genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19144485--19144553	35	2.0	35	82	5	86	31	14	14	39	1.86
19149117--19149330	27	7.9	27	77	3	171	41	17	14	26	1.87
19149136--19149330	54	3.6	54	78	2	221	42	16	13	27	1.86
19149136--19149328	81	2.4	81	79	1	208	41	17	13	27	1.86
19156769--19156945	49	3.6	49	82	1	246	24	17	28	29	1.97
19161213--19161252	20	2.1	19	86	9	55	55	17	25	2	1.55
19165782--19165921	27	5.2	28	89	5	184	34	22	25	18	1.96
19167533--19167642	26	4.2	26	91	3	168	35	25	4	34	1.77
19183241--19183370	47	2.8	46	74	13	124	26	19	30	24	1.98
19187356--19187568	105	2.0	105	96	0	390	36	15	18	29	1.92
19188165--19188281	31	3.8	31	80	2	119	31	18	6	42	1.77
19195429--19195498	25	2.8	24	82	8	86	41	12	15	30	1.85
19198259--19198337	27	2.9	27	71	3	79	21	26	15	36	1.93
19211121--19211193	27	2.7	26	78	4	74	27	26	12	34	1.92
19211345--19211430	45	1.9	45	82	0	109	26	18	11	43	1.84
19219574--19219722	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19219615--19219722	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19227675--19227823	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19227716--19227823	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19235749--19235897	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19235790--19235897	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19246581--19246644	31	2.1	31	100	0	128	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19258279--19258388	46	2.4	44	79	10	125	35	22	16	25	1.95
19259149--19259177	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
19265507--19265617	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
19266380--19266408	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
19268270--19268395	44	2.9	43	81	8	123	35	25	17	21	1.95
19271137--19271325	39	4.9	39	94	3	319	22	31	21	24	1.98
19271137--19271326	76	2.4	78	92	2	321	22	32	21	24	1.98
19283257--19283437	39	4.6	39	90	2	247	22	31	22	23	1.98
19283287--19283437	77	1.9	79	91	2	252	22	31	21	23	1.98
19283287--19283437	39	3.9	39	93	2	250	22	31	21	23	1.98
19286805--19287085	48	5.9	48	96	0	508	33	6	29	30	1.82
19287228--19287328	37	2.7	37	96	0	184	23	19	32	23	1.98
19289395--19289498	45	2.4	44	84	10	126	25	29	18	26	1.98
19290863--19290961	28	3.4	28	68	20	76	27	28	18	26	1.98
19290863--19290997	60	2.2	59	83	8	157	26	25	19	28	1.98
19293418--19293512	47	2.0	46	91	2	154	43	13	13	29	1.83
19297165--19297224	29	2.1	29	96	0	111	16	5	13	65	1.44
19297714--19297738	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19300656--19300734	5	15.2	5	76	17	65	75	1	2	20	0.98
19300656--19300729	17	4.6	16	77	15	73	75	1	2	20	1.00
19320108--19320137	13	2.3	13	100	0	60	50	13	6	30	1.67
19327917--19327970	25	2.0	26	89	10	83	35	16	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19334409--19334511	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
19339737--19339822	40	2.2	40	95	0	154	32	6	12	47	1.68
19343631--19343716	18	4.8	18	74	7	77	43	20	18	17	1.89
19346246--19346270	13	1.9	13	100	0	50	24	44	24	8	1.80
19348737--19348784	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
19352674--19352721	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
19352745--19352827	42	2.0	42	90	0	130	28	12	15	43	1.83
19353464--19353520	18	3.2	18	82	2	62	19	22	21	36	1.95
19361994--19362022	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
19367332--19367426	29	3.3	28	84	7	118	23	25	32	18	1.97
19367429--19367466	20	1.9	20	94	0	67	7	15	42	34	1.76
19368801--19368839	19	2.1	19	85	4	53	35	0	17	46	1.49
19375491--19375797	47	6.6	46	80	13	280	28	19	29	22	1.98
19376921--19376965	21	2.1	22	91	4	74	8	26	28	35	1.87
19393146--19393328	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
19393125--19393328	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
19394792--19394820	14	2.1	14	100	0	58	41	6	31	20	1.79
19408253--19408440	29	6.5	29	85	4	229	26	30	16	26	1.97
19423855--19423950	32	3.0	32	87	6	140	42	21	12	22	1.87
19433730--19433758	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
19439695--19439736	22	1.9	22	90	0	66	14	21	2	61	1.43
19458634--19458779	61	2.4	60	85	3	177	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19462432--19462538	50	2.1	50	81	6	128	33	12	28	25	1.92
19462400--19462538	25	5.6	25	76	10	106	32	16	26	24	1.96
19467039--19467107	34	2.0	34	97	0	129	27	26	13	33	1.93
19467488--19467591	51	2.0	51	87	3	147	41	16	6	35	1.75
19473327--19473639	47	6.7	46	76	13	266	24	30	17	28	1.97
19473333--19473640	94	3.3	94	82	9	355	25	29	16	28	1.97
19475927--19475962	18	2.0	18	94	0	63	30	22	5	41	1.76
19482626--19482801	50	3.7	47	78	10	155	26	28	16	28	1.97
19482771--19482944	46	3.7	46	78	6	190	23	30	20	25	1.98
19482771--19482944	94	1.9	92	83	7	226	23	30	20	25	1.98
19489851--19489958	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
19491095--19491132	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
19494986--19495048	27	2.3	28	79	12	69	47	1	3	47	1.27
19501663--19501700	11	3.3	12	85	10	53	63	0	0	36	0.95
19501956--19501996	21	2.0	21	100	0	82	34	0	36	29	1.58
19510926--19510957	13	2.3	15	89	10	50	71	3	0	25	1.00
19511038--19511142	48	2.1	51	85	10	144	40	5	20	32	1.76
19511241--19511276	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19513052--19513108	30	1.9	30	82	3	71	31	7	14	47	1.70
19514076--19514101	6	4.3	6	100	0	52	19	0	50	30	1.48
19514076--19514110	18	1.9	18	88	0	52	20	2	48	28	1.63
19518779--19518824	17	2.7	17	83	6	58	43	23	0	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19518779--19518858	36	2.3	35	81	12	85	42	22	2	32	1.67
19520352--19520390	16	2.4	16	80	16	53	33	38	0	28	1.57
19527139--19527349	117	1.8	117	87	4	318	43	23	9	23	1.84
19529879--19529914	15	2.3	16	90	4	56	72	0	0	27	0.85
19530111--19530137	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19530395--19530436	21	2.1	20	86	8	59	52	0	2	45	1.13
19532629--19532666	17	2.3	17	86	4	51	47	0	10	42	1.38
19550431--19550628	40	5.3	36	74	10	155	32	23	19	24	1.97
19550414--19550654	75	3.2	76	87	2	310	34	21	19	24	1.97
19550772--19550808	13	2.8	13	95	0	65	35	2	21	40	1.68
19551566--19551612	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
19554934--19555015	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
19558940--19559057	46	2.5	46	75	5	112	31	18	27	22	1.97
19559554--19559625	35	2.1	35	89	5	110	27	23	11	37	1.89
19564783--19564854	35	2.1	35	89	5	110	27	23	11	37	1.89
19569448--19569479	15	2.0	17	88	11	50	25	21	21	31	1.98
19572702--19572821	46	2.6	46	83	2	141	29	19	27	24	1.98
19572858--19572971	49	2.3	49	78	3	122	30	22	28	18	1.97
19575419--19575639	46	4.8	46	85	9	306	28	29	20	20	1.98
19575473--19575643	93	1.8	93	97	0	324	28	29	21	21	1.98
19578016--19578104	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
19578016--19578098	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19578027--19578104	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
19581052--19581222	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19581044--19581219	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
19583670--19583696	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
19587082--19587137	4	13.5	4	77	7	58	16	3	1	78	0.97
19593483--19593554	26	2.8	25	83	4	81	38	12	18	30	1.87
19593895--19593940	21	2.1	22	88	4	67	6	17	15	60	1.55
19599401--19599449	20	2.5	19	76	6	53	34	0	4	61	1.15
19603655--19603685	15	2.1	15	100	0	62	45	6	9	38	1.63
19603912--19603948	15	2.4	16	90	4	58	48	2	0	48	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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