genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8775778--8775811	5	6.6	5	93	6	59	17	0	0	82	0.67
8779466--8779653	40	4.7	39	86	3	207	25	27	22	24	2.00
8786721--8786928	40	5.2	39	81	7	217	25	27	22	24	2.00
8790906--8790931	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
8792951--8793316	196	1.9	195	84	0	498	37	20	16	25	1.93
8795727--8795773	23	2.0	23	87	4	67	36	12	12	38	1.82
8801278--8801319	17	2.4	17	84	11	50	42	2	0	54	1.13
8801287--8801335	18	2.8	17	82	17	57	38	0	2	59	1.09
8807522--8807547	7	3.7	7	100	0	52	15	30	26	26	1.96
8808747--8808809	30	2.2	27	83	8	72	23	6	11	58	1.55
8811108--8811168	24	2.4	26	81	5	72	60	1	0	37	1.07
8811141--8811173	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
8811140--8811179	17	2.3	18	82	8	55	50	0	0	50	1.00
8818453--8818488	15	2.4	15	80	0	54	30	25	5	38	1.78
8819665--8819736	28	2.6	27	80	8	74	63	2	1	31	1.17
8819699--8819740	22	1.9	22	85	0	57	69	2	0	28	1.01
8822939--8823039	51	2.0	51	82	0	121	41	10	15	31	1.82
8827026--8827065	2	21.0	2	87	10	57	52	2	0	45	1.14
8827017--8827060	20	2.2	20	100	0	88	54	4	0	40	1.21
8833902--8833972	29	2.6	26	77	18	72	43	1	1	53	1.18
8833920--8833969	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
8833912--8833969	29	2.0	30	83	10	75	44	1	1	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8837277--8837351	26	2.7	26	80	10	78	66	8	0	25	1.18
8837305--8837388	38	2.2	40	86	4	118	66	8	0	25	1.19
8837371--8837438	26	2.4	29	78	9	79	67	0	1	30	0.99
8837371--8837438	27	2.5	26	83	7	82	67	0	1	30	0.99
8840428--8840511	26	3.2	26	93	0	141	33	5	25	35	1.80
8842131--8842271	27	5.2	26	84	6	183	17	24	23	34	1.96
8842131--8842271	54	2.6	53	92	2	228	17	24	23	34	1.96
8842131--8842288	27	5.9	26	83	7	147	18	24	21	34	1.96
8848493--8848531	20	2.0	20	84	0	51	30	2	2	64	1.21
8850350--8850388	21	1.9	20	89	5	60	43	5	12	38	1.65
8850672--8850715	19	2.2	19	84	8	52	36	9	9	45	1.68
8850937--8850983	24	2.0	24	87	8	69	55	0	0	44	0.99
8853270--8853354	31	2.9	29	74	6	80	43	9	7	40	1.64
8853751--8853858	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
8858081--8858174	18	5.4	17	81	11	75	67	4	1	27	1.16
8858103--8858133	9	3.4	9	100	0	62	67	9	0	22	1.19
8858130--8858264	3	45.3	3	78	12	136	63	4	3	28	1.30
8858079--8858264	15	12.9	14	75	12	114	65	5	3	26	1.30
8858094--8858270	12	14.6	11	74	16	97	64	5	2	27	1.28
8859536--8859812	88	3.1	87	67	17	219	26	22	22	28	1.99
8859761--8860343	44	13.2	44	66	11	235	26	23	20	29	1.99
8859507--8859845	177	1.9	177	88	1	518	25	23	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8859761--8860355	132	4.5	131	89	0	796	26	23	20	29	1.99
8861986--8862024	7	5.7	7	84	6	53	10	12	0	76	1.01
8861986--8862024	13	2.9	14	84	7	53	10	12	0	76	1.01
8861987--8862024	20	1.9	20	88	0	58	10	13	0	76	1.02
8867020--8867073	24	2.2	24	83	6	65	68	5	1	24	1.21
8867079--8867104	12	2.2	12	100	0	52	69	23	0	7	1.14
8867100--8867166	29	2.3	30	81	5	82	64	5	7	22	1.42
8867150--8867205	15	3.9	14	73	17	53	66	5	1	26	1.23
8883757--8883820	30	2.1	30	100	0	128	50	23	6	20	1.71
8885249--8885316	26	2.7	26	79	2	84	17	22	22	38	1.93
8885392--8885437	24	1.9	24	86	8	67	17	15	21	45	1.85
8890790--8890828	20	2.0	20	95	5	71	41	5	0	53	1.23
8895393--8895431	20	2.0	20	89	0	60	20	38	28	12	1.89
8901108--8901133	12	2.2	12	100	0	52	26	7	38	26	1.83
8904435--8904471	9	4.1	9	89	0	56	54	13	2	29	1.53
8904703--8904733	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
8908747--8908775	7	4.3	7	91	8	51	0	72	0	27	0.85
8908748--8908775	13	2.2	13	100	0	56	0	71	0	28	0.86
8912512--8912554	15	2.8	16	83	16	56	34	9	20	34	1.85
8912507--8912559	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
8912501--8912567	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
8912616--8912736	24	5.0	24	87	5	165	29	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8912616--8912754	49	2.8	48	82	9	165	30	20	21	26	1.98
8912930--8912993	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
8922063--8922103	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
8922533--8922581	24	2.0	25	88	4	73	36	18	20	24	1.94
8922617--8922746	64	2.0	65	87	1	190	35	22	20	22	1.96
8928757--8929074	46	6.7	49	72	12	200	27	19	29	23	1.98
8930979--8931106	57	2.3	56	86	1	175	35	20	4	39	1.73
8931760--8931793	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8932353--8932386	18	1.9	18	88	5	52	58	2	8	29	1.43
8933111--8933154	20	2.2	20	92	8	72	65	2	9	22	1.32
8933111--8933160	10	5.0	10	80	9	57	64	2	8	26	1.32
8937829--8937863	7	5.3	7	93	6	56	22	0	0	77	0.78
8941684--8941743	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
8941714--8941772	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
8942329--8942354	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8947106--8947166	30	2.0	30	90	0	95	27	26	6	39	1.81
8949224--8949383	63	2.5	63	86	0	221	36	16	25	21	1.94
8951174--8951317	45	3.2	44	85	5	193	24	28	22	25	1.99
8952131--8952319	47	4.0	47	95	0	335	44	14	12	28	1.81
8958776--8958938	45	3.7	44	86	6	215	25	28	21	25	1.99
8958818--8958947	45	2.9	45	93	2	217	27	26	21	23	1.99
8959470--8959494	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8959772--8959960	47	4.0	47	91	0	299	43	13	13	29	1.81
8964646--8964722	34	2.3	34	88	0	109	16	24	29	28	1.97
8970728--8970763	18	2.0	18	100	0	72	27	11	16	44	1.82
8972605--8972691	40	2.1	41	87	2	122	66	9	1	22	1.27
8972707--8972751	23	2.0	23	86	0	63	64	0	2	33	1.06
8977841--8977923	40	2.1	40	83	0	103	26	16	22	33	1.96
8980530--8980716	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
8980553--8980716	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
8980553--8980750	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
8988099--8988285	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
8988122--8988285	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
8993749--8993781	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
8998507--8998540	14	2.5	13	85	4	50	64	0	2	32	1.08
8998826--8998858	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
9010173--9010343	47	3.7	45	73	16	147	21	28	21	28	1.98
9010168--9010341	46	3.8	48	75	15	152	21	28	20	28	1.98
9012403--9012517	45	2.6	45	97	0	212	24	16	26	33	1.96
9037587--9037749	43	3.8	43	78	14	149	33	26	17	22	1.96
9040956--9041002	20	2.3	21	82	17	64	46	17	31	4	1.67
9043952--9044115	65	2.5	65	80	6	172	39	18	18	23	1.93
9051953--9052146	27	7.2	27	87	0	244	29	24	7	38	1.82
9051956--9052150	81	2.4	81	88	0	282	30	23	7	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9052182--9052278	27	3.6	27	90	0	149	40	23	8	27	1.83
9052149--9052278	54	2.4	54	83	2	154	38	21	11	28	1.88
9052182--9052391	27	7.7	27	78	11	119	39	20	9	30	1.85
9052182--9052391	54	3.9	54	78	8	192	39	20	9	30	1.85
9052262--9052364	27	3.7	27	80	12	120	42	18	7	31	1.78
9052409--9052482	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
9052422--9052486	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
9053488--9053621	42	3.2	42	93	0	232	32	14	17	34	1.91
9054572--9054677	27	3.9	27	80	9	110	33	21	25	18	1.96
9060176--9060217	20	2.1	20	100	0	84	35	23	4	35	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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