genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49076636--49076785	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
49084685--49084794	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
49084685--49084833	40	3.8	39	79	7	124	26	22	26	24	2.00
49088381--49088504	49	2.5	49	94	0	212	26	17	25	29	1.98
49089438--49089514	39	2.0	39	81	0	91	25	19	25	28	1.99
49094051--49094248	43	4.6	43	95	0	342	13	24	31	30	1.93
49097412--49097456	15	3.0	15	80	9	56	11	15	17	55	1.68
49099926--49100113	49	3.8	49	80	2	223	27	19	25	27	1.99
49099921--49100108	100	1.9	100	93	0	322	26	20	25	27	1.99
49103744--49103823	27	3.0	26	90	3	115	20	23	21	35	1.96
49115707--49115739	15	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
49116365--49116390	10	2.6	10	100	0	52	19	7	30	42	1.79
49116547--49116577	15	2.1	15	93	0	53	29	0	22	48	1.51
49122608--49122686	39	2.0	39	100	0	158	31	10	35	22	1.88
49124776--49124889	54	2.1	54	83	3	140	41	19	9	29	1.83
49124776--49124879	27	3.9	26	80	8	120	40	21	7	30	1.81
49125244--49125308	22	3.0	22	76	0	67	21	24	23	30	1.99
49127070--49127391	159	2.0	159	87	0	464	21	19	28	31	1.97
49131639--49131822	39	4.6	41	82	9	213	23	22	28	25	1.99
49131639--49131816	79	2.2	80	84	6	229	24	23	28	24	1.99
49134407--49134550	40	3.6	39	84	1	153	23	27	22	25	2.00
49134439--49134594	40	3.9	41	84	6	158	22	26	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49140072--49140149	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
49140252--49140374	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
49143476--49143574	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
49144058--49144482	29	14.7	29	95	1	737	24	33	17	24	1.96
49146495--49146572	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
49146675--49146797	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
49149899--49149997	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
49150481--49150790	29	10.7	29	95	1	496	24	32	17	25	1.97
49152804--49152881	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
49152984--49153106	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
49156205--49156303	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
49156787--49157269	29	16.7	29	96	1	835	24	33	17	24	1.96
49159283--49159360	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
49159463--49159585	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
49162360--49162532	46	3.7	46	78	11	201	22	20	27	29	1.99
49162357--49162527	93	1.8	93	92	2	290	22	21	28	28	1.99
49168655--49168768	39	2.9	38	88	3	156	24	27	21	26	2.00
49168624--49168806	40	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	1.99
49173681--49173849	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
49180692--49180875	39	4.6	41	83	9	222	23	22	28	25	2.00
49180693--49180873	79	2.3	81	84	6	237	24	23	28	24	2.00
49180728--49180894	79	2.1	79	83	6	214	25	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49182890--49183084	56	3.5	56	90	2	311	33	23	14	27	1.94
49184110--49184138	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
49190258--49190362	27	3.9	27	83	7	124	16	23	20	39	1.92
49190258--49190369	54	2.1	54	84	3	145	16	23	21	39	1.92
49191333--49191368	17	2.1	18	89	5	56	63	11	0	25	1.27
49191967--49192895	464	2.0	465	96	0	1716	27	15	33	23	1.95
49196689--49196737	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
49197559--49197725	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
49204708--49204756	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
49205576--49205742	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
49209795--49209906	27	4.1	27	84	7	129	15	23	22	39	1.91
49209795--49209906	54	2.1	53	86	6	154	15	23	22	39	1.91
49215012--49215169	43	3.7	42	72	10	115	29	24	21	24	1.99
49215602--49215702	50	2.0	50	96	0	184	29	24	14	30	1.95
49220887--49221053	68	2.5	65	78	10	178	29	15	28	26	1.96
49225689--49225743	27	2.0	27	82	6	67	18	20	23	38	1.93
49225738--49225792	23	2.4	23	84	0	74	25	16	16	41	1.88
49228432--49228501	35	2.0	35	97	0	131	31	24	17	27	1.97
49230644--49230703	23	2.6	23	89	0	75	21	18	16	43	1.88
49234594--49234690	40	2.4	40	84	0	113	24	17	24	32	1.97
49234677--49234748	28	2.6	28	86	0	99	26	12	29	31	1.93
49234677--49234759	28	3.0	28	78	7	87	27	12	26	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49235414--49235455	21	2.0	21	95	0	75	23	7	14	54	1.64
49237637--49237690	27	2.0	27	82	13	67	33	20	16	29	1.95
49246470--49246656	49	3.8	49	80	7	180	26	18	26	27	1.98
49250444--49250534	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
49250517--49250617	29	3.6	29	94	2	170	27	32	15	23	1.95
49258340--49258430	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
49258413--49258484	29	2.6	28	93	4	119	29	33	15	22	1.94
49260157--49260237	38	2.1	38	90	0	126	22	20	24	32	1.98
49260242--49260441	43	4.7	43	89	0	301	12	24	33	31	1.91
49265791--49265920	50	2.6	49	90	1	188	23	16	29	30	1.96
49289333--49289599	48	5.6	48	76	6	215	23	28	19	28	1.98
49291197--49291256	24	2.4	25	79	17	72	25	11	20	43	1.85
49292665--49292882	40	5.5	40	86	4	266	26	27	22	22	1.99
49296894--49296951	30	1.9	30	85	0	80	29	25	5	39	1.77
49299089--49299232	46	3.1	46	71	14	125	29	28	19	22	1.98
49301666--49301791	48	2.6	48	87	5	191	41	9	0	48	1.41
49304708--49304873	40	4.2	40	90	2	246	27	25	22	24	2.00
49306287--49306314	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
49312817--49313034	40	5.2	40	82	14	260	27	27	23	22	1.99
49312900--49312926	12	2.2	12	100	0	54	14	33	37	14	1.88
49312860--49312966	52	2.1	52	96	0	196	25	28	26	20	1.99
49312821--49313006	92	2.0	91	91	3	302	26	26	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49314452--49314479	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
49315967--49315996	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
49318444--49318569	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
49318794--49318831	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
49325970--49326142	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
49325967--49326137	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
49326366--49326403	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
49328948--49329079	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
49336921--49337052	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
49345096--49345226	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
49345096--49345226	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
49353031--49353161	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
49353031--49353161	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
49355297--49355460	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
49363420--49363530	48	2.3	48	85	0	159	27	18	22	31	1.97
49363287--49363749	250	1.9	250	91	1	759	27	14	25	32	1.94
49368671--49368762	43	2.2	42	80	7	105	23	18	25	32	1.97
49369401--49369466	34	1.9	34	81	6	80	28	1	28	40	1.65
49373327--49373396	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
49373327--49373408	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
49381382--49381451	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
49381382--49381463	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49384409--49384570	48	3.4	47	81	5	168	25	21	28	24	1.99
49389640--49389808	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
49402675--49402832	43	3.7	44	77	12	166	25	17	25	31	1.97
49406673--49406787	29	4.0	29	78	6	110	30	26	15	26	1.96
49406854--49406889	18	1.9	19	88	5	56	19	36	22	22	1.95
49406998--49407048	16	3.2	16	80	0	57	9	19	17	52	1.72
49408431--49408471	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
49411011--49411125	29	4.0	29	83	6	137	28	28	14	27	1.95
49414090--49414142	25	2.1	25	92	0	88	35	20	16	26	1.94
49416123--49416194	28	2.6	28	88	0	90	29	27	12	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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