genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7268313--7268361	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
7269183--7269349	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
7276330--7276378	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
7277200--7277366	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
7280220--7280340	55	2.2	55	80	0	134	34	32	18	14	1.91
7281055--7281111	29	1.9	30	85	3	80	21	3	19	56	1.57
7287767--7287897	58	2.3	58	84	0	172	37	30	15	16	1.90
7287767--7287897	19	6.8	19	67	3	73	37	30	15	16	1.90
7288640--7288775	71	1.9	71	82	5	168	36	21	13	28	1.91
7289690--7289797	26	4.2	26	96	0	198	31	7	25	36	1.83
7294741--7294779	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
7296783--7296843	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
7300040--7300113	36	2.1	36	100	0	148	29	24	10	35	1.89
7300055--7300116	20	3.3	20	66	25	62	30	25	11	32	1.91
7303183--7303239	23	2.4	25	82	11	75	29	19	22	28	1.98
7303199--7303276	23	3.3	23	73	16	70	35	15	23	25	1.94
7303227--7303300	26	2.9	26	76	11	73	36	16	21	25	1.94
7310758--7310862	23	4.6	23	76	8	106	36	19	20	24	1.95
7310758--7310872	45	2.5	45	83	5	133	35	19	20	24	1.95
7313683--7313811	68	1.9	69	83	4	172	41	14	15	28	1.87
7314592--7314642	22	2.3	23	83	6	70	21	0	29	49	1.50
7314688--7314764	35	2.2	34	81	6	84	35	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7314706--7314775	19	3.8	19	83	11	101	34	0	21	44	1.53
7315313--7315693	126	3.0	124	87	4	514	36	15	18	29	1.91
7319174--7319216	18	2.4	18	88	0	59	41	9	25	23	1.84
7319811--7319843	7	4.7	7	92	0	57	57	12	0	30	1.35
7321828--7321955	35	3.5	35	88	5	166	31	9	25	33	1.88
7321831--7321997	35	4.6	35	83	9	158	31	11	23	33	1.90
7321828--7321967	75	1.9	70	85	9	192	30	12	23	33	1.91
7329324--7329495	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
7329327--7329493	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
7329423--7329493	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
7330997--7331130	48	2.8	46	84	9	155	52	4	8	33	1.53
7331678--7331732	6	9.2	6	100	0	110	49	0	0	50	1.00
7331921--7331965	23	2.0	23	86	4	65	35	4	22	37	1.74
7334808--7334845	11	3.6	11	79	13	53	26	0	2	71	1.00
7340079--7340125	21	2.2	21	77	7	51	44	2	0	53	1.12
7343949--7343991	20	2.2	20	95	0	77	30	30	4	34	1.78
7352899--7352957	2	29.5	2	100	0	118	0	50	0	49	1.00
7358754--7358781	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7360279--7360307	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
7367589--7367621	12	2.6	13	95	4	59	6	21	48	24	1.72
7372896--7372957	28	2.1	28	91	5	97	41	1	6	50	1.38
7374301--7374342	18	2.3	19	80	16	52	40	0	30	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7375783--7375833	12	4.8	12	68	26	51	41	13	0	45	1.44
7375775--7375836	30	2.1	30	96	0	115	40	14	0	45	1.45
7376066--7376091	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
7376142--7376196	18	3.1	18	72	12	60	50	0	1	47	1.11
7377710--7377740	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
7377706--7377770	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
7380128--7380171	21	2.2	20	83	4	52	59	2	11	27	1.44
7381218--7381510	147	2.0	147	86	2	410	34	12	13	38	1.83
7381687--7381714	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7381724--7381767	15	2.9	16	83	10	56	40	0	2	56	1.11
7382484--7382555	35	2.1	35	97	0	135	41	8	6	43	1.62
7384167--7384191	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7387356--7387400	22	2.2	20	84	15	56	20	8	0	71	1.12
7391809--7391975	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
7391804--7391975	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
7395903--7396023	42	2.9	41	76	11	113	33	26	14	26	1.94
7403389--7403490	45	2.3	44	86	1	132	57	13	5	22	1.58
7403423--7403556	21	6.3	21	75	10	94	57	14	8	19	1.63
7403480--7403534	20	2.7	20	83	8	67	58	12	9	20	1.61
7403463--7403535	20	3.6	21	78	12	64	57	13	9	19	1.63
7405046--7405087	22	1.9	22	90	0	66	40	42	4	11	1.63
7405343--7405439	3	32.3	3	100	0	194	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7408101--7408141	21	1.9	21	85	5	55	39	17	9	34	1.82
7408098--7408209	19	5.8	19	86	9	156	36	16	10	35	1.84
7408112--7408209	36	2.6	37	88	9	144	35	17	10	36	1.84
7415220--7415375	43	3.6	43	80	3	163	27	14	24	33	1.94
7418408--7418460	24	2.2	24	83	9	65	50	0	3	45	1.19
7418583--7418650	29	2.3	30	82	12	79	38	4	7	50	1.51
7418770--7418850	31	2.6	32	84	11	96	51	6	3	38	1.45
7420664--7420835	84	2.0	84	96	0	317	30	11	16	41	1.83
7421313--7421342	14	2.2	14	94	5	53	33	3	6	56	1.42
7421437--7421507	33	2.2	33	82	9	85	49	18	7	25	1.72
7424939--7424963	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7434905--7435014	26	4.2	26	95	0	193	32	6	24	36	1.81
7436794--7437068	137	2.0	136	96	0	505	25	18	24	32	1.97
7440236--7440281	20	2.3	20	84	0	56	58	21	0	19	1.39
7442904--7442945	17	2.6	16	88	3	57	47	0	0	52	1.00
7444197--7444276	32	2.5	32	79	4	90	52	17	3	26	1.61
7446216--7446242	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
7448770--7448816	24	2.0	24	91	0	76	27	14	23	34	1.94
7450239--7450329	44	2.1	44	95	0	164	20	18	29	30	1.97
7455275--7455354	40	2.0	40	97	0	151	26	17	18	37	1.93
7458144--7458184	19	2.2	19	91	4	66	82	17	0	0	0.66
7458159--7458201	11	3.7	12	82	14	54	81	13	0	4	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7458159--7458208	24	2.2	23	89	7	75	82	12	0	6	0.85
7458144--7458184	9	4.4	9	90	6	64	82	17	0	0	0.66
7459378--7459416	19	2.0	21	85	10	55	33	7	2	56	1.41
7463623--7463908	137	2.1	136	94	0	500	32	25	18	24	1.97
7465672--7465781	26	4.2	26	90	2	159	38	22	4	34	1.75
7466367--7466633	46	5.8	46	91	0	356	41	13	24	20	1.89
7468581--7468633	15	3.5	15	79	5	54	18	3	1	75	1.05
7473034--7473073	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7475102--7475193	4	22.8	4	73	10	71	5	25	3	66	1.28
7475103--7475225	54	2.3	54	84	7	176	7	25	4	62	1.41
7475218--7475248	14	2.2	14	94	0	53	22	16	0	61	1.34
7475664--7475733	3	22.7	3	75	16	63	58	1	8	31	1.37
7475647--7475735	47	1.9	45	90	4	142	58	2	10	29	1.43
7475782--7475834	23	2.4	23	81	6	65	58	1	3	35	1.27
7475830--7475882	18	2.8	19	85	8	72	56	5	1	35	1.34
7479669--7479722	28	1.9	28	85	7	74	62	0	3	33	1.12
7479871--7479900	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7480253--7480304	19	2.7	19	81	18	72	28	0	0	71	0.87
7482531--7482563	3	11.0	3	93	0	57	63	3	33	0	1.10
7486800--7486937	37	3.5	38	67	18	111	49	7	3	39	1.48
7486805--7486973	82	2.1	82	96	0	311	52	7	2	36	1.45
7499182--7499224	11	3.9	11	75	0	50	16	20	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7499416--7499449	12	2.8	12	95	0	59	73	0	0	26	0.83
7501971--7502003	15	2.1	16	94	5	59	24	12	12	51	1.73
7508811--7508842	15	2.1	16	94	5	57	6	6	3	84	0.86
7509634--7509694	3	20.7	3	83	3	61	32	6	1	59	1.33
7509707--7509736	15	1.9	16	93	6	53	23	13	6	56	1.60
7513402--7513426	3	8.3	3	100	0	50	0	0	68	32	0.90
7527311--7527431	38	3.3	38	66	13	108	32	34	13	19	1.91
7527311--7527460	72	2.1	72	96	1	273	31	36	14	18	1.91
7532981--7533116	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
7539000--7539065	26	2.5	26	78	9	71	60	9	6	24	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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