genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84108688--84108766	31	2.5	31	83	4	95	34	22	20	22	1.97
84108795--84108997	43	4.7	43	78	4	221	28	30	16	25	1.97
84109627--84109673	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
84112736--84112769	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
84112974--84113029	27	2.1	26	83	9	69	48	30	0	21	1.51
84112975--84113025	20	2.5	20	74	0	57	47	33	0	19	1.50
84113193--84113230	14	2.8	13	92	4	58	55	31	0	13	1.38
84113968--84114059	41	2.3	40	84	1	112	19	21	23	34	1.96
84117148--84117277	50	2.6	49	90	1	197	30	28	16	23	1.97
84121031--84121338	93	3.3	93	90	0	490	29	27	18	23	1.98
84121078--84121343	47	5.7	46	71	10	227	29	27	18	24	1.98
84121024--84121289	46	5.7	46	71	10	200	30	27	18	23	1.98
84122322--84122907	294	2.0	294	95	0	1064	36	19	9	34	1.84
84123134--84123286	51	3.0	51	90	0	243	33	26	10	30	1.90
84123395--84123533	33	4.2	32	75	7	100	21	46	3	28	1.68
84124501--84124536	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
84126047--84126105	30	1.9	31	86	3	84	27	22	5	45	1.73
84126046--84126115	30	2.3	31	80	7	81	30	20	5	44	1.74
84126531--84126590	30	2.1	27	87	9	84	20	40	0	40	1.52
84128142--84128192	15	3.5	15	68	10	52	47	0	19	33	1.50
84128139--84128197	28	2.1	28	100	0	118	52	0	16	30	1.44
84136192--84136236	15	3.3	14	85	14	67	66	0	2	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84136191--84136241	19	2.9	18	80	11	54	66	0	3	29	1.09
84136421--84136472	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
84136442--84136493	21	2.5	20	81	12	59	63	5	0	30	1.18
84144782--84144819	20	1.9	20	88	0	58	44	36	7	10	1.68
84153874--84154048	33	5.2	33	71	8	120	29	24	16	30	1.96
84153805--84153952	33	4.3	35	69	10	108	25	25	16	31	1.97
84153704--84154015	101	3.1	101	86	2	416	26	25	16	32	1.96
84153763--84154059	101	3.0	100	84	4	271	28	24	15	30	1.95
84154355--84154382	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
84158823--84158880	27	2.1	27	100	0	116	37	15	6	39	1.74
84159871--84159932	27	2.3	28	86	5	83	14	24	25	35	1.93
84160062--84160198	45	3.1	45	86	3	188	25	18	10	45	1.81
84162278--84162305	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
84173073--84173125	22	2.4	22	84	9	63	30	0	3	66	1.10
84175797--84175951	85	1.8	83	89	5	240	39	1	18	40	1.59
84175880--84175991	35	3.4	31	75	21	97	34	0	19	44	1.57
84175898--84175973	30	2.5	30	83	8	84	40	1	17	40	1.57
84176041--84176523	126	3.8	126	84	3	591	40	15	17	27	1.89
84176043--84176545	252	2.0	252	85	3	690	39	15	17	28	1.89
84177779--84177824	23	2.0	23	100	0	92	52	17	13	17	1.75
84180269--84180432	42	3.7	42	82	8	186	29	26	14	29	1.95
84180304--84180521	95	2.4	94	82	9	245	30	26	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84180354--84180521	47	3.6	47	84	4	196	29	27	15	27	1.96
84180544--84180661	31	3.8	31	89	4	184	25	29	18	26	1.98
84181018--84181042	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
84183071--84183112	21	2.0	22	90	4	68	4	9	45	40	1.58
84183336--84183373	18	2.1	18	90	0	58	39	13	23	23	1.90
84184909--84185017	54	2.1	51	91	8	175	59	4	0	34	1.24
84188023--84188067	19	2.5	19	82	13	51	28	0	4	66	1.11
84190520--84190551	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
84190521--84190551	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
84195774--84195816	22	2.0	22	86	9	61	39	0	11	48	1.40
84198746--84198819	36	2.1	36	100	0	148	32	35	5	27	1.79
84199955--84200041	27	3.2	27	68	18	72	44	17	1	36	1.56
84199945--84200051	54	2.0	54	94	0	187	45	15	0	37	1.53
84200734--84200786	2	26.5	2	88	0	79	45	49	5	0	1.26
84204984--84205048	29	2.2	29	83	5	76	52	9	10	27	1.67
84205104--84205133	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
84213439--84213479	21	2.0	21	90	0	64	26	41	7	24	1.81
84223444--84223477	16	2.0	18	88	11	54	44	0	0	55	0.99
84224773--84224805	16	2.1	16	100	0	66	27	18	6	48	1.71
84231963--84232004	21	2.0	21	100	0	84	33	14	33	19	1.91
84241197--84241389	91	2.1	91	78	3	210	33	8	13	43	1.76
84241352--84241471	62	1.9	62	81	5	143	32	15	14	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84242210--84242307	41	2.4	40	84	1	115	34	23	14	27	1.93
84242210--84242342	41	3.4	40	79	5	112	34	24	15	26	1.94
84248578--84248634	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
84248815--84248868	13	4.2	13	79	13	58	38	9	1	50	1.45
84248828--84248877	26	1.9	26	91	0	82	40	16	0	44	1.47
84248832--84248885	26	2.2	26	83	6	67	42	16	1	38	1.59
84253951--84254081	29	4.5	29	93	0	226	29	14	29	25	1.95
84253951--84254081	58	2.3	58	100	0	262	29	14	29	25	1.95
84253951--84254138	87	2.2	87	80	3	209	27	15	31	25	1.96
84262488--84262619	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
84262487--84262619	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
84265970--84266152	39	4.6	39	86	0	231	22	30	21	24	1.99
84272070--84272252	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
84273501--84273546	25	1.9	24	82	8	58	47	2	4	45	1.34
84279725--84279763	20	2.0	20	89	0	60	56	0	5	38	1.22
84279711--84279770	9	6.6	9	78	16	61	63	1	3	31	1.20
84279749--84279791	22	2.0	22	86	8	63	69	0	2	27	1.00
84287079--84287119	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
84291975--84292032	27	2.3	25	86	13	91	22	6	15	55	1.64
84291982--84292034	27	2.0	27	100	0	106	20	7	15	56	1.63
84292778--84292803	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
84293286--84293927	40	16.1	40	88	0	872	13	16	26	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84294208--84294257	20	2.5	20	93	0	82	42	4	14	40	1.64
84297316--84297355	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
84298084--84298122	21	1.9	20	84	5	51	0	30	2	66	1.05
84298149--84298181	14	2.3	15	89	5	50	3	24	0	72	0.98
84298352--84298387	18	1.9	19	88	5	56	38	8	0	52	1.32
84300941--84300969	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
84309295--84309337	21	2.0	21	82	8	52	27	9	4	58	1.49
84313468--84313594	24	5.1	23	71	19	87	60	3	5	30	1.35
84313466--84313525	22	2.6	22	86	5	75	61	1	5	31	1.27
84313682--84313736	29	1.9	28	85	3	74	61	0	7	30	1.23
84313884--84313922	19	2.0	18	85	14	51	58	0	5	35	1.20
84330798--84330839	16	2.8	16	89	7	61	40	4	0	54	1.21
84331742--84331791	20	2.5	20	90	0	73	24	18	26	32	1.97
84331753--84331794	20	2.1	20	95	0	75	28	14	23	33	1.94
84337801--84337851	26	1.9	27	88	4	77	31	0	19	49	1.49
84338439--84338696	72	3.6	71	81	4	293	26	24	22	25	2.00
84338439--84338730	72	4.1	72	79	3	275	27	24	22	25	2.00
84339227--84339277	16	3.0	16	77	11	57	54	0	9	35	1.33
84341748--84341790	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
84345367--84345411	21	2.1	21	92	8	74	13	8	42	35	1.75
84350844--84351009	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
84350839--84351009	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84357854--84358020	35	4.6	35	85	7	192	33	23	10	31	1.89
84357849--84358020	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
84359883--84359973	46	1.9	46	84	4	119	49	18	5	26	1.69
84359940--84360023	44	1.9	44	87	0	123	38	25	5	30	1.80
84360025--84360418	199	2.0	199	83	4	499	40	15	10	34	1.81
84360392--84360457	35	1.9	35	90	3	107	46	27	6	19	1.73
84360521--84360570	24	2.1	24	100	0	100	48	40	0	12	1.40
84360815--84360903	31	2.9	30	74	12	90	17	25	1	55	1.50
84360830--84360907	31	2.5	32	85	4	104	12	28	1	57	1.43
84361481--84361536	27	2.1	27	96	0	103	42	10	0	46	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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