genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 98600468 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98600468

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80989419--80989589	93	1.8	93	88	2	263	29	28	20	22	1.98
80990008--80990067	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
80991843--80991886	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
80993676--80993744	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
80996104--80996147	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
80997937--80998005	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
81004975--81005008	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
81005063--81005108	17	2.7	17	83	16	60	54	0	2	43	1.12
81010819--81010948	52	2.5	52	96	2	235	13	24	33	27	1.93
81053219--81053410	39	4.9	39	87	1	224	23	31	20	23	1.98
81053249--81053410	39	4.2	39	90	1	236	24	32	19	24	1.98
81054667--81054692	9	2.9	9	100	0	52	0	11	7	80	0.89
81061352--81061514	39	4.2	39	91	0	245	25	31	19	23	1.98
81062774--81062799	9	2.9	9	100	0	52	0	11	7	80	0.89
81064804--81064835	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
81072198--81072222	13	1.9	13	100	0	50	32	16	4	48	1.64
81079018--81079238	39	5.6	40	92	2	317	24	22	29	23	1.99
81079029--81079271	39	6.2	41	87	6	242	25	22	28	23	1.99
81083029--81083069	6	7.2	6	89	10	68	0	14	0	85	0.60
81083029--81083069	16	2.4	16	92	8	64	0	14	0	85	0.60
81092193--81092218	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
81104340--81104370	16	1.9	16	100	0	62	25	32	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81104416--81104490	29	2.6	29	93	4	125	41	22	13	22	1.89
81104626--81104673	17	2.7	18	81	12	55	37	22	0	39	1.55
81106489--81106550	19	3.3	20	76	10	60	53	3	3	40	1.33
81106620--81106843	91	2.5	89	83	6	272	39	18	8	33	1.81
81106967--81107121	9	16.4	9	66	14	55	63	2	5	29	1.29
81106984--81107028	19	2.3	20	84	3	56	64	2	2	31	1.18
81107001--81107038	19	2.0	20	89	5	60	57	0	0	42	0.98
81107066--81107092	10	2.7	10	100	0	54	55	0	18	25	1.43
81107095--81107132	19	2.0	20	89	5	60	68	2	5	23	1.23
81107304--81107494	9	20.2	9	66	18	68	32	4	1	61	1.24
81107307--81107391	39	2.2	40	79	12	97	29	5	1	63	1.25
81107409--81107485	29	2.8	28	82	11	86	37	2	0	59	1.11
81107643--81107828	91	2.1	91	85	9	247	36	9	20	33	1.84
81109724--81109769	22	2.3	20	79	17	51	30	8	15	45	1.76
81112692--81112875	40	4.6	40	92	2	289	34	28	14	21	1.93
81118518--81118647	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
81121127--81121171	18	2.5	18	92	7	74	20	22	22	35	1.96
81124384--81124431	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
81124475--81124533	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
81124479--81124533	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
81124584--81124688	24	4.4	24	89	3	158	28	20	23	26	1.99
81124584--81124688	47	2.2	48	89	3	158	28	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81124894--81124957	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
81126634--81126739	40	2.7	40	93	0	185	30	29	17	22	1.97
81138466--81138597	25	5.3	25	75	5	99	26	20	22	30	1.98
81138615--81138661	24	2.0	24	91	0	76	38	25	12	23	1.90
81140509--81140558	21	2.4	21	83	6	57	44	16	18	22	1.87
81145073--81145128	25	2.2	25	83	6	67	39	19	10	30	1.86
81145091--81145139	25	2.0	25	91	0	80	36	14	16	32	1.89
81152130--81152298	41	4.1	41	84	3	214	41	27	15	15	1.87
81152113--81152272	82	2.0	82	83	2	205	40	27	16	16	1.89
81152130--81152321	82	2.4	80	83	6	226	41	28	14	15	1.86
81152296--81152367	37	2.0	36	89	8	110	33	30	18	18	1.94
81154109--81154211	34	3.0	34	92	0	170	28	12	18	40	1.87
81165025--81165093	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
81169725--81169793	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
81174420--81174488	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
81178779--81178818	18	2.2	18	86	0	53	15	47	2	35	1.58
81181732--81181765	6	5.5	6	93	6	59	14	20	0	64	1.28
81184111--81184156	21	2.2	20	85	11	58	34	10	2	52	1.49
81184145--81184198	24	2.4	23	82	11	67	31	25	0	42	1.55
81195804--81195840	8	4.8	8	86	6	58	0	18	0	81	0.70
81195804--81195841	16	2.4	16	95	0	67	0	18	0	81	0.69
81196168--81196201	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81196322--81196384	30	2.1	30	87	0	90	57	14	1	26	1.47
81196815--81196845	13	2.4	13	94	0	53	35	0	0	64	0.94
81199390--81199473	42	2.0	42	95	0	150	45	16	10	27	1.81
81204148--81204193	19	2.4	19	85	0	65	50	13	2	34	1.53
81204656--81204698	17	2.5	17	84	0	59	44	20	0	34	1.52
81205470--81205517	24	2.0	24	95	0	87	35	12	10	41	1.77
81206077--81206189	40	2.9	40	85	2	149	42	28	16	12	1.85
81206994--81207023	10	3.0	10	95	0	51	20	13	36	30	1.90
81215910--81215956	24	1.9	25	86	4	69	63	6	0	29	1.19
81216877--81216991	11	10.4	11	73	9	63	62	29	4	3	1.31
81216874--81216937	21	3.0	22	76	17	73	68	25	1	4	1.17
81216910--81216962	12	4.7	12	77	11	58	64	26	7	1	1.31
81216888--81216956	33	2.1	32	89	2	102	66	27	4	1	1.19
81216921--81217003	22	3.8	22	74	13	82	61	30	4	3	1.34
81219844--81219872	14	2.0	15	93	6	51	72	6	20	0	1.07
81222522--81222554	15	2.1	16	88	5	50	42	0	6	51	1.26
81222507--81222558	19	2.5	22	73	23	58	42	0	9	48	1.36
81222710--81222818	37	2.8	40	75	9	116	26	16	23	33	1.96
81223939--81223968	15	2.0	15	100	0	60	53	13	20	13	1.72
81224482--81224506	13	1.9	13	100	0	50	40	32	20	8	1.81
81235177--81235258	24	3.4	23	75	9	76	69	4	23	2	1.20
81235962--81235994	15	2.1	16	88	5	50	42	0	6	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81235947--81235998	19	2.5	22	73	23	58	42	0	9	48	1.36
81241342--81241609	46	5.8	46	76	13	253	22	20	29	28	1.98
81241337--81241602	93	2.9	93	91	0	433	22	20	29	27	1.98
81243729--81243762	17	1.9	18	88	5	52	58	11	2	26	1.47
81244769--81244828	30	2.0	30	100	0	120	63	3	10	23	1.40
81249713--81249752	18	2.1	20	86	9	57	60	0	27	12	1.33
81253095--81253154	31	1.9	32	86	10	88	26	5	28	40	1.77
81253300--81253457	78	2.0	78	90	2	246	35	12	26	25	1.91
81256039--81256119	18	4.5	18	90	0	117	40	14	13	30	1.85
81256055--81256136	36	2.3	36	91	0	128	39	14	15	30	1.88
81256028--81256136	54	2.0	54	85	3	148	39	14	12	33	1.84
81256055--81256136	18	4.6	17	79	8	83	39	14	15	30	1.88
81267056--81267103	22	2.2	22	85	10	64	50	2	12	35	1.52
81275610--81275659	25	2.0	24	81	11	57	4	22	4	70	1.21
81275715--81275760	5	10.0	5	82	17	64	58	0	0	41	0.98
81275715--81275760	23	2.0	23	91	8	76	58	0	0	41	0.98
81275715--81275760	13	3.8	13	80	13	62	58	0	0	41	0.98
81275715--81275760	18	2.6	18	96	0	83	58	0	0	41	0.98
81275780--81275818	19	2.1	19	85	9	53	38	0	5	56	1.22
81277083--81277171	15	5.7	17	69	17	59	70	22	3	3	1.17
81277106--81277139	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
81277086--81277203	45	2.5	49	82	11	142	74	16	5	3	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81277135--81277169	15	2.3	15	95	0	61	62	31	0	5	1.18
81277135--81277170	16	2.3	15	90	4	54	63	30	0	5	1.17
81277748--81277776	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
81277674--81277811	39	3.6	37	72	17	113	36	5	4	53	1.43
81279749--81279784	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
81285662--81285750	11	7.2	12	67	20	58	37	4	3	55	1.37
81292629--81293051	71	6.2	69	75	12	403	24	14	22	39	1.91
81292771--81293017	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
81292462--81293054	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
81292892--81293057	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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