genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7539178--7539258	24	3.5	23	73	21	71	60	8	4	25	1.46
7539151--7539279	26	5.3	24	72	17	72	58	8	5	27	1.50
7539507--7539542	17	2.1	17	89	0	54	61	0	0	38	0.96
7539490--7539541	24	2.1	24	89	10	79	55	0	1	42	1.10
7539986--7540011	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7541021--7541045	13	1.9	13	100	0	50	8	4	0	88	0.64
7543239--7543273	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7544575--7544658	40	2.1	40	82	8	100	38	17	27	16	1.92
7544757--7544815	15	4.0	15	80	4	57	50	32	0	16	1.46
7544732--7544801	36	1.9	36	88	0	104	52	28	0	18	1.45
7544922--7544978	7	8.0	7	76	3	51	24	1	26	47	1.62
7544922--7544981	15	4.1	15	74	8	61	23	1	28	46	1.62
7551200--7551255	27	2.1	27	83	6	69	10	26	30	32	1.90
7553073--7553218	44	3.4	43	79	15	153	32	27	15	25	1.95
7553061--7553234	85	2.1	84	82	11	205	32	28	14	25	1.94
7553073--7553229	42	3.6	44	77	10	155	29	28	15	26	1.96
7553073--7553240	44	3.9	42	77	8	142	31	29	14	24	1.95
7556265--7556326	23	2.6	24	77	12	65	61	4	3	30	1.33
7562608--7562892	136	2.1	136	96	0	525	31	24	18	25	1.97
7562899--7562946	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
7563139--7563192	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
7564671--7564753	26	3.2	26	93	1	141	36	25	4	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7568509--7568793	136	2.1	136	98	0	552	31	25	18	24	1.98
7568800--7568844	20	2.2	21	84	11	58	33	51	2	13	1.53
7569039--7569091	26	2.0	27	82	7	65	24	15	24	35	1.94
7570569--7570652	26	3.2	26	91	0	141	36	23	4	34	1.76
7571995--7572049	29	1.9	28	85	3	74	23	10	10	54	1.67
7585876--7585940	29	2.2	30	81	10	80	52	1	7	38	1.40
7588631--7588670	16	2.5	16	84	8	55	25	0	2	72	0.97
7588773--7588806	16	2.1	16	88	0	50	32	5	2	58	1.37
7591678--7591707	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7596801--7596849	17	2.9	16	80	11	62	53	24	0	22	1.47
7597076--7597115	20	2.0	21	90	5	64	57	0	2	40	1.12
7597273--7597308	19	2.0	17	89	10	54	72	0	0	27	0.85
7606100--7606152	22	2.4	22	96	0	97	39	15	15	30	1.87
7606461--7606557	51	1.9	51	91	0	158	28	26	19	24	1.99
7606527--7606680	43	3.6	43	79	1	148	29	27	18	24	1.98
7613263--7613321	25	2.4	25	94	0	100	28	23	28	18	1.98
7613854--7613944	44	2.1	42	86	8	121	19	31	25	23	1.98
7613750--7614071	149	2.2	148	94	2	569	22	29	24	23	1.99
7614752--7614815	21	3.0	21	74	17	53	73	0	23	3	0.97
7614760--7614797	17	2.2	18	86	9	53	78	0	18	2	0.86
7616854--7616897	19	2.3	19	92	0	70	52	25	9	13	1.70
7617012--7617053	22	1.9	22	85	0	57	61	21	2	14	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7622386--7622492	26	4.2	26	93	2	189	37	26	5	30	1.79
7622386--7622492	51	2.1	52	98	1	207	37	26	5	30	1.79
7623123--7623195	21	3.6	19	78	10	65	47	1	0	50	1.09
7624261--7624329	32	2.1	33	84	7	88	30	5	40	23	1.78
7625369--7625415	17	2.7	18	78	15	53	53	0	12	34	1.39
7626259--7626429	43	4.0	44	76	13	151	27	12	26	33	1.93
7628641--7628816	39	4.5	39	88	1	255	14	25	23	37	1.92
7644443--7644506	23	2.9	23	75	11	80	35	23	20	20	1.96
7649722--7649820	40	2.4	40	81	6	108	27	18	25	29	1.98
7651788--7651842	20	2.7	20	82	2	65	41	1	1	54	1.21
7652765--7652804	19	2.2	18	86	13	55	30	22	0	47	1.52
7652910--7652991	23	3.6	23	94	0	146	47	39	3	9	1.54
7653195--7653233	18	2.2	18	85	0	51	35	17	0	46	1.49
7660083--7660161	31	2.6	30	81	2	95	24	12	7	55	1.62
7660483--7660565	42	2.0	43	83	11	109	51	6	9	32	1.59
7666080--7666145	31	2.1	31	91	0	105	53	21	10	15	1.72
7666852--7666880	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
7671940--7672096	9	17.7	9	81	3	167	33	0	20	45	1.56
7672367--7672433	29	2.3	28	85	7	89	56	0	0	43	0.99
7674957--7675034	39	2.0	38	92	2	129	41	3	15	39	1.65
7676263--7676423	75	2.2	75	81	9	181	30	14	19	34	1.92
7676149--7676562	188	2.2	190	84	5	536	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7676669--7676703	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
7676792--7676824	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
7677482--7677583	28	3.5	27	69	19	71	26	28	19	25	1.99
7677483--7677610	60	2.1	59	83	9	152	27	25	20	27	1.99
7679998--7680040	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
7680094--7680118	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
7681533--7681619	27	3.2	26	79	7	93	37	24	21	16	1.93
7681722--7681795	26	2.7	27	87	4	96	32	6	21	39	1.80
7683214--7683323	26	4.2	26	94	2	177	36	23	5	34	1.78
7683739--7683781	21	2.0	21	95	0	77	30	0	23	46	1.52
7683823--7683878	29	1.9	29	82	7	69	23	5	25	46	1.73
7683886--7683926	21	2.0	21	90	9	66	21	2	26	48	1.63
7685403--7685494	45	2.0	45	100	0	184	41	15	10	32	1.82
7693044--7693094	25	2.0	25	100	0	102	25	15	19	39	1.91
7703210--7703270	18	3.4	18	76	0	77	40	18	6	34	1.76
7704583--7704622	5	7.6	5	89	10	62	57	0	0	42	0.98
7704616--7704661	20	2.2	21	85	11	60	41	4	2	52	1.33
7708464--7708510	17	2.8	16	73	20	51	59	4	4	31	1.36
7708602--7708636	16	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
7709298--7709348	24	2.2	23	92	3	84	21	7	15	54	1.66
7710137--7710197	9	6.3	9	76	12	59	62	1	0	36	1.05
7710135--7710197	20	3.2	19	88	6	90	61	1	0	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7716344--7716382	19	2.0	20	85	5	53	41	0	10	48	1.37
7721187--7721244	27	2.1	27	87	6	82	13	12	25	48	1.77
7723754--7723785	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
7741774--7741841	36	1.9	35	85	14	95	29	10	22	38	1.87
7750451--7750503	24	2.2	24	100	0	106	16	37	37	7	1.78
7752928--7753021	39	2.4	39	82	5	111	25	29	22	22	1.99
7754940--7755003	24	2.7	22	77	20	67	54	3	0	42	1.16
7761020--7761154	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
7762656--7762686	16	1.9	16	93	0	53	0	35	9	54	1.33
7763055--7763099	20	2.3	18	82	17	54	53	2	0	44	1.13
7780391--7780429	19	2.1	19	85	4	53	38	0	7	53	1.30
7784780--7784811	15	2.1	15	100	0	64	25	31	0	43	1.55
7785520--7785550	14	2.1	15	94	5	55	16	12	9	61	1.56
7791484--7791521	19	2.0	20	84	5	51	36	21	5	36	1.76
7791765--7791844	17	4.6	17	69	23	60	55	5	2	37	1.35
7792347--7792383	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
7796028--7796146	47	2.5	47	80	16	140	28	15	30	25	1.96
7796029--7796345	46	6.7	50	74	12	219	26	19	29	23	1.98
7800433--7800502	28	2.5	28	85	0	104	28	25	10	35	1.88
7802836--7802935	49	2.0	49	96	0	182	40	19	16	25	1.91
7805569--7805637	33	2.1	33	100	0	138	34	11	15	37	1.84
7805905--7805944	20	2.0	20	100	0	80	35	30	15	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7814050--7814108	30	2.0	30	93	0	100	54	11	5	28	1.58
7814997--7815032	12	2.9	12	95	4	63	83	8	2	5	0.89
7815221--7815269	24	2.1	24	88	7	75	38	4	20	36	1.72
7815229--7815279	24	2.1	24	92	0	84	27	3	23	45	1.70
7815221--7815279	24	2.6	22	82	10	73	33	3	23	38	1.72
7815755--7815790	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
7815881--7815907	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7816002--7816044	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
7816149--7816180	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
7816192--7816223	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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