genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  65  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17472833--17472901	35	2.0	35	83	11	88	37	1	4	56	1.28
17473038--17473142	43	2.4	43	88	0	156	21	21	28	27	1.99
17476160--17476188	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
17483153--17483282	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
17483158--17483301	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
17485669--17485757	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
17485669--17485748	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
17485680--17485757	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
17488670--17488799	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
17488675--17488818	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
17491660--17491810	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
17491697--17491826	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
17491659--17491826	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
17499681--17499831	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
17499718--17499847	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
17499680--17499847	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
17504688--17504778	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
17504752--17505036	47	6.1	47	93	0	437	26	29	10	33	1.90
17504864--17504941	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
17508860--17509016	28	5.5	28	75	6	136	29	29	19	21	1.97
17508887--17508988	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
17508860--17509020	57	2.8	57	90	0	232	29	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509048--17509372	40	8.4	40	92	6	553	26	27	20	25	1.99
17509026--17509372	115	3.0	117	90	6	555	26	26	21	25	1.99
17510955--17511199	47	5.2	47	95	0	418	26	28	11	33	1.90
17511027--17511104	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
17511005--17511126	23	5.3	22	62	30	58	25	30	13	31	1.93
17514880--17514940	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
17520962--17521005	21	2.1	21	95	0	79	34	9	11	45	1.72
17530328--17530498	43	4.0	43	90	0	261	28	27	18	25	1.98
17531526--17531573	25	1.9	25	83	8	62	52	18	2	27	1.57
17532486--17532516	15	2.1	15	93	0	53	67	9	6	16	1.39
17538558--17538639	41	2.0	41	100	0	164	29	19	21	29	1.98
17546295--17546423	46	2.8	46	90	0	195	27	28	23	20	1.99
17550648--17550930	51	5.6	51	77	8	253	32	22	18	26	1.97
17550648--17550934	101	2.9	101	88	0	423	31	22	19	26	1.98
17558183--17558419	49	4.8	49	76	6	194	29	26	17	26	1.98
17575769--17575910	43	3.3	42	79	10	153	32	24	15	27	1.95
17581302--17581499	27	7.3	27	86	2	236	28	23	8	39	1.83
17581302--17581499	81	2.4	81	88	1	281	28	23	8	39	1.83
17581491--17581681	27	7.1	26	79	10	147	39	22	10	27	1.87
17581498--17581653	54	2.9	54	84	3	172	39	20	10	28	1.86
17581531--17581680	81	1.9	81	87	5	223	41	22	8	28	1.83
17581531--17581738	54	3.8	54	81	4	186	41	20	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17581556--17581744	27	6.9	27	77	9	96	40	19	8	30	1.82
17582672--17582740	25	2.8	25	89	6	97	23	27	24	24	2.00
17582672--17582767	25	4.0	23	84	9	86	26	25	23	25	2.00
17582887--17582978	42	2.2	42	92	0	157	31	15	20	32	1.94
17583002--17583109	31	3.5	31	94	0	189	27	17	25	28	1.98
17583992--17584135	42	3.4	41	88	2	189	29	14	22	32	1.94
17583992--17584190	84	2.3	84	81	4	204	29	14	23	32	1.94
17589641--17589672	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
17596836--17597114	50	5.6	50	79	4	253	31	26	17	25	1.97
17600037--17600081	22	2.2	20	84	8	54	15	35	22	26	1.94
17605885--17605928	17	2.5	17	85	10	54	68	2	4	25	1.20
17605970--17606029	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
17612710--17612892	40	4.5	41	86	2	230	25	19	27	28	1.98
17612750--17612906	81	1.9	81	90	2	253	24	19	27	29	1.98
17620854--17620995	40	3.5	40	91	0	230	23	21	29	26	1.99
17620848--17620995	80	1.9	80	95	0	269	22	21	30	25	1.99
17624458--17624509	26	2.0	26	100	0	104	38	15	3	42	1.65
17629998--17630034	17	2.2	17	95	0	65	51	2	10	35	1.51
17637286--17637380	29	3.3	29	81	7	113	24	10	31	33	1.89
17641563--17641610	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17641653--17641713	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
17641763--17641905	24	6.0	24	87	4	191	28	23	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17641763--17641905	47	3.0	48	87	5	191	28	23	21	25	1.99
17641763--17641904	71	2.0	72	86	4	198	28	23	21	25	1.99
17642097--17642160	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
17644385--17644558	93	1.9	93	93	2	305	28	27	20	22	1.99
17644331--17644549	46	4.7	46	78	9	248	30	28	19	21	1.98
17656259--17656416	43	3.7	43	80	10	180	31	25	17	25	1.97
17657459--17657836	196	1.9	196	83	4	494	34	18	11	34	1.88
17659896--17660036	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
17659913--17660064	27	5.7	27	88	0	189	41	20	7	30	1.79
17659907--17660064	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
17659913--17660136	54	4.2	54	77	6	204	40	20	8	30	1.82
17659913--17660136	81	2.8	80	77	7	202	40	20	8	30	1.82
17660048--17660122	27	2.8	27	83	4	98	41	21	10	26	1.86
17660114--17660432	27	11.8	27	87	2	399	28	22	8	40	1.83
17660384--17660609	27	8.3	27	75	10	138	38	19	9	33	1.84
17660426--17660661	54	4.4	54	68	14	144	39	19	10	30	1.85
17660411--17660635	81	2.7	83	75	6	226	38	20	9	32	1.84
17660666--17660729	27	2.4	27	86	2	85	31	18	28	21	1.97
17661979--17662049	9	7.0	11	72	18	73	35	9	19	35	1.85
17661969--17662051	20	4.2	20	92	0	139	34	10	20	33	1.87
17662105--17662271	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
17662105--17662271	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17662105--17662270	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
17662458--17662539	31	2.6	31	98	0	155	41	13	20	24	1.88
17665226--17665356	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
17673184--17673306	29	4.2	29	87	3	158	32	14	28	24	1.95
17676470--17676610	27	5.3	26	85	1	138	41	19	7	31	1.78
17676487--17676638	27	5.7	27	88	0	189	41	20	7	30	1.79
17676481--17676638	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
17676487--17676709	54	4.2	54	78	6	213	40	20	8	30	1.82
17676487--17676709	81	2.8	80	77	8	202	40	20	8	30	1.82
17676622--17676695	27	2.8	27	87	6	107	40	21	10	27	1.86
17676687--17677005	27	11.8	27	88	1	424	28	23	8	39	1.84
17676876--17677180	27	11.2	27	78	10	102	35	20	9	34	1.86
17676999--17677235	54	4.4	54	68	13	144	39	19	10	30	1.86
17676930--17677182	27	9.3	27	75	8	127	36	19	9	33	1.85
17677240--17677304	27	2.4	27	84	5	78	30	18	27	23	1.97
17678477--17678524	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17678568--17678626	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
17678678--17678778	22	4.4	23	78	19	106	30	18	23	26	1.98
17678678--17678799	22	5.3	22	75	17	74	29	19	24	26	1.99
17678989--17679052	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
17680175--17680238	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
17680430--17680548	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17680430--17680548	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
17680599--17680658	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
17680701--17680748	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17688474--17688537	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
17688743--17688847	24	4.4	24	89	6	151	25	24	20	28	1.99
17688743--17688847	47	2.2	48	91	6	169	25	24	20	28	1.99
17688898--17688957	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
17689000--17689047	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
17694274--17694317	16	2.6	17	82	3	54	45	11	0	43	1.40
17697373--17697427	25	2.2	24	83	3	65	30	23	18	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325