genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53169588--53169722	54	2.5	54	82	2	182	28	20	8	42	1.82
53169699--53169838	54	2.6	54	82	4	183	39	22	7	30	1.83
53169714--53169868	81	1.9	81	85	5	215	40	21	8	29	1.82
53169672--53169866	54	3.6	52	77	8	158	38	22	7	31	1.82
53169877--53169928	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
53169980--53170047	27	2.5	27	90	4	102	33	19	25	22	1.97
53171093--53171140	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
53171177--53171217	20	2.0	20	100	0	82	36	9	19	34	1.85
53171184--53171227	20	2.2	20	87	0	61	34	9	22	34	1.86
53171274--53171438	23	7.0	24	92	4	257	27	21	21	29	1.98
53171274--53171438	47	3.5	48	90	6	257	27	21	21	29	1.98
53171572--53171635	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
53178099--53178208	39	2.9	38	87	2	157	45	10	8	35	1.69
53179099--53179242	38	3.8	38	81	1	173	17	18	26	38	1.92
53179099--53179242	76	1.9	76	87	5	211	17	18	26	38	1.92
53179937--53180371	238	1.8	237	85	2	604	23	21	28	26	1.99
53182336--53182374	15	2.4	18	76	24	50	0	15	7	76	0.99
53182559--53182605	16	2.7	18	77	12	53	78	10	4	6	1.06
53187613--53187713	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
53191058--53191156	41	2.4	41	89	1	146	28	31	14	26	1.95
53194899--53195081	40	4.6	41	82	10	213	24	21	28	25	1.99
53194899--53195079	77	2.3	81	83	7	230	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53194951--53195114	77	2.1	79	84	5	217	25	21	28	24	1.99
53203053--53203236	40	4.7	39	84	10	232	23	22	27	26	2.00
53203053--53203234	78	2.3	80	85	6	246	24	22	27	25	2.00
53210201--53210270	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
53218110--53218179	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
53220166--53220276	27	4.1	27	88	0	159	27	21	13	36	1.91
53220166--53220276	54	2.1	54	91	3	179	27	21	13	36	1.91
53220240--53220499	54	4.9	52	80	7	238	30	10	19	39	1.86
53220268--53220529	27	9.9	27	80	7	279	30	9	20	38	1.85
53224102--53224150	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53224972--53225138	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
53232104--53232152	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
53232975--53233141	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
53241694--53241843	42	3.5	42	74	11	142	30	27	18	24	1.97
53244276--53244380	15	7.0	14	75	10	84	58	15	9	17	1.63
53244287--53244380	30	3.1	30	77	11	104	57	14	9	18	1.64
53244303--53244393	45	2.0	45	100	0	182	56	15	8	19	1.65
53248150--53248233	43	2.0	43	95	0	150	28	32	16	22	1.96
53252610--53252648	16	2.6	15	84	11	53	51	0	0	48	1.00
53252610--53252658	16	2.9	17	80	20	50	51	0	0	48	1.00
53252637--53252709	11	7.2	11	77	17	77	53	0	0	46	1.00
53252637--53252703	19	3.3	21	87	6	86	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53252663--53252723	30	2.0	29	81	12	70	59	0	3	37	1.14
53253298--53253447	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53253322--53253493	67	2.7	64	76	7	186	29	17	29	23	1.97
53254591--53254619	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
53264329--53264372	22	2.0	22	90	0	70	50	4	0	45	1.22
53264393--53264433	21	1.9	22	90	5	66	43	2	0	53	1.13
53265713--53265959	43	5.8	43	84	4	311	28	16	26	29	1.97
53270012--53270180	43	4.0	43	73	4	155	26	17	25	30	1.98
53277484--53277595	27	4.1	27	82	10	131	38	23	23	15	1.92
53277488--53277594	54	2.0	54	87	3	153	39	22	22	15	1.92
53278840--53278882	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
53289633--53289708	37	2.1	37	100	0	152	31	15	15	36	1.90
53292438--53292542	43	2.5	41	81	6	111	25	20	23	30	1.98
53295665--53295798	40	3.4	40	88	3	191	24	27	22	25	2.00
53295691--53295806	40	2.9	40	92	0	196	24	26	22	26	2.00
53301869--53301948	28	2.9	28	84	0	106	30	31	16	22	1.96
53301935--53302033	40	2.4	40	86	3	126	33	26	19	21	1.97
53303387--53303413	14	1.9	14	100	0	54	25	29	7	37	1.83
53307320--53307422	41	2.5	41	83	0	134	27	15	26	31	1.96
53307433--53307534	43	2.4	43	89	0	159	29	16	25	28	1.97
53310830--53310879	16	3.1	16	80	11	66	50	26	4	20	1.66
53312551--53312615	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53315997--53316061	28	2.6	24	82	17	80	26	16	24	32	1.96
53316012--53316090	28	2.8	28	88	5	106	30	15	24	30	1.95
53316016--53316094	29	2.8	28	77	12	81	30	13	25	30	1.94
53323851--53323951	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
53323880--53323955	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
53325978--53326027	21	2.4	21	100	0	100	8	34	18	40	1.79
53326315--53327545	46	27.1	45	75	8	870	37	23	6	32	1.80
53326318--53327545	23	54.0	22	72	13	633	37	23	6	32	1.80
53326469--53327527	229	4.6	230	87	4	1033	38	23	6	32	1.80
53330651--53330752	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
53335659--53335825	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
53338433--53338615	41	4.5	41	85	4	237	19	19	23	37	1.94
53345598--53345759	66	2.5	66	97	0	306	21	29	14	34	1.93
53348954--53349038	29	3.0	29	86	3	120	29	15	29	25	1.96
53350922--53351119	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
53350988--53351105	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
53350956--53351119	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
53354910--53354950	9	4.6	9	93	0	73	2	21	0	75	0.92
53354912--53355011	53	1.9	53	82	13	127	5	25	1	69	1.15
53354908--53354996	9	8.9	10	71	11	58	3	26	1	68	1.12
53354908--53355022	51	2.2	51	80	11	137	4	25	0	69	1.12
53358706--53358801	38	2.5	38	76	15	92	46	15	8	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53361779--53361821	22	1.9	23	85	4	61	6	20	0	72	1.08
53361811--53361856	6	7.7	6	80	9	58	2	15	2	80	0.91
53362205--53362250	22	2.1	22	100	0	92	17	30	17	34	1.93
53366459--53366501	13	3.3	12	78	15	50	2	27	0	69	1.00
53367817--53367939	65	1.9	65	91	0	201	27	14	16	41	1.87
53370037--53370131	38	2.5	37	79	14	97	47	16	7	28	1.74
53373165--53373240	39	1.9	39	97	0	143	44	11	10	32	1.75
53374865--53375017	53	2.8	55	79	2	175	19	24	18	37	1.94
53379538--53379588	25	2.1	24	85	10	68	66	1	23	7	1.28
53379568--53379687	24	5.1	23	70	22	81	76	2	18	2	1.01
53379543--53379688	35	4.1	34	75	17	120	73	2	19	3	1.09
53379569--53379688	5	24.0	5	70	23	76	75	2	19	2	1.03
53382130--53382177	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
53382124--53382183	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
53383161--53383205	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
53385396--53385451	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
53386479--53386513	18	1.9	18	88	11	54	14	5	2	77	1.07
53386729--53386788	29	2.1	29	90	0	93	30	1	26	41	1.65
53387765--53387809	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
53389468--53389515	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
53394094--53394194	42	2.4	42	82	11	109	24	20	23	30	1.99
53394094--53394202	43	2.6	42	78	10	114	23	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53398024--53398085	31	2.0	31	100	0	124	19	16	12	51	1.76
53406046--53406121	29	2.7	28	76	13	75	28	14	26	30	1.95
53413687--53413751	29	2.2	29	94	0	112	29	15	27	27	1.96
53418117--53418247	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
53418134--53418284	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
53425305--53425487	40	4.6	40	80	4	176	23	26	22	27	1.99
53429294--53429368	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
53434447--53434637	40	4.8	40	82	7	212	24	22	27	25	2.00
53441032--53441106	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
53452847--53452889	16	2.7	16	81	0	50	53	18	16	11	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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