genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77868263--77868392	40	3.2	40	78	9	149	23	24	27	23	2.00
77868225--77868392	80	2.1	80	81	8	200	26	24	26	22	2.00
77872004--77872036	17	1.9	17	93	0	57	54	18	0	27	1.44
77872689--77872714	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77873560--77873597	17	2.2	17	95	0	67	26	13	15	44	1.83
77880308--77880341	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
77882265--77882375	55	2.0	55	100	0	222	38	16	27	18	1.91
77887113--77887146	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
77888401--77888474	28	2.6	28	82	0	85	27	36	13	22	1.92
77888692--77888724	16	2.1	16	94	0	57	9	24	24	42	1.83
77892605--77892772	40	4.2	40	79	4	160	26	26	22	25	2.00
77900618--77900785	40	4.2	40	82	3	167	25	26	22	25	2.00
77904858--77904985	63	2.0	63	100	0	256	15	25	23	35	1.94
77909552--77909790	29	8.2	29	83	3	291	23	23	15	37	1.93
77909552--77909790	88	2.7	87	83	4	291	23	23	15	37	1.93
77909552--77909790	117	2.0	117	89	1	363	23	23	15	37	1.93
77927127--77927167	20	2.0	20	95	0	73	39	14	7	39	1.74
77932412--77932459	25	1.9	25	82	0	60	22	4	6	66	1.32
77947205--77947241	16	2.3	16	100	0	74	21	48	13	16	1.80
77952113--77952383	48	5.7	47	75	8	215	26	19	28	25	1.99
77952113--77952383	96	2.8	96	80	3	269	26	19	28	25	1.99
77952100--77952383	144	2.0	143	82	6	351	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77956125--77956229	39	2.6	41	85	4	135	31	21	25	20	1.98
77956129--77956279	40	3.8	40	83	6	164	27	23	26	22	1.99
77956127--77956311	40	4.7	39	76	9	153	27	22	27	23	2.00
77964207--77964388	39	4.6	40	82	4	181	27	22	26	23	2.00
77974951--77975018	32	2.1	32	100	0	136	14	16	14	54	1.72
77980028--77980233	40	5.2	40	94	0	342	27	26	22	23	2.00
77983794--77984110	48	6.6	48	74	5	237	29	18	28	24	1.98
77983797--77984006	96	2.2	96	86	1	278	29	18	28	24	1.98
77983797--77984062	96	2.8	96	81	3	268	30	17	28	24	1.97
77985344--77985383	21	2.0	20	85	5	53	12	35	27	25	1.92
77986460--77986517	30	1.9	30	86	6	82	24	32	29	13	1.94
77987852--77988302	134	3.3	135	79	5	430	31	21	12	33	1.91
77987833--77988233	202	2.0	203	81	6	483	31	22	12	34	1.91
77987820--77988367	68	8.1	68	74	10	352	31	21	12	34	1.91
77987852--77988340	136	3.6	136	77	5	395	31	21	12	34	1.91
77994733--77994785	25	2.1	25	89	0	79	37	22	0	39	1.54
77997052--77997088	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
77997560--77997642	3	29.0	3	68	22	54	38	0	3	57	1.16
77997560--77997642	13	6.0	14	72	24	70	38	0	3	57	1.16
77998785--77998841	22	2.6	22	100	0	114	21	29	35	14	1.92
78000731--78000948	47	4.6	46	79	14	164	23	30	17	27	1.97
78000777--78000993	47	4.7	45	76	10	179	22	29	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78002062--78002181	59	2.0	59	96	0	222	25	27	7	40	1.82
78002762--78002853	44	2.1	44	85	4	123	21	25	23	29	1.99
78003006--78003088	18	4.6	18	86	0	112	31	8	19	40	1.81
78003051--78003104	28	1.9	28	85	7	74	33	9	18	38	1.83
78012567--78012591	12	2.1	12	100	0	50	8	24	36	32	1.84
78012722--78013106	155	2.5	155	80	7	415	31	20	25	22	1.98
78014557--78014581	10	2.5	10	100	0	50	12	44	0	44	1.41
78017582--78017611	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
78017682--78018050	183	2.0	183	96	0	675	26	16	15	41	1.87
78018249--78018277	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
78018539--78019761	547	2.2	548	97	0	2299	35	13	12	38	1.82
78018539--78019761	273	4.5	275	97	0	2303	35	13	12	38	1.82
78019971--78020026	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
78020130--78020318	9	20.6	9	73	11	98	47	13	1	38	1.50
78020163--78020318	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
78020137--78020282	43	3.4	43	76	11	154	47	12	1	38	1.50
78020126--78020309	26	7.0	26	69	13	92	47	12	1	38	1.48
78025502--78025530	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
78025942--78026003	21	3.0	21	95	0	106	25	22	51	0	1.48
78026376--78026545	43	4.0	43	89	3	254	21	24	21	32	1.98
78026376--78026545	85	2.0	86	88	3	254	21	24	21	32	1.98
78027363--78027405	21	2.0	21	86	8	61	39	13	4	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78027877--78027913	19	1.9	19	88	0	56	59	8	2	29	1.40
78030330--78030383	27	2.0	27	85	7	74	50	12	18	18	1.78
78030626--78030701	35	2.1	35	97	2	143	35	11	2	50	1.53
78031203--78031249	15	3.1	15	76	11	51	27	0	25	46	1.53
78031208--78031267	30	2.0	29	84	9	77	28	0	28	43	1.55
78033650--78033679	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
78033748--78034116	183	2.0	183	95	1	668	26	16	14	42	1.87
78034315--78034343	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
78034604--78035819	274	4.5	275	97	1	2303	35	13	12	38	1.83
78036029--78036084	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
78036188--78036376	9	20.6	9	73	11	98	47	13	1	38	1.52
78036221--78036376	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
78036195--78036340	43	3.4	43	76	11	154	47	12	2	38	1.53
78036184--78036367	26	7.0	26	68	15	85	47	12	1	38	1.51
78036218--78036376	71	2.3	69	83	4	194	47	12	1	38	1.50
78041563--78041591	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
78042003--78042064	21	3.0	21	95	0	106	25	22	51	0	1.48
78042437--78042604	42	4.0	42	89	0	246	21	25	22	31	1.98
78043424--78043466	21	2.0	21	86	8	61	39	13	4	41	1.66
78043938--78043974	19	1.9	19	88	0	56	59	8	2	29	1.40
78046391--78046444	27	2.0	27	85	7	74	50	12	18	18	1.78
78047228--78047274	15	3.1	15	76	11	51	27	0	25	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78047233--78047292	30	2.0	29	84	9	77	28	0	28	43	1.55
78047702--78047732	16	1.9	16	93	0	53	19	29	35	16	1.93
78052850--78052897	8	6.0	8	87	7	71	0	64	0	35	0.94
78055729--78055769	21	2.0	21	90	0	64	60	4	7	26	1.43
78056230--78056278	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
78072622--78072664	19	2.3	19	84	15	63	60	0	2	37	1.10
78072624--78072677	18	3.1	17	84	12	74	59	0	1	38	1.08
78072625--78072677	16	3.1	16	86	10	70	58	0	1	39	1.09
78073872--78073911	20	2.0	20	85	9	55	70	2	17	10	1.27
78082892--78082951	17	3.5	17	80	13	70	23	25	0	51	1.48
78084316--78084372	28	1.9	28	82	10	69	36	15	26	21	1.93
78092475--78092518	22	2.0	22	86	8	63	29	13	29	27	1.94
78095008--78095107	46	2.2	45	83	7	121	21	32	19	28	1.97
78095096--78095126	6	5.2	6	100	0	62	16	35	32	16	1.91
78098472--78098624	43	3.6	42	76	11	141	30	23	16	29	1.96
78102778--78102841	33	1.9	33	100	0	128	29	31	6	32	1.82
78106848--78106912	28	2.3	29	81	2	69	30	21	3	44	1.67
78109426--78109576	40	3.8	40	80	6	155	26	23	27	22	2.00
78109463--78109592	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
78117425--78117554	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
78124960--78125009	20	2.6	19	77	22	52	10	10	0	80	0.92
78142326--78142353	10	2.8	10	100	0	56	42	28	0	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78143540--78143569	15	2.0	15	93	0	51	43	20	6	30	1.77
78144785--78144822	19	2.0	19	100	0	76	42	5	21	31	1.75
78149178--78149393	46	4.6	46	79	6	202	27	17	31	24	1.97
78151264--78151318	13	4.2	13	81	11	60	74	3	0	21	0.97
78152267--78152348	42	2.0	42	85	0	110	30	28	15	25	1.96
78152326--78152427	48	2.3	45	81	10	120	34	26	11	27	1.91
78152355--78152524	48	3.5	48	82	5	157	28	30	15	25	1.96
78152385--78152524	48	2.9	47	86	3	163	27	32	16	24	1.96
78161259--78161324	30	2.1	32	83	5	82	57	3	9	30	1.45
78164158--78164193	17	2.1	18	89	5	56	11	41	30	16	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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