genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1561498--1561821	74	4.5	72	80	3	382	28	16	22	32	1.96
1561498--1561821	145	2.2	145	97	0	603	28	16	22	32	1.96
1561773--1562047	141	2.0	140	90	4	437	27	16	18	37	1.92
1562323--1562499	68	2.6	67	84	5	223	28	16	16	37	1.91
1563162--1563233	23	3.2	23	92	2	110	31	54	5	8	1.54
1564317--1564347	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
1564870--1564927	13	4.3	13	71	16	55	36	1	8	53	1.42
1566412--1566470	22	2.7	22	72	0	55	32	22	28	16	1.96
1566466--1566514	20	2.3	22	89	6	75	36	24	26	12	1.91
1567022--1567085	32	2.0	32	96	0	119	34	17	12	35	1.87
1567672--1567712	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
1569010--1569100	23	4.0	23	67	17	57	60	5	5	28	1.42
1569043--1569101	23	2.5	23	86	8	75	61	5	5	28	1.39
1569212--1569243	5	6.4	5	92	0	55	78	3	0	18	0.89
1571672--1571754	40	2.1	40	83	0	103	33	10	15	39	1.82
1572053--1572096	6	7.2	6	79	5	52	18	13	15	52	1.75
1572053--1572094	18	2.3	19	91	4	68	19	14	16	50	1.79
1574614--1574749	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	36	1.78
1576540--1576826	137	2.1	137	96	0	529	25	19	24	31	1.98
1579915--1579972	26	2.2	26	90	0	89	37	24	3	34	1.72
1581598--1581712	39	3.0	38	93	2	185	30	19	3	46	1.66
1581892--1581922	7	4.4	7	95	0	53	12	48	29	9	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582340--1582384	22	2.0	22	87	8	65	33	31	4	31	1.78
1605891--1605966	36	2.1	37	82	2	91	60	0	9	30	1.28
1605932--1605996	29	2.3	29	84	7	80	61	0	7	30	1.24
1607521--1607550	14	2.1	14	93	0	51	6	3	3	86	0.77
1607873--1607936	25	2.6	23	77	18	65	7	12	9	70	1.34
1608109--1608185	22	3.5	22	76	5	75	42	1	1	54	1.16
1608137--1608185	21	2.3	21	85	3	62	46	0	0	53	1.00
1608174--1608230	12	5.1	12	70	23	52	43	1	0	54	1.10
1608154--1608217	21	3.1	21	82	10	69	42	1	0	56	1.09
1613114--1613172	26	2.2	26	81	6	73	74	6	13	5	1.19
1614343--1614590	3	84.7	3	71	13	144	62	2	4	30	1.31
1614343--1614561	20	11.1	20	66	14	91	63	3	3	29	1.27
1614343--1614561	29	7.5	29	71	15	123	63	3	3	29	1.27
1616461--1616485	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1616514--1616557	20	2.2	20	85	14	65	38	4	0	56	1.20
1616517--1616563	10	5.1	9	77	12	51	42	4	0	53	1.20
1616604--1616705	8	12.0	8	73	12	78	50	1	0	46	1.19
1616604--1616705	17	6.0	17	76	10	93	50	1	0	46	1.19
1616620--1616670	19	2.8	18	88	5	68	56	0	1	41	1.10
1616658--1616822	71	2.4	70	83	11	223	42	3	1	52	1.29
1616709--1616753	19	2.3	19	88	3	63	35	6	0	57	1.25
1616611--1616858	18	14.1	18	69	17	119	43	2	1	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1616794--1616829	17	2.2	16	90	9	56	38	0	0	61	0.96
1616887--1616960	9	8.1	9	77	14	55	54	2	0	43	1.14
1616878--1616945	21	3.4	21	78	15	90	54	1	0	44	1.09
1616892--1616961	17	3.9	18	75	17	74	54	2	0	42	1.15
1616880--1616961	38	2.2	38	91	6	139	54	2	0	42	1.13
1617096--1617159	28	2.3	28	72	5	67	46	4	1	46	1.33
1626685--1626713	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
1627432--1627457	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
1638606--1638632	8	3.4	8	100	0	54	74	0	25	0	0.83
1640232--1640286	6	9.3	6	82	4	58	32	1	5	60	1.30
1640228--1640271	23	2.0	22	86	4	61	31	0	6	61	1.22
1640894--1640940	18	2.4	20	89	10	71	42	0	0	57	0.98
1640895--1640944	21	2.5	20	81	15	50	42	0	0	58	0.98
1643793--1643825	9	3.7	9	88	11	50	78	0	0	21	0.75
1648427--1648462	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
1649478--1649518	2	21.0	2	90	5	66	51	0	2	46	1.14
1652176--1652273	42	2.3	42	86	6	128	27	25	14	32	1.94
1652244--1652367	47	2.7	46	86	2	167	29	27	15	27	1.96
1652392--1652602	31	6.8	31	92	2	325	25	27	20	27	1.99
1652578--1652706	50	2.5	51	87	5	181	25	22	16	35	1.94
1657620--1657962	108	3.2	108	95	0	605	36	27	5	30	1.79
1657729--1658211	251	1.9	252	92	0	806	37	26	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1657621--1658583	359	2.6	366	89	4	1357	38	25	5	30	1.78
1657981--1658362	108	3.5	108	94	1	642	39	24	4	30	1.77
1658204--1658526	168	1.9	168	90	0	520	41	21	5	31	1.76
1658304--1658435	60	2.2	60	86	4	185	46	17	5	31	1.70
1658372--1658571	108	1.9	108	93	0	346	40	25	4	30	1.75
1659560--1660139	215	2.7	221	78	11	579	27	12	17	42	1.86
1659560--1660175	216	2.8	221	77	12	576	27	12	17	42	1.86
1667188--1667221	6	5.8	6	96	3	61	32	0	67	0	0.91
1674867--1674905	19	2.2	19	86	9	55	10	15	0	74	1.07
1675578--1675602	8	3.1	8	100	0	50	52	24	24	0	1.48
1676211--1676256	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
1680079--1680117	19	2.1	18	90	4	60	41	0	10	48	1.37
1681292--1681343	21	2.5	21	81	6	61	61	5	1	30	1.30
1682194--1682257	31	2.1	31	87	0	92	42	7	14	35	1.74
1683267--1683314	25	1.9	25	95	0	87	58	0	2	39	1.10
1686127--1686155	3	9.7	3	100	0	58	0	68	0	31	0.89
1687748--1687818	31	2.3	31	82	0	88	40	9	4	45	1.57
1688931--1688976	23	1.9	23	86	8	65	63	2	0	34	1.07
1689345--1689381	20	1.9	20	88	5	58	51	2	5	40	1.39
1690019--1690061	13	3.3	13	78	12	52	48	0	2	48	1.14
1691573--1691634	31	2.0	31	84	6	81	43	6	12	37	1.69
1693037--1693208	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1693040--1693206	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
1693136--1693206	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
1695707--1695748	17	2.3	19	92	8	70	26	7	0	66	1.17
1698951--1699021	31	2.3	31	87	0	97	30	21	21	26	1.98
1703357--1703434	40	2.0	40	86	0	111	32	32	15	20	1.94
1705183--1705218	18	2.0	18	94	0	63	41	13	22	22	1.89
1708941--1708978	16	2.2	18	86	9	53	28	0	2	68	1.03
1710399--1710433	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
1714073--1714103	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1714395--1714463	37	1.9	37	85	5	97	27	24	18	28	1.98
1714474--1714589	36	3.1	35	67	13	88	19	13	27	38	1.90
1714428--1714853	71	5.8	74	81	6	216	23	19	22	35	1.96
1714454--1714711	76	3.5	76	78	5	242	22	17	22	38	1.93
1714631--1714918	71	4.1	71	90	0	443	23	22	21	31	1.98
1714632--1714882	36	7.1	36	67	8	147	23	21	21	33	1.98
1719456--1719511	24	2.2	26	84	12	71	41	0	1	57	1.09
1720207--1720277	30	2.4	29	83	4	88	23	5	9	60	1.50
1722716--1722781	28	2.6	24	72	21	62	39	1	0	59	1.07
1725905--1725980	26	2.9	26	98	0	143	31	5	26	36	1.79
1727459--1727507	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
1731651--1731743	26	3.5	26	94	4	152	31	5	26	36	1.79
1733248--1733300	26	2.0	26	82	7	63	39	20	13	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735530--1735669	27	5.2	28	91	5	193	34	22	25	17	1.96
1735774--1735848	29	2.8	26	82	8	78	32	10	22	34	1.89
1737293--1737402	26	4.2	26	95	0	175	35	24	6	33	1.81
1737897--1737954	28	2.0	28	83	9	73	46	0	3	50	1.18
1740367--1740453	3	29.0	3	95	4	158	33	0	1	65	1.00
1740538--1740568	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1740721--1740745	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1744851--1744880	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1747844--1747868	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1756689--1756713	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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