genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75889776--75889823	22	2.2	22	92	3	80	50	2	10	37	1.49
75891099--75891128	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
75894048--75894139	44	2.1	44	83	4	114	31	23	21	22	1.98
75895221--75895268	4	11.5	4	82	8	60	0	29	0	70	0.87
75895221--75895254	9	3.9	9	96	3	61	0	23	0	76	0.79
75895222--75895262	13	3.2	13	83	13	57	0	24	0	75	0.80
75900602--75900727	61	2.1	60	82	4	146	35	6	18	39	1.76
75901275--75901320	24	1.9	24	95	0	83	36	6	17	39	1.76
75901274--75901326	24	2.2	24	86	0	79	32	5	16	45	1.71
75901564--75901601	14	2.8	13	92	7	67	39	0	0	60	0.97
75904772--75904844	31	2.3	32	81	6	87	46	8	17	27	1.76
75906455--75906498	23	2.0	22	81	4	52	47	2	4	45	1.35
75907902--75907945	20	2.2	20	83	0	52	6	6	13	72	1.25
75907964--75908006	22	2.0	22	90	0	68	23	13	6	55	1.62
75908190--75908219	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
75914153--75914206	21	2.6	21	82	8	74	29	24	9	37	1.86
75919868--75920114	121	2.0	121	92	0	413	32	13	18	35	1.90
75922621--75922670	24	2.1	24	100	0	100	48	4	16	32	1.64
75922706--75922780	26	2.9	26	78	7	89	42	6	17	33	1.75
75932174--75932204	16	1.9	16	100	0	62	51	9	6	32	1.60
75932806--75932942	55	2.4	56	82	7	145	59	2	32	5	1.31
75936766--75936836	27	2.6	27	84	0	88	25	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75938233--75938262	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
75943537--75943789	17	14.9	17	69	4	107	43	22	7	25	1.80
75946096--75946125	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
75955985--75956054	26	2.7	26	86	0	95	30	12	25	31	1.93
75959770--75959839	30	2.3	30	82	4	88	24	31	12	31	1.93
75959828--75960017	30	6.4	29	77	12	122	21	25	13	40	1.89
75959887--75960078	30	6.4	30	79	9	169	22	24	13	40	1.89
75959864--75960048	89	2.1	89	86	8	252	21	24	13	40	1.89
75959823--75960078	119	2.1	120	89	2	381	22	24	12	39	1.89
75963492--75963559	32	2.1	32	100	0	136	50	16	0	33	1.45
75966521--75966566	23	2.0	22	83	4	56	45	30	17	6	1.73
75971520--75971642	63	2.0	63	95	0	219	43	17	9	30	1.81
75973811--75973977	46	3.6	46	82	7	196	24	29	19	26	1.98
75973811--75973980	94	1.8	92	83	8	229	24	29	19	26	1.98
75992640--75992690	12	4.3	12	85	14	79	50	23	7	17	1.72
75992645--75992700	23	2.5	23	97	2	105	48	26	7	17	1.73
75992645--75992700	12	5.0	10	81	18	58	48	26	7	17	1.73
75993240--75993386	43	3.4	44	74	13	128	32	25	15	25	1.96
75995110--75995140	14	2.3	13	94	5	53	74	0	0	25	0.82
76001527--76001585	29	2.0	29	93	0	100	52	8	22	16	1.70
76003824--76003912	43	2.1	43	97	0	169	30	7	29	32	1.86
76006499--76006665	47	3.6	46	73	9	144	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76006460--76006668	91	2.3	91	88	0	301	23	29	18	28	1.98
76012821--76012858	19	2.0	19	94	0	67	7	21	39	31	1.82
76014058--76014415	47	7.7	45	75	13	273	24	29	18	27	1.98
76014058--76014412	91	3.8	90	83	6	376	24	29	18	27	1.98
76017152--76017214	19	3.3	19	68	12	56	42	0	17	39	1.49
76017139--76017216	39	2.0	39	97	0	147	44	0	19	35	1.51
76017663--76017708	22	2.0	23	87	4	67	47	2	2	47	1.26
76027124--76027161	20	1.9	19	89	5	58	50	2	18	28	1.61
76027123--76027167	20	2.2	20	80	7	56	48	2	17	31	1.59
76028897--76029068	52	3.2	52	77	11	161	33	27	14	23	1.94
76034181--76034220	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
76034946--76034979	17	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
76040334--76040453	43	2.8	43	89	1	170	32	30	15	20	1.94
76041160--76041827	23	29.2	23	73	12	385	38	22	4	33	1.74
76041138--76041702	115	4.9	114	74	10	424	38	22	4	33	1.75
76041160--76041701	206	2.6	206	89	2	822	38	23	4	33	1.75
76042161--76042244	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
76043844--76043930	27	3.3	26	85	6	104	16	21	24	37	1.93
76047847--76047956	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
76049570--76049653	27	3.1	26	84	5	96	16	21	23	38	1.93
76050560--76050753	23	8.5	23	78	7	189	41	22	3	32	1.69
76054930--76054982	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76055319--76055419	43	2.3	43	81	10	107	24	0	23	50	1.55
76055402--76055432	14	2.2	14	100	0	62	25	0	12	61	1.32
76055860--76056012	40	3.8	40	86	2	200	28	18	20	32	1.96
76060792--76060877	43	2.0	43	84	8	113	27	30	17	24	1.97
76070533--76070562	15	1.9	16	93	6	53	76	0	6	16	0.99
76070536--76070617	35	2.3	34	78	12	85	68	1	7	23	1.22
76073312--76073348	17	2.2	17	95	0	65	48	18	10	21	1.78
76094402--76094521	21	5.7	21	82	0	114	15	21	15	47	1.82
76094418--76094534	42	2.8	42	81	0	117	15	21	17	46	1.84
76104567--76104620	20	2.7	19	77	8	54	72	3	0	24	1.01
76107133--76107173	22	1.9	21	85	5	55	63	24	12	0	1.28
76107161--76107197	16	2.2	18	85	9	51	75	13	10	0	1.04
76109409--76110063	132	4.9	132	78	4	588	27	19	18	34	1.95
76111596--76111645	19	2.6	19	87	6	66	22	22	14	42	1.88
76111597--76111657	24	2.5	24	86	5	79	22	24	14	37	1.92
76111611--76111665	24	2.2	24	93	3	92	20	21	16	41	1.90
76111613--76111651	19	2.1	19	100	0	78	20	23	15	41	1.90
76114218--76114295	15	5.3	14	79	15	86	78	0	19	2	0.87
76114224--76114301	5	15.6	5	75	18	65	76	0	20	2	0.90
76114216--76114300	9	9.5	8	72	20	62	78	0	18	2	0.85
76115536--76116523	44	22.4	44	88	0	1384	28	16	32	22	1.96
76115536--76116523	441	2.2	441	90	1	1566	28	16	32	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76119476--76120132	131	5.0	131	78	4	570	27	19	18	34	1.95
76121664--76121710	19	2.5	19	86	6	60	21	21	14	42	1.88
76121665--76121725	24	2.5	24	84	5	70	22	22	14	39	1.91
76121681--76121719	19	2.1	19	95	0	69	20	20	15	43	1.88
76121679--76121733	24	2.2	24	90	3	83	20	20	16	43	1.88
76124279--76124361	15	5.6	14	80	16	96	79	0	19	1	0.80
76124281--76124366	9	9.4	9	76	13	70	79	0	19	1	0.80
76124290--76124367	5	15.6	5	76	18	74	76	0	21	1	0.85
76125602--76126590	44	22.4	44	89	0	1438	28	17	31	21	1.96
76125602--76126590	221	4.5	221	90	0	1534	28	17	31	21	1.96
76125602--76126611	265	3.8	263	87	1	1421	28	17	32	21	1.96
76129546--76130203	132	5.0	131	78	4	572	27	18	18	34	1.95
76134668--76134702	5	6.6	5	93	6	52	82	0	0	17	0.66
76134668--76134702	11	3.2	11	88	11	54	82	0	0	17	0.66
76136053--76136136	43	2.0	43	87	0	123	25	17	28	28	1.98
76143208--76143298	35	2.6	35	96	0	164	35	27	8	28	1.87
76150624--76150795	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
76150629--76150795	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
76155719--76155823	25	4.2	26	92	4	180	37	25	5	31	1.80
76155719--76155823	51	2.1	50	98	1	201	37	25	5	31	1.80
76162756--76162852	24	4.0	25	94	5	173	37	22	7	32	1.82
76165785--76165890	25	4.2	26	92	4	189	36	25	6	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76165785--76165890	51	2.1	51	94	3	187	36	25	6	31	1.82
76172839--76172946	26	4.2	26	92	0	180	35	25	6	33	1.81
76174805--76174872	23	3.2	21	76	10	66	35	25	22	17	1.95
76174860--76174919	30	2.0	30	90	6	95	28	28	20	23	1.99
76175134--76175194	20	3.2	20	69	21	67	42	16	0	40	1.48
76175123--76175197	37	2.0	37	97	0	141	41	16	1	41	1.56
76175123--76175183	17	3.1	21	66	22	60	37	19	1	40	1.62
76175133--76175193	21	3.1	21	68	22	69	40	16	0	42	1.48
76175379--76175414	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
76176169--76176226	3	19.3	3	76	13	57	65	1	0	32	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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