Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  239  of  325  ( 38914 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75039554--75039633
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12
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12
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1
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1.18
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13.0
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23
28
1.99
75041374--75042212
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1.96
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20
21
22
35
1.96
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10.3
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20
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35
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20
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35
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75041320--75042218
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3.5
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7
1094
20
22
21
35
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75041662--75042211
217
2.5
217
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693
19
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22
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0
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0
0
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2.0
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30
1.17
75049260--75049340
18
4.4
18
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1
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29
1.17
75049255--75049341
27
3.4
27
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1
3
29
1.16
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2.8
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9
1.41
75052741--75052805
24
2.6
26
76
14
73
52
1
13
32
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75052922--75052993
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3.0
22
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18
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65
2
4
27
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75053038--75053114
26
3.1
25
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5
5
23
1.33
75053055--75053114
26
2.3
26
91
2
95
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3
23
1.30
75053489--75053577
43
2.1
43
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0
169
56
8
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26
1.58
75053489--75053601
43
2.6
43
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2
120
58
7
7
26
1.52
75055043--75056017
44
22.2
44
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2
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15
28
1.96
75055983--75056693
354
2.0
354
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0
1332
28
19
18
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1.95
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159
2.0
157
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1.12
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0
0
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0.88
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20
20
1.97
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80
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80
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108
14
0
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0.71
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21
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17
0
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79
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2.1
28
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26
1
21
50
1.58
75074409--75074491
14
5.8
14
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9
69
25
3
21
49
1.66
75074501--75074553
14
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14
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70
15
1
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90
0
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24
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10
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48
5
0
46
1.26
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21
2.5
21
87
0
70
32
35
9
22
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
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11
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30
0
0
69
0.88
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70
21
0
7
70
1.12
75081330--75081398
22
2.9
22
81
14
68
28
0
5
65
1.16
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16
2.1
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0
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0
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0
0.83
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21
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75
22
16
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36
1.94
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2.1
71
92
1
240
40
17
14
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1.88
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19
2.2
19
100
0
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1.78
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28
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0
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28
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0
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0
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12
1.17
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17
3.2
17
84
5
67
74
0
1
23
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75134827--75134874
22
2.4
20
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18
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75
2
0
22
0.91
75134827--75134876
26
1.9
26
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74
2
0
24
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1.93
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30
92
0
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15
28
36
19
1.92
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31
82
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101
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0
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1.40
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2.1
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100
0
140
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14
37
1.59
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2.0
22
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2.7
25
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0
89
23
23
19
32
1.97
75151155--75151238
25
3.4
24
83
4
80
25
21
21
32
1.98
75158443--75158492
21
2.3
23
86
10
77
36
14
0
50
1.43
75158444--75158487
21
2.1
21
100
0
88
34
13
0
52
1.41
75159477--75159523
10
4.6
10
80
12
51
65
2
0
31
1.04
75159475--75159523
22
2.3
20
86
6
62
63
4
0
32
1.13
75161515--75161629
25
4.7
24
76
11
99
23
21
19
35
1.96
75164912--75164945
12
2.8
12
86
0
50
11
20
35
32
1.89
75169842--75169919
39
2.0
39
100
0
156
43
5
20
30
1.73
75172995--75173095
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
75185971--75186064
29
3.2
29
98
0
179
26
27
15
29
1.96
75185934--75186064
58
2.3
58
86
2
174
25
32
16
25
1.96
75195253--75195285
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
75200681--75200714
6
5.7
6
92
0
50
14
0
5
79
0.91
75203299--75203331
13
2.6
13
95
4
59
42
0
12
45
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75208720--75208850
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
75208719--75208850
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
75216672--75216802
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
75216671--75216802
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
75223322--75223382
18
3.7
18
73
22
62
4
19
0
75
0.98
75223321--75223380
31
1.9
31
86
6
86
5
20
0
75
0.99
75225767--75225847
42
2.0
41
81
13
96
13
34
23
28
1.93
75226889--75227056
46
3.6
44
76
7
147
23
29
19
27
1.98
75234001--75234219
46
4.7
47
77
11
170
24
28
18
27
1.98
75233950--75234225
94
2.9
91
75
12
256
25
28
18
27
1.98
75236869--75236909
3
13.7
3
100
0
82
68
0
0
31
0.90
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12
4.0
12
76
17
55
79
0
4
16
0.89
75236940--75236993
23
2.3
23
87
9
74
77
0
5
16
0.94
75237135--75237177
22
2.0
22
90
0
68
69
2
2
25
1.12
75237109--75237184
10
8.2
9
70
18
50
69
1
3
25
1.13
75240573--75240599
14
1.9
14
100
0
54
74
7
3
14
1.18
75253724--75253765
12
3.4
13
81
18
54
71
0
0
28
0.86
75254385--75254448
32
2.0
33
87
9
96
26
18
26
28
1.98
75256136--75256165
14
2.1
14
100
0
60
6
13
16
63
1.50
75257574--75257801
40
5.7
40
93
1
359
25
29
21
23
1.99
75265154--75265301
40
3.7
40
89
1
208
25
29
21
23
1.99
75268796--75268837
12
3.4
13
81
18
54
71
0
0
28
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75270565--75270613
15
3.1
16
80
11
57
46
6
12
34
1.66
75274711--75274752
13
3.1
14
80
13
52
38
0
2
59
1.10
75274697--75274763
35
1.9
35
81
6
82
37
0
2
59
1.13
75278011--75278044
17
2.0
17
100
0
68
47
11
5
35
1.65
75283626--75283841
40
5.5
40
86
7
275
25
28
23
22
1.99
75283626--75283838
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2.7
78
86
7
265
25
28
23
23
1.99
75291754--75291971
40
5.5
40
89
4
293
25
28
23
22
1.99
75293731--75293873
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3.3
43
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1
198
28
16
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30
1.96
75293731--75293892
43
3.8
42
85
6
193
29
15
24
30
1.96
75295059--75295111
18
2.9
18
80
20
65
77
1
15
5
1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325