Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  195  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60054499--60054547
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
60055370--60055536
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
60057748--60057790
22
1.9
23
90
4
70
53
4
0
41
1.21
60062503--60062555
20
2.8
20
81
13
67
77
1
15
5
1.04
60063713--60063805
29
3.2
29
87
0
123
33
16
27
22
1.95
60063713--60063818
29
3.7
29
82
5
115
30
16
31
22
1.95
60068230--60068300
27
2.6
27
75
4
72
36
26
7
29
1.83
60068284--60068406
54
2.3
53
91
1
192
42
19
7
30
1.78
60068284--60068406
27
4.6
27
83
4
160
42
19
7
30
1.78
60068284--60068432
53
2.8
53
84
5
149
41
18
9
30
1.82
60068389--60068450
27
2.3
27
91
0
97
40
16
16
27
1.89
60068284--60068452
80
2.1
81
82
7
202
40
18
11
30
1.85
60069071--60069165
26
3.5
28
87
9
135
45
26
7
21
1.77
60072495--60072597
29
3.6
29
75
0
89
24
16
33
25
1.96
60079159--60079356
50
4.0
50
78
2
218
29
11
18
39
1.86
60079158--60079381
100
2.2
100
83
2
270
31
12
18
38
1.87
60082914--60083303
69
5.6
71
77
6
244
35
21
15
28
1.93
60083105--60083303
71
2.8
71
79
1
222
34
22
15
27
1.94
60087787--60087848
25
2.5
25
94
0
115
24
24
22
29
1.99
60097922--60098088
42
4.0
42
79
4
149
29
23
15
30
1.96
60100945--60101043
40
2.5
39
84
11
114
24
26
30
19
1.98
60109049--60109196
40
3.7
40
90
5
212
22
26
29
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60109005--60109228
40
5.6
39
81
6
175
25
24
27
22
2.00
60109006--60109237
80
2.9
77
77
9
209
24
24
28
22
2.00
60109089--60109268
80
2.2
80
81
1
191
21
26
29
22
1.99
60121963--60122104
29
4.9
29
68
13
121
29
25
19
25
1.99
60121897--60122104
58
3.6
58
92
0
337
27
27
19
25
1.99
60122148--60122356
43
4.9
43
96
0
373
32
32
22
13
1.92
60122349--60122511
40
3.9
43
75
8
142
25
27
22
24
2.00
60125291--60125315
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
60131785--60131816
16
2.0
16
93
0
55
50
28
6
15
1.68
60140421--60140457
16
2.4
15
86
8
56
51
24
21
2
1.61
60140697--60140784
29
3.1
29
82
8
117
26
14
30
28
1.95
60145168--60145250
29
2.9
29
74
1
78
30
10
26
32
1.90
60148311--60148441
46
2.8
46
89
0
208
20
20
28
30
1.98
60151441--60151521
26
3.2
26
65
19
71
32
30
12
24
1.92
60162077--60162225
43
3.7
42
79
18
190
34
25
15
24
1.95
60162136--60162202
33
2.0
33
97
0
125
37
22
14
25
1.93
60164951--60165032
29
2.8
29
96
0
146
24
31
14
29
1.95
60168037--60168115
28
2.8
28
84
0
95
35
10
25
29
1.88
60170379--60170526
41
3.6
41
80
7
176
22
22
28
26
1.99
60176766--60176827
25
2.5
24
80
10
72
74
1
17
6
1.11
60177993--60178123
29
4.6
29
84
1
147
25
16
32
25
1.96
60177993--60178085
29
3.2
29
93
1
152
30
16
27
25
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60177989--60178119
57
2.3
57
80
6
142
27
15
32
25
1.95
60184645--60184706
26
2.6
25
78
12
67
79
1
14
4
0.98
60184657--60184706
21
2.5
21
77
6
59
80
2
14
4
0.95
60190002--60190026
11
2.3
11
100
0
50
72
0
0
28
0.86
60193817--60193890
28
2.6
28
89
4
105
31
24
14
29
1.95
60194029--60194053
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
60206388--60206469
40
2.0
40
92
0
137
32
13
20
32
1.91
60211966--60212141
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
60211962--60212133
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
60215052--60215130
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
60215043--60215129
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
60217049--60217221
45
3.8
45
81
11
226
20
21
28
28
1.98
60217045--60217214
92
1.8
92
94
2
306
20
21
30
27
1.98
60227491--60227648
43
3.7
43
81
5
194
31
25
14
28
1.95
60242345--60242405
24
2.5
25
84
10
74
29
19
21
29
1.98
60242465--60242551
20
4.3
20
85
2
122
36
21
9
32
1.85
60242450--60242539
40
2.3
41
84
3
105
37
21
10
31
1.86
60242472--60242541
9
7.0
10
72
18
65
38
22
8
30
1.84
60245996--60246253
40
6.5
40
89
2
342
26
27
22
23
2.00
60254094--60254350
40
6.5
40
92
1
394
25
28
23
22
1.99
60261644--60261707
31
2.1
31
87
0
92
21
23
15
39
1.92
60261916--60261997
24
3.4
24
80
10
87
29
21
19
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60262041--60262087
20
2.3
20
92
7
78
34
19
10
36
1.86
60267909--60268001
47
2.0
47
100
0
186
40
15
21
22
1.90
60270420--60270541
49
2.6
49
83
10
148
29
17
9
44
1.79
60271394--60271476
42
2.0
42
83
4
105
37
13
27
21
1.91
60273009--60273099
40
2.3
40
82
3
103
30
25
15
28
1.96
60280456--60280519
24
2.7
24
82
4
67
23
29
17
29
1.97
60281808--60281846
20
1.9
21
89
5
62
17
7
2
71
1.21
60297643--60297674
15
2.0
17
88
11
50
43
31
0
25
1.55
60303235--60303273
20
2.0
19
85
5
51
53
0
28
17
1.44
60309576--60309662
37
2.3
36
94
5
147
26
33
19
20
1.97
60309731--60310090
49
7.4
49
95
0
569
30
29
8
31
1.87
60309711--60310077
195
1.9
197
89
1
576
29
29
8
31
1.88
60313899--60314122
40
5.6
40
95
0
378
25
29
21
23
1.99
60314091--60314239
40
3.7
40
79
5
149
27
28
20
23
1.99
60313916--60314236
120
2.7
119
83
5
337
27
28
20
23
1.99
60316101--60316187
37
2.3
36
94
5
147
26
33
19
20
1.97
60316256--60316615
49
7.4
49
95
0
569
30
29
8
31
1.87
60316236--60316602
195
1.9
197
89
1
576
29
29
8
31
1.88
60326549--60326596
24
2.0
24
100
0
96
25
8
20
45
1.79
60350078--60350102
2
12.5
2
100
0
50
0
0
48
52
1.00
60353250--60353326
28
2.8
28
85
0
100
20
11
10
57
1.63
60353286--60353383
28
3.5
27
79
8
97
22
13
6
58
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60353882--60354039
84
1.9
86
85
7
225
28
18
20
31
1.97
60355058--60355292
116
2.0
116
99
0
461
33
7
25
33
1.84
60355333--60355370
20
1.9
20
94
0
67
5
28
21
44
1.73
60355333--60355391
20
3.0
20
85
5
66
8
27
20
44
1.80
60357052--60357152
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
60357169--60357241
29
2.5
29
93
0
101
26
31
16
26
1.96
60364912--60364985
30
2.5
30
89
10
109
29
25
14
29
1.95
60365033--60365105
29
2.5
29
93
0
101
26
31
16
26
1.96
60365959--60366010
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60366026--60366089
33
2.0
32
84
3
83
20
23
20
35
1.96
60366051--60366110
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
60372693--60372819
27
4.7
27
76
5
105
40
18
8
31
1.81
60373515--60373566
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
60373582--60373642
31
1.9
32
86
3
88
21
24
16
37
1.93
60376303--60376327
13
1.9
13
100
0
50
16
40
32
12
1.84
60377212--60377246
9
3.8
9
88
7
52
85
0
14
0
0.59
60377643--60377683
19
2.2
19
86
8
57
46
0
2
51
1.14
60380035--60380102
9
7.6
9
77
6
66
27
8
19
44
1.80
60380035--60380103
36
1.9
36
87
0
102
27
8
18
44
1.79
60380035--60380102
18
3.8
18
78
7
75
27
8
19
44
1.80
60380035--60380102
27
2.5
27
80
4
75
27
8
19
44
1.80
60380176--60380252
28
2.8
28
90
4
111
33
6
15
44
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60380176--60380261
28
3.1
27
80
9
77
36
6
15
41
1.74
60381635--60381763
70
1.9
67
83
4
168
38
14
14
31
1.87
60381852--60381902
25
2.0
25
88
0
75
37
19
5
37
1.76
60385870--60385940
37
1.9
37
100
0
142
30
28
15
25
1.96
60385991--60386032
21
1.9
23
85
9
61
45
26
0
28
1.54
60386810--60386935
43
3.0
42
80
8
137
37
26
13
23
1.91
60391846--60392139
39
7.4
40
91
3
422
23
21
28
26
1.99
60391846--60392139
118
2.5
118
88
5
425
23
21
28
26
1.99
60399987--60400240
40
6.4
40
92
4
369
24
22
27
25
2.00
60404787--60405338
48
11.8
48
84
8
701
31
26
6
34
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325