1.95
66175839--66175884	18	2.6	17	80	10	56	76	0	13	10	1.03
66177209--66177280	29	2.5	28	93	2	117	26	15	30	27	1.96
66177212--66177291	28	2.8	28	84	1	97	32	15	27	25	1.95
66183870--66183915	18	2.6	17	80	10	56	76	0	13	10	1.03
66185241--66185313	29	2.5	29	93	0	119	27	15	30	27	1.96
66187790--66187921	30	4.5	29	88	2	183	34	15	25	25	1.94
66187790--66187921	59	2.2	59	90	0	201	34	15	25	25	1.94
66193930--66194058	46	2.8	46	95	0	222	30	28	20	20	1.98
66196157--66196205	24	2.0	24	100	0	98	32	8	12	46	1.71
66202158--66202311	42	3.6	42	85	3	202	29	24	16	29	1.97
66208103--66208279	50	3.5	50	89	0	255	37	16	20	24	1.94
66208257--66208403	31	4.7	31	92	0	222	27	20	25	25	1.99
66208425--66208589	42	3.6	48	80	9	175	29	15	26	29	1.96
66208425--66208596	49	3.7	47	80	11	178	29	15	26	29	1.96
66208517--66208613	42	2.3	42	90	0	149	31	14	25	27	1.95
66213408--66213584	50	3.5	50	88	0	264	36	16	21	24	1.94
66213560--66213708	31	4.8	31	89	0	217	28	19	26	25	1.99
66213819--66213983	42	3.7	43	77	9	147	29	13	25	30	1.94
66224595--66224630	18	2.0	18	100	0	72	27	11	16	44	1.82
66228058--66228193	18	7.1	18	68	17	85	41	14	10	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66228309--66228433	53	2.4	53	83	0	160	43	19	18	19	1.89
66229151--66229189	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
66230517--66230592	20	3.9	20	88	8	104	36	10	19	32	1.86
66230537--66230592	11	5.5	11	71	16	57	37	12	19	30	1.89
66230642--66230790	26	5.8	26	88	2	203	28	23	20	26	1.99
66230934--66231026	42	2.2	42	94	0	159	26	13	20	38	1.90
66231050--66231128	31	2.5	31	95	0	140	26	17	26	29	1.98
66236680--66236753	18	4.1	18	82	0	58	35	13	10	40	1.80
66236760--66236833	18	4.1	18	76	10	78	45	14	8	31	1.74
66236943--66237073	53	2.4	53	81	10	138	46	19	16	18	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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